2013 Fiscal Year Annual Research Report
アクセス可能な治療標的探索の為のがん-間質細胞間相互作用のシーケンシング解析
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25710020
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Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
石川 俊平 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (50418638)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 癌 / ゲノム / 病理学 |
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| Research Abstract |
マウスに移植したヒトがんXenograft 系における全トランスクリプトームシーケンスからマウス由来RNA とヒト由来RNA との配列を高精度に分離して発現プロファイリングを行い、さらにはタンパク質相互作用のデータベースデータと統合することによりヒト由来がん細胞-マウス由来間質細胞間の相互作用全体（インターラクトーム）を包括的に解析する技術を開発している。これまで包括的・定量的に評価することが難しかった複数細胞により構成されるがん組織の複雑な細胞間相互作用の概要をつかみ、バイオ医薬品にてもアクセス可能な細胞表面・細胞外の重要な新規タンパクを同定することを目的とするとともに腫瘍の形成と進展における意義について検討を行う。現在開発しているアルゴリズムのより高精度化を行なった。現在開発した細胞間相互作用はマウスとヒトの配列の分離精度は99.9%程度であるが、特定の遺伝子については分離が難しいものも存在している。より長いリードに対応した実験手法とアルゴリズムとの改良を行いこれらの遺伝子についても分離精度を向上させることに成功した。また現状のデータベースにおいては、異なる複数のデータベースで再現された信頼性の高い少数の相互作用が用いられているが、よりターゲットディスカバリーに適した相互作用数まで拡張することを試みている。Direct Xenograftを含む Xenograft組織の解析においては胃がん・膵がん・大腸がん・肺がんを中心にデータの解析を行い間質依存性に寄与する相互作用の解析を行なっている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
前年度の予定どおりアルゴリズムの改良及びdirect xenograftのデータ取得及び解析を行なっている。
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| Strategy for Future Research Activity |
引き続きアルゴリズムの改良を行なうと共に、胃がん・膵がん・大腸がん・肺がんを中心に多様な癌種についてdirect xnograftのデータ取得と解析を行なう。解析されてきた重要ながん間質相互作用及びその相互作用を担うタンパク候補についてはXenograft 症例を増やして検討するとともに、介入実験を行い抗腫瘍効果の検討を行う。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
当初計画よりも進展があったため、平成２６年度、平成２７年度に予定していた解析サーバーの機能を拡張する必要性及び、シーケンサーのデータを追加で取得する必要性が出てきた。このため解析サーバーに追加するプロセッサー及びシーケンサー関連の消耗品を追加で購入するため。
より長いリードに対応した実験手法とアルゴリズムとの改良を行いこれらの遺伝子についても分離精度を向上させる。またよりターゲットディスカバリーに適した相互作用数まで拡張する。間質依存性に寄与する相互作用の同定を行う。重要ながん相互作用についてはXenograft 症例を増やして検討するとともに、介入実験を行い抗腫瘍効果の検討を行う。
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