2015 Fiscal Year Annual Research Report
臨床癌組織の遺伝子発現解析により口腔扁平上皮癌の遠隔転移の分子機構を解明する
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25463108
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| Research Institution | Niigata University |
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Principal Investigator |
永田 昌毅 新潟大学, 医歯学系, 准教授 (10242439)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
星名 秀行 新潟大学, 医歯学総合病院, 講師 (30173587)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 口腔扁平上皮癌 / マイクロアレイ / 遺伝子発現解析 / 遠隔転移 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
【マイクロアレイ解析のデータとの集積】これまでに実施したマイクロアレイ解析の全データを集積して、最終的に遠隔転移11症例、コントロール13症例からなる基礎データを作成した。【マイクとアレイデータの解析（１）：基礎的データ処理】①全データの正規化を実施した。75パーセンタイルシフトでアレイ間のゆらぎを補正した。2症例においてシグナルのレベルが低く多く外れ値を生じていることが見いだされた。②素分析：全ての症例についてfold change 2倍までの遺伝子を抽出した。それらについて遠隔転移群とコントロール群の間で比較を実施した。③クラスター解析：すべての症例を用いた解析では、分析日のグループごとにサブグループを形成する傾向がみられ、素データの正規化においてさらなる処理を行う必要が示唆された。④主成分分析の実施：第4主成分までの抽出。3症例が外れ値。確たる傾向が見いだせず、再度のデータ処理を計画した。【マイクとアレイデータの解析（２）：基礎的データの再処理と分析】①外れ値を示した症例に配慮して再度正規化を行い、素データを作成し、解析をやり直した。その結果、クラスター解析および主成分分析の結果において、遠隔転移群と対照群の間に一定の傾向が強調された。このデータセットを用いて続くデーマイニングを行った。②変化が予想された遺伝子に群に対してGO(gene ontoligy)解析を実施した。その結果5つの細胞生物学的項目と2つの細胞内局在の項目が選択された。③同じく、変化が注目された遺伝子セットに対しSAM解析を実施した。
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