2014 Fiscal Year Research-status Report
病原性細菌特異的ファージの宿主認識と収縮性ファージ尾繊維構成蛋白質の構造生物学
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25440066
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| Research Institution | Tokyo Institute of Technology |
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Principal Investigator |
金丸 周司 東京工業大学, 生命理工学研究科, 助教 (50376951)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | ファージ / 尾繊維 / 宿主認識 / 構造解析 / 大腸菌 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1.ファージ尾繊維に共通の構造モチーフと配列の相関の検討…T4ファージgp34C末端ドメインの結晶構造解析より配列からは不明であったT4ファージ尾繊維蛋白質に共通の構造モチーフの存在が判明した。そこで、BLASTサーチを用いて、配列検索を行ったところ、ファージ尾繊維には同様のモチーフが検出されることが示された。
2.PP01ファージ(gp37C*)3-(gp38)1複合体の結晶化…gp37C*-gp38複合体が3：1の各量論をもつ(gp37C*)3-(gp38)1であることが分かり、単一な蛋白質として精製できることが分かった。そこで、複合体の結晶化スクリーニングも行い、結晶を得ることができた。しかし、構造解析に適した結晶は得られていない。
3.T4ファージgp34N末端ドメインの発現系の構築…gp34C末端ドメインの結晶構造解析より明らかになった構造モチーフの一つがT4ファージgp34N末端付近に存在することが分かった。そこで、構造モチーフ部分の配列をもとに構造予測を用いてT4ファージフォールドンドメインとの融合蛋白質として、T4ファージgp34N末端ドメインの発現系を構築した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
予定していた、PP01ファージ(gp37C*)3-(gp38)1複合体の結晶構造解析が進んでいないこと。また、gp34N末端ドメインの発現系も可溶性の蛋白質が得られていないこと。
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| Strategy for Future Research Activity |
引き続きPP01ファージ(gp37C*)3-(gp38)1複合体の結晶構造解析を行う。回折実験より、分解能が悪いので結晶化条件をさらに検討する。また、gp34N末端ドメインの発現系については、融合蛋白質の融合部位などを再検討し可溶性蛋白質の精製を目指す。
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| Causes of Carryover |
研究室の規模が当初より縮小されたため、必要経費が極端に減少した。
また、次年度に１単位相当の研究スペースを確保する必要がある可能性が考えられたので、その分を次年度に利用するため、次年度使用額を留保した。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
必要に応じて、研究スペースを確保するとともに、研究補助により縮小した研究室規模を補填し研究遂行を円滑に行う。
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[Journal Article] NADH oxidase and alkyl hydroperoxide reductase subunit C (peroxiredoxin) from Amphibacillus xylanus form an oligomeric assembly.2015
Author(s)
Arai T, Kimata S, Mochizuki D, Hara K, Zako T, Odaka M, Yohda M, Arisaka F, Kanamaru S, Matsumoto T, Yajima S, Sato J, Kawasaki S, Niimura Y.
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Journal Title
FEBS Open Bio.
Volume: 7
Pages: 124-131
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Crystallization of the carboxy-terminal region of the bacteriophage T4 proximal long tail fibre protein gp342014
Author(s)
Granell, M., Namura, M., Alvira, S., Garcia-Doval, C., Singh, A. K., Gutsche, I., van Raaij, M. J. & Kanamaru, S.
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Journal Title
Acta Crystallogr F Struct Biol Commun
Volume: 70
Pages: 970-975
DOI
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
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