2014 Fiscal Year Annual Research Report
一細胞シークエンシングによる、超早期発がん過程におけるがん細胞進化の解明
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25830141
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| Research Institution | National Cancer Center Japan |
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Principal Investigator |
加藤 護 独立行政法人国立がん研究センター, 研究所, ユニット長 (40391916)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 一細胞シークエンス / 次世代シークエンサー / がんゲノム / がん細胞進化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
前年度の研究の結果、１）１細胞分離、２）正確な変異コール、が技術上極めて重要なステップであることが分かった。最終年度はまずこれらの点に対処した。１）に対しては自動細胞分離・調整器C1 を用いることで解決した。C1 では微少流路によってばらばらになった細胞を1細胞に分離し、さらにRNA 抽出および全トランスクリプトーム増幅までを一気に行う。最終年度夏頃には、C1 はDNA にも適用可能となったため、1細胞エキソーム・シークエンスにも対応できるようになった。我々はC1 を用い、研究計画通りヒトの大腸癌を模すマウス発がん再構成系において3時刻点各々に対し30 細胞程度の1 細胞分離を行い、さらに、増幅されたDNA の抽出を行った。また1細胞とは別に、バルクDNA の抽出も行った。
2）に関しては様々な試みを行った。まず基盤として固まったのは、A. 昨年度シークエンスした肺がん細胞株3細胞の１細胞エキソーム・シークエンスデータ、B. 最終年度において（上とは別に）シークエンスしたマウス正常腸管細胞5細胞のエキソーム・シークエンスデータである。A. に対しては対応する正常細胞のバルク・シークエンスデータもあり、B. に対しては対応するバルク・シークエンスデータがある。その対応を使えば、A. をポジティブ・コントロールに、B. をネガティブ・コントロールにして、変異検出のアルゴリズムを調整できる。これを基盤にして、様々なアルゴリズムを試みた。結果、有望なアルゴリズムがほぼ開発できた。
以上を踏まえると、本研究によって、これまで試みられたことのない、「経時的な一細胞シークエンス」の基盤が整備されたと言える。今後この基盤を基に、アプリケーションを発展・拡大していく予定である。
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[Journal Article] Development of Lung Adenocarcinomas with Exclusie Dependence on Oncogene Fusions.2015
Author(s)
Motonobu Saito, Yoko Shimada, Kouya Shiraishi, Hiromi Sakamoto, Koji Tsuta, Hirohiko Totsuka, Suenori Chiku, Hitoshi Ichikawa, Mamoru Kato, Shun-ichi Watanabe, Teruhiko Yoshida, Jun Yokota, Takashi Kohno
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Journal Title
Cancer Research
Volume: -
Pages: -
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Profiling of actionable gene alterations in ovarian cancer by targeted deep sequencing.2015
Author(s)
Masataka Takenaka, Motonobu Saito, Reika Iwakawa, Nozomu Yanaihara, Misato Saito, Mamoru Kato, Hitoshi Ichikawa, Tatsuhiro Shibata, Jun Yokota, Aikou Okamoto, Takashi Kohno
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Journal Title
International journal of Oncology
Volume: 46
Pages: 2389-2398
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Trans-ancestry mutational landscape of hepatocellular carcinoma genomes.2014
Author(s)
Yasushi Totoki, Kenji Tatsuno, Kyle R Covington, Hiroki Ueda, Chad J Creighton, Mamoru Kato, Shingo Tsuji, Lawrence A Donehower, Betty L Slagle, Hiromi Nakamura, Shogo Yamamoto, Eve Shinbrot, Natsuko Hama, Megan Lehmkuhl, Fumie Hosoda, Yasuhito Arai, Kim Walker, ・・・・ Hiroyuki Aburatani & Tatsuhiro Shibata
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Journal Title
Nature Genetics
Volume: 46
Pages: 1267-1273
Peer Reviewed
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[Journal Article] Molecular mechanisms underlying oncogenic RET fusion in lung adenocarcinoma.2014
Author(s)
Tatsuji Mizukami, Kouya Shiraishi, Yoko Shimada, Hideaki Ogiwara, Koji Tsuta, Hitoshi Ichikawa, Hiromi Sakamoto, Mamoru Kato, Tatsuhiro Shibata, Takashi Nakano, Takashi Kohno,
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Journal Title
Journal of Thoracic Oncology
Volume: 9
Pages: 622-630
Peer Reviewed
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[Journal Article] Mutually exclusive mutations of KIT and RAS are associated with KIT mRNA expression and chromosomal instability in primary intracranial pure germinomas2014
Author(s)
Shintaro Fukushima, Ayaka Otsuka, Tomonari Suzuki, Takaaki Yanagisawa, Kazuhiko Mishima, Akitake Mukasa, Nobuhito Saito, Toshihiro Kumabe, ・・・・Mamoru Kato, Tatsuhiro Shibata, ・・・・ Koichi Ichimura, On behalf of the Intracranial Germ Cell Tumor Genome Analysis Consortium (iGCT Consortium)
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Journal Title
Acta Neuropathologica
Volume: 127
Pages: 911-925
Peer Reviewed
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[Journal Article] NCYM, a de novo evolved protein, stabilizes MYCN and characterizes human neuroblastoma.2014
Author(s)
Yusuke Suenaga, S. M. Rafiqul Islam, Jennifer Alagu, Yoshiki Kaneko, Mamoru Kato, Yukichi Tanaka, Hidetada Kawana, Shamim Hossain, Daisuke Matsumoto, Mami Yamamoto, Wataru Shoji, Makiko Itami, Tatsuhiro Shibata, Yohko Nakamura, Miki Ohira, Seiki Haraguchi, Atsushi Takatori, Akira Nakagawara.
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Journal Title
PLoS Genetics
Volume: 10
Pages: e1003996.1-14
Peer Reviewed
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