2015 Fiscal Year Annual Research Report
震災ストレスによる動脈硬化性疾患感受性遺伝子の制御異常に関する網羅的解析
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25461138
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| Research Institution | Iwate Medical University |
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Principal Investigator |
佐藤 衛 岩手医科大学, 医学部, 准教授 (90305996)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
前沢 千早 岩手医科大学, 医学部, 教授 (10326647)
石川 有 岩手医科大学, 医学部, 助教 (20583537)
伊藤 智範 岩手医科大学, 医学部, 教授 (30347851)
八谷 剛史 岩手医科大学, その他部局等, 准教授 (20580088)
志波 優 岩手医科大学, その他部局等, 講師 (00647753)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | DNAメチル化解析 / 3層オミックス解析 / microRNA解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、本邦での代表的ゲノムコホートで採取したDNAサンプルでのDNAメチル化解析の比較とサンプル補正法の確立を行った。さらに、被災地住民での３層のオミックス（網羅的生体分子情報）参照パネルを公開した。また、心臓弁膜症での骨化関連microRNAの発現解析に関する論文掲載を行った。
岩手県沿岸被災地コホートのゲノムコホート構築のために、本邦での代表的ゲノムコホート(いわて東北メディカルメガバンク機構、東北メディカルメガバンク機構、バイオバンクジャパン、久山町研究、多目的コホート研究JPHC)で一般住民から採取した血液中のDNAサンプルでDNAメチル化解析を行いサンプル間でのデータ補正法を検討した。すなわち、各ゲノムコホートでの対象とする血液細胞の相違、DNA抽出法の相違、保存法の相違などが血液細胞のDNAメチル化およびトランスクリプトーム解析に及ぼす影響について検証した。また、被災地住民100名規模での3層オミックス解析（ゲノム解析、エピゲノム解析およびトランスクリプトーム解析）を行い、参照パネルを構築し、これらのデータを公開した( http://imethyl.iwate-megabank.org/)。
また、動脈硬化性疾患を対象とした疾患コホートの構築のために、大動脈弁硬化症症例46例および非大動脈弁硬化症症例46例(対照群)から末梢血液の取得および臨床データの収集を行った。特に、大動脈の石灰化のメカニズムに着目し、非翻訳型small RNAの探索を目的としている。末梢血液から末梢血単核球を分離保存し、small RNAを含むtotal RNAの抽出、real-time PCRによる発現解析の実験系を確立した。大動脈の骨化関連因子(オステオカルチン)を制御するmiRNA群の発現解析の結果をもとに候補small RNAの発現を検証した。
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[Journal Article] Adjustment of Cell-Type Composition Minimizes Systematic Bias in Blood DNA Methylation Profiles Derived by DNA Collection Protocols.2016
Author(s)
Shiwa Y, Hachiya T, Furukawa R, Ohmomo H, Ono K, Kudo H, Hata J, Hozawa A, Iwasaki M, Matsuda K, Minegishi N, Satoh M, Tanno K, Yamaji T, Wakai K, Hitomi J, Kiyohara Y, Kubo M, Tanaka H, Tsugane S, Yamamoto M, Sobue K, Shimizu A.
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Journal Title
PLoS One.
Volume: 11
Pages: e0147519
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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