2014 Fiscal Year Research-status Report
超高感度FISH法を利用した未知メタン菌の生理・遺伝学的特徴の解明
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25650138
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| Research Institution | Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology |
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Principal Investigator |
井町 寛之 独立行政法人海洋研究開発機構, 深海・地殻内生物圏研究分野, 主任研究員 (20361933)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | FISH法 / メタン菌 / mcrA遺伝子 / 生態 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
メタンを生成する微生物 (メタン菌) は、地球温暖化や天然ガス生産といった環境とエネルギー問題に直結している重要な微生物群である。そのような背景から、メタン菌については多くの研究がなされてきたが、環境中には未知のメタン菌が多く存在することが多くの遺伝子検出解析の結果から指摘されている。本研究では系統分類学的に目や綱といった高い分類階層で既知のメタン菌とは異なる未知メタン菌の生理・遺伝学的な特徴を明らかにするため、超高感度FISH法を利用した方法論を用いて、未知メタン菌細胞を特異的に回収し、最終的にはゲノム配列の決定ならびに分離株の取得を目指す。
平成25年度に行ったmcrA遺伝子に基づいた環境クローン解析により、いくつかのメタン発酵汚泥に既知のメタン菌とは系統分類的に大きく異なる、新しい目を代表すると考えられる未知メタン菌グループの存在を明らかにしていた。平成26年度はその成果を論文としてまとめ、最終的にJournal of Water and Environmental Technologyに受理され、掲載された。
続いて、新しい目を代表すると考えられるメタン菌細胞を検出するためのDNAポリプローブを前年度に検討したPCR条件に従って作成し、超高感度FISH法による未知アーキア細胞の検出を試みた。現在、酵素処理を中心とした様々な細胞壁処理を試しながら、標的とする未知メタン菌細胞の検出を進めているところである。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
当初の計画では、超高感度FISH法により標的とする未知メタン菌細胞を光らせ、ゲノム解析を進めているところまで進んでいることとなっていたが、最適な細胞壁処理条件を確定し、未知メタン菌細胞を光らせるところまで進めていないので、やや遅れているとした。
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| Strategy for Future Research Activity |
超高感度FISH法を用いて標的とする未知メタン菌細胞を光らせ、フローサイトメトリーによる細胞分取とゲノム解析を行う。
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| Causes of Carryover |
フローサイトメトリーによる細胞分取やその後のゲノム解析まで計画が進まなかったため、これらの解析に必要な試薬類を購入しなかった。そのために次年度使用額が生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
フローサイトメトリーによる細胞分取およびゲノム解析を行うための試薬類の購入を予定している。
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