2015 Fiscal Year Annual Research Report
腸管出血性大腸菌における志賀毒素高産生型ファージの分布解明とハイリスク系統の同定
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25460542
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
小椋 義俊 九州大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (40363585)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 腸管出血性大腸菌 / 志賀毒素 / ファージ / ゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
最終年度は、O121, O145, O165の各50株について、高解像度系統解析を行うと共に、Stx2ファージの全ゲノム配列を決定し、ファージの比較解析を行った。EHECのゲノム上には、Stx2ファージと同じλファミリーに属するファージが十数個同時に溶源化しているため、ドラフト配列を取得しても、Stx2ファージの配列は不完全にしかアセンブルされず、多数のコンティグとして出力されてしまう。そのため、Stx2ファージの領域は、個別に配列決定を行う必要がある。各菌株のStx2ファージ領域(約60 kb)を３つのセグメントとして、long-PCRで増幅し、得られた各PCRプロダクトについて、次世代シーケンサーMiSeqを用いて配列決定し、完全長のStx2ファージ配列の再構築を行った。O121については、すべての株でStx2ファージの配列決定を終えているが、O145とO165については、一部の株で配列決定が終了していないため、現在、実施中である。
また、O121, O145, O165の各50株のすべてについて、Stx2産生量の定量を行い、系統とStx2ファージゲノム構造、Stx2産生量について、各血清型の株間で比較し、Stx2を高産生する系統やファージの特徴の決定を行った。その結果、O145とO165については、Stx2を高産生する系統の存在を明らかにすることができた。O121については、株間のclonarityが非常に高くゲノム多様性が極端に低いこと、Stx2の産生量には多様性が存在するが系統に依存しないことが明らかとなった。O121については、Stx2ファージ構造がすべて明らかになっているので、Stx2高産性に起因するファージの特徴の同定を試みている。
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[Journal Article] Genetic relatedness and virulence properties of enteropathogenic Escherichia coli strains of serotype O119:H6 expressing localized adherence or localized and aggregative adherence-like patterns on HeLa cells.2016
Author(s)
Garcia BG, Ooka T, Gotoh Y, Vieira MA, Yamamoto D, Ogura Y, Girão DM, Sampaio SC, Melo AB, Irino K, Hayashi T, Gomes TA.
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Journal Title
Int J Med Microbiol.
Volume: 27
Pages: in press
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Identification of Shiga toxin-producing (STEC) and enteropathogenic (EPEC) Escherichia coli in diarrhoeic calves and comparative genomics of O5 bovine and human STEC.2016
Author(s)
Fakih I, Thiry D, Duprez JN, Saulmont M, Iguchi A, Pirard D, Jouant L, Daube G, Ogura Y, Hayashi T, Taminiau B, Mainil JG.
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Journal Title
Vet Microbiol.
Volume: 23
Pages: in press
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] The Shiga toxin 2 production level in enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 is correlated with the subtypes of toxin-encoding phage.2015
Author(s)
Ogura Y, Mondal SI, Islam MR, Mako T, Arisawa K, Katsura K, Ooka T, Gotoh Y, Murase K, Ohnishi M, Hayashi T.
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Journal Title
Sci Rep.
Volume: 16
Pages: 16663
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Identification of high Stx2-producing Escherichia coli O157 clades by WGS-based phylogenetic analysis2016
Author(s)
Yoshitoshi Ogura, Jun Yatsuyanagi, Kazuko Seto, Hiroshi Narimatsu, Kikuyo Ogata, Keiko Kimata, Junko Isobe, Eriko Maeda, Yoshiki Etoh, Mitsuhiro Kameyama, Shakhinur Islam Mondal, Md Rakibul Islam, Tadasuke Ooka, Yasuhiro Gotoh, Kazunori Murase, Makoto Ohnishi, and Tetsuya Hayashi
Organizer
SMBE Satellite Workshop on Genome Evolution in Pathogen Transmission and Disease
Place of Presentation
Shiga Lake Hotel, Nagano, Japan
Year and Date
2016-02-22 – 2016-02-26
Int'l Joint Research
