2014 Fiscal Year Research-status Report
臨床解析と分子細菌学的手法による敗血症発症因子の解明と予測法の確立
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25670277
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| Research Institution | Gihu University of Medical Science |
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Principal Investigator |
中山 章文 岐阜医療科学大学, 保健科学部, 准教授 (70536721)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
水野 文子 奈良県立医科大学, 医学部, 講師 (70271202)
山本 惠三 奈良県立医科大学, 医学部, 准教授 (90254490)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 大腸菌 / 敗血症 / 遺伝子解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成26年度は、血液由来大腸菌株、尿路由来大腸菌株に加えて健康人由来大腸菌について、18種類の既知大腸菌病原遺伝子（sfa/foc, fimH, pap, afa, iha, cvaC, kpsMT, ompT, traT, aer, fyuA, iroN, cnf1, hly, ibeA, PAI, usp, ETTT）の保有状況をPCR法によって調べた。次にこの結果について、尿路由来大腸菌株の臨床解析によって感染群と非感染群に分けて各菌株群での保有状況の比較を行った。その結果、血液由来大腸菌株において線毛・接着遺伝子、細胞保護遺伝子、鉄取り込み遺伝子の保有率が高いことが判明した。また、新生児髄膜炎由来大腸菌株の次世代シークエンサーIon PGM(Life Technologise)による全塩基配列の分析と次世代データ解析ソフト（CLC Genomics Workbench）による遺伝子マッピング解析、BLAST（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）による相同性解析、Pfam 27.0 （ Sanger institute http://pfam.sanger.ac.uk/ ）によるアミノ酸配列の構造モチーフ検索の結果得られた17種類の新規遺伝子について、血液由来大腸菌株、尿路由来大腸菌株、健康人由来大腸菌株での保有率を調べたが、優位な保有率を示す遺伝子は得られなかった。しかし、新生児髄膜炎由来大腸菌株に特有な遺伝子の可能性を有する3種類の遺伝子が得られた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
大腸菌による敗血症が更に進行した状態として髄膜炎を想定し、その菌株の特有遺伝子を検索対象としたが、想定とは異なった結果が得られたため研究の進行が予定よりも少し遅れてしまった。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、血液由来大腸菌株（120株）について臨床解析を行い患者要因の最も少ない菌株について遺伝子解析を行い特有遺伝子を選定し、その保有率を調べる。また、優位な保有率を認めた遺伝子についてコードされているタンパク質の機能を明らかにする予定である。
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| Causes of Carryover |
研究の進捗が少し遅延したため、予定していた遺伝子クローニングなどの分子生物学的実験が実施できなかった。また、今年度に予定していた大腸菌ゲノムのシーケンス解析結果の納入が3月を過ぎたため、次年度の支払いとなったことによって次年度使用額が生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
今年度に予定していた大腸菌株のゲノム解析および、特有遺伝子の検索・機能解析を目的とした分子生物学的実験に使用する予定である。
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