2014 Fiscal Year Annual Research Report
Photo-crosslinkを用いたPPARδ転写共役因子複合体の解析
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25670035
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
田中 十志也 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (20396930)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 核内受容体 / プロテオミクス / クロスリンク / PPARδ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
過剰発現タンパク質を用いた転写因子複合体解析では、生理条件下における共役因子の同定や、転写共役因子複合体の変遷を同定することは困難である。したがって、複合体形成による転写因子の機能および転写活性化機構を明らかにするためには、生理的条件下にて経時的に転写共役因子複合体を捕捉する技術が必要となる。本研究では、PPARδをモデル転写因子とし光反応性のdiazirine環を有するL-photo-LeucineとL-photo-Methionineとを含む培地中にてTHP-1細胞を培養しマクロファージへ分化させた後、リガンド処理しUV (365 nm) 照射することでPPARδタンパク複合体をphoto-crosslinkさせショットガンプロテオミクスにて同定する方法を検討した。
培地への光反応性アミノ酸の添加では細胞毒性が認められたことから、ホルムアルデヒドにてクロスリンクを行いPPARδ複合体解析を行った。ホルムアルデヒドを用いたクロスリンクでは、PPARδの同定率が低下し非特異的なタンパク結合の増加も認められることから、シグナル/ノイズ比を改善するためにサンプル調製方法、クロスリンク条件、洗浄条件について引き続き検討を行っている。
PPARδのマクロファージ特異的な共役因子としてSATB1を同定し、SATB1のshRNAによるノックダウンによってPPARδアゴニストによるマクロファージ特異的な標的遺伝子の誘導が減弱することを見いだした。この結果を踏まえ、PPARδのゲノム上の結合部位にSATB1が共局在していることをクロマチン免疫沈降シークエンス（ChIP-seq）にて証明するために免疫沈降可能な抗体作成を継続して行っている。
以上の結果より、クロスリンクを用いたショットガンプロテオミクスにより生理的な相互作用タンパクの同定が可能であることが示唆された。
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[Journal Article] The FBXL10/KDM2B scaffolding protein associates with novel polycomb repressive complex-1 to regulate adipogenesis.2015
Author(s)
Inagaki T, Iwasaki S, Matsumura Y, Kawamura T, Tanaka T, Abe Y, Yamasaki A, Tsurutani Y, Yoshida A, Chikaoka Y, Nakamura K, Magoori K, Nakaki R, Osborne TF, Fukami K, Aburatani H, Kodama T, Sakai J.
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Journal Title
J Biol Chem
Volume: 290
Pages: 4163-4177
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] JMJD1A is a signal-sensing scaffold that regulates acute chromatin dynamics via SWI/SNF association for thermogenesis2015
Author(s)
Y Abe, R Rozqie, Y Matsumura, T Kawamura, R Nakaki, Y Tsurutani, K Tanimura-Inagaki, A Shiono, K Magoori, K Nakamura, S Ogi, S Kajimura, H Kimura, T Tanaka, K Fukami, T Osborne, T Kodama, H Aburatani, T Inagaki, J Sakai
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Journal Title
Nature Commun
Volume: 6
Pages: In press
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Cross-enhancement of ANGPTL4 transcription by HIF1 alpha and PPAR beta/delta is the result of the conformational proximity of two response elements.2014
Author(s)
T Inoue, T Kohro, T Tanaka, Y Kanki, G Li, H Poh, I Mimura, M Kobayashi, A Taguchi, T Maejima, J Suehiro, A Sugiyama, K Kaneki, H Aruga, S Dong, JF Stevens, S Yamamoto, S Tsutsumi, T Fujita, X Ruan, H Aburatani, M Nangaku, Y Ruan, T Kodama and Y Wada.
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Journal Title
Genome Biol
Volume: 15
Pages: R63
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] PPARβ/δ activation of CD300a controls intestinal immunity.2014
Author(s)
T Tanaka, S Tahara-Hanaoka, T Nabekura, K Ikeda, S Jiang, S Tsutsumi, T Inagaki, K Magoori, T Higurashi, H Takahashi, K Tachibana, Y Tsurutani, S Raza, M Anai, T Minami, Y Wada, KYokote, T Doi, T Hamakubo, J Auwerx, FJ. Gonzalez, A Nakajima, H Aburatani, M Naito, A Shibuya, T Kodama and J Sakai.
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Journal Title
Sci. Rep
Volume: 4
Pages: 5412
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
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