2013 Fiscal Year Research-status Report
超高速in-cell NMR動的構造解析法によるSox2の細胞内動態解明
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25650056
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Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
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| Research Institution | Suntory Foundation for Life Sciences |
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Principal Investigator |
菅瀬 謙治 公益財団法人サントリー生命科学財団, その他部局等, 主席研究員 (00300822)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | in-cell NMR / 高速NMR法 / 揺らぎ |
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| Research Abstract |
まずは高速in-cell NMR測定のために、計画通りに水とアミドプロトンの交換速度を決定できるCLEANEX-PMの改良を行った。短い測定待ち時間で発生するアーティファクトを除去するためにパルスプログラムの修正、および１回の測定で２回データを取り込むdouble acquisition法を組み込んだ。しかしながら、この２つの改良を持ってしても感度が必要十分ではなかったため、CLEANEX-PMで高速in-cell NMR測定を行うことを断念した。より単純なパルスプログラムが必要であると判断して、fast HSQCの始めに水を選択的に飽和させるpresaturationを組み込んだ。この測定では水と交換しやすい（揺らいでいる）残基を特定できる。またfast HSQCは複数あるHSQCの中でも比較的に高速に測定できるバージョンである。実際にin vitroの測定で試してみたところ、CLEANEX-PMシグナルが観測される残基のシグナルが選択的に減衰していた。しかもCLEANEX-PMよりも非常に感度良くシグナルを観測することができた。このパルスプログラムに、２次元NMRデータを間引いて測定する非線形サンプリング法を組み合わせて、まずはGB1のin-cell NMR測定を行ったところ、presaturationのありなしでシグナル強度の変化が見られた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の予定ではCLEANEX-PMをベースにして開発を進める予定であったが、別のパルスプログラムで当初の昨年度の予定は達せされたといえる。
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| Strategy for Future Research Activity |
まずはpresaturationつきfast HSQCにdouble acquisition法を組みこむことによって更なる感度の向上を目指す。また非線形サンプリング法で取得したNMRデータを再構築するにはSIFT法と呼ばれる計算法を用いているが、現在のアルゴリズムではデータを多く間引くと再構築されたNMRデータの質が悪い問題がある。他の似通った手法では強度の高いシグナルから再構築すると良いことが報告されているため同様なアルゴリズムを組み込む。そして、これらの手法を用いて実際のSox2のin-cell NMR測定を行う。
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