2014 Fiscal Year Annual Research Report
OMICS情報を臨床診療に反映するためのインターフェースとバーチャルカルテの開発
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25670703
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| Research Institution | Kinki University |
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Principal Investigator |
万代 昌紀 近畿大学, 医学部, 教授 (80283597)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
清水 章 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (00162694)
山田 亮 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (50301106)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | バイオインフォマティクス / 卵巣癌 / インターフェース / マイクロアレイ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
今後、実臨床への応用が予想されるバイオインフォマティクス情報を一般の臨床医が活用できるようなインターフェースを構築することを目標に研究をおこなった。
まず、メインコンピューター上に仮想カルテを作成し、ファイルメーカーを用いて、患者ごとの参照画面を作成した。参照画面には年齢、病期、組織型といった臨床情報とともに、後述する、数値化されたマイクロアレイ情報が表示されるようにした。また、各患者のマイクロアレイ情報に基づく癌の生物学的なプロフィールも図示できるようにした。
同意を得られた卵巣がん患者の手術検体を採取し、学内施設においてマイクロアレイ解析をおこなった。その粗データをメインコンピューターに蓄積した。
マイクロアレイ租データからさまざまな解析をおこない、臨床医が理解しやすい形でアウトプットできるようにした。たとえば、各細胞内シグナルの活性度を表すと考えられる遺伝子群をsignatureとして抽出し、ssGSEAを用いて、おのおののsignatureの強さを0-1の間に数値化した。このようなsignatureを約20個作って参照することによって、各症例の癌の生物学的特徴を把握できるようにした。この情報は、検査値等と同様に仮想カルテ上に出力され、臨床医は、他の検査情報（病理所見等）とともに、この数値を臨床的意思決定の参考にできるようにした。
現在、このような仮想カルテのシステムは完成し、本研究の目的は達成したが、今後、実際の応用に向けてはさらなるルーチン化、個人情報の取扱い、簡便化、等の課題を克服する必要がある。
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[Journal Article] Invasion of uterine cervical squamous cell carcinoma cells is facilitated by locoregional interaction with cancer-associated fibroblasts via activating transforming growth factor-beta.2015
Author(s)
Nagura M, Matsumura N, Baba T, Murakami R, Kharma B, Hamanishi J, Yamaguchi K, Abiko K, Koshiyama M, Mandai M, et al.
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Journal Title
Gynecol Oncol
Volume: 136
Pages: 104-111
DOI
Peer Reviewed
