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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Regulation of DNA repair pathway choice and gene editing by DNA repair machinery

Research Project

Project/Area Number 26241014
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

中田 慎一郎  大阪大学, 医学系研究科, 特命教授 (70548528)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 逆井 良  金沢医科大学, 医学部, 講師 (10549950)
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2018-03-31
KeywordsDNA損傷応答 / DNA修復 / 相同組み換え / PARP阻害剤 / ゲノム編集
Outline of Annual Research Achievements

① RNF8経路は、DNA2本鎖切断(DSB)修復において相同末端結合(NHEJ)促進に機能する分子53BP1をDNA損傷部位にリクルートするために不可欠な分子である。また、HRを促進するBRCA1が過剰に機能することを抑制している。これらの知見は、RNF8経路がNHEJ促進に機能することを示している。しかし、RNF8経路がBRCA1以下のHR機構に関与するかについては未知であった。RNF8によるHR制御の分子機構を解析するため、BRCA1/53BP1/RNF8のノックアウト細胞株を用い、研究を行った。PARP阻害剤によるDNA損傷を発生させたときのRAD51のDNA損傷への集積をリードアウトとした解析により、RNF8はBRCA1存在下ではRAD51リクルートに重要ではないものの、BRCA1陰性細胞ではRNAD51リクルートを促進することが示された。また、RNF8はBRCA1/53BP1ダブルノックアウト細胞のPARP1阻害剤抵抗性の原因となっていることも示された。このことから、RNF8経路はBRCA1非存在時のHRの促進因子として機能することが示された。
② 新規に開発中のDSBを用いないゲノム編集法において、ゲノムがドナーDNAを取り込む過程を検証した。その結果、編集対象としたヌクレオチドから数百塩基にわたる領域において、ドナープラスミドに設計した修復鋳型がゲノムに取り込まれることが示された。さらに、このゲノム編集法を発展させ、DSBおよびドナーDNAを用いないゲノム編集法の開発に取り組み、効率は高くないものの、ゲノム編集が可能であることを示した。今後、この手法の改良に取り組み、従来法よりも安全性を飛躍的に高めたゲノム編集法を確立する。

Research Progress Status

平成29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (19 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 5 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results) Remarks (3 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Nebraska Medical Center(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      University of Nebraska Medical Center
  • [Journal Article] Precise and Efficient Nucleotide Substitution near Genomic Nick via Non-Canonical Homology-Directed Repair2018

    • Author(s)
      Nakajima K, Zhou Y,Tomita A,Hirade Y, Gurumurthy CB, Nakada S
    • Journal Title

      Genome Research

      Volume: 28 Pages: 223-230

    • DOI

      10.1101/gr.226027.117.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural insights into two distinct binding modules for Lys63-linked polyubiquitin chains in RNF1682018

    • Author(s)
      Takahashi TS, Hirade Y, Toma A, Sato Y, Yamagata A, Goto-Ito S, Tomita A, Nakada S, Fukai S
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 9 Pages: 170

    • DOI

      10.1038/s41467-017-02345-y.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Novel polyubiquitin imaging system, PolyUb-FC, reveals that K33-linked polyubiquitin is recruited by SQSTM1/p62.2018

    • Author(s)
      Nibe Y, Oshima S, Kobayashi M, Maeyashiki C, Matsuzawa Y, Otsubo K, Matsuda H, Aonuma E, Nemoto Y, Nagaishi T, Okamoto R, Tsuchiya K, Nakamura T, Nakada S, Watanabe M.
    • Journal Title

      Autophagy

      Volume: 14 Pages: 347-358

    • DOI

      10.1080/15548627.2017.1407889.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] T315I mutation of BCR-ABL1 into human Philadelphia chromosome-positive leukemia cell lines by homologous recombination using the CRISPR/Cas9 system.2018

    • Author(s)
      Tamai M, Inukai T, Kojika S, Abe M, Kagami K, Harama D, Shinohara T, Watanabe A, Oshiro H, Akahane K, Goi K, Sugihara E, Nakada S, Sugita K.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 9966

    • DOI

      10.1038/s41598-018-27767-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Human Rad52 Promotes XPG-Mediated R-loop Processing to Initiate Transcription-Associated Homologous Recombination Repair.2018

    • Author(s)
      Yasuhara T, Kato R, Hagiwara Y, Shiotani B, Yamauchi M, Nakada S, Shibata A, Miyagawa K.
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 175 Pages: 558-570

    • DOI

      10.1016/j.cell.2018.08.056

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] BRCA1 ensures genome integrity by eliminating estrogen-induced pathological topoisomerase II-DNA complexes.2018

    • Author(s)
      Sasanuma H, Tsuda M, Morimoto S, Saha LK, Rahman MM, Kiyooka Y, Fujiike H, Cherniack AD, Itou J, Callen Moreu E, Toi M, Nakada S, Tanaka H, Tsutsui K, Yamada S, Nussenzweig A, Takeda S.
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci USA.

      Volume: 115 Pages: E10642-E10651

    • DOI

      10.1073/pnas.1803177115

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The E3 ligase RFWD3 promotes timely removal of both RPA and RAD51 from DNA damage sites to facilitate homologous recombination.2017

    • Author(s)
      Inano S, Sato K, Katsuki Y, Kobayashi W, Tanaka H, Nakajima K, Nakada S, Miyoshi H, Knies K, Takaori-Kondo A, Schindler D, Ishiai M, Kurumizaka H, Takata M
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 66 Pages: 622-634

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2017.04.022.

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Aquarius is required for proper CtIP expression and homologous recombination repair.2017

    • Author(s)
      Sakasai R, Isono M, Wakasugi M, Hashimoto M, Sunatani Y, Matsui T, Shibata A, Matsunaga T, Iwabuchi K.
    • Journal Title

      Sci Rep

      Volume: 7 Pages: 13808

    • DOI

      doi.org/10.1038/s41598-017-13695-4

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] DNA2本鎖切断を作らず、ニックでゲノム編集を誘導する2018

    • Author(s)
      中田慎一郎
    • Organizer
      ゲノム編集学会
    • Invited
  • [Presentation] ニックにより誘導するIndel発生が少ないゲノム編集2018

    • Author(s)
      中田慎一郎
    • Organizer
      日本核酸医薬学会生物セッション第2回サテライトシンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] ニックを用いた正確なゲノム編集法 (SNGD法)2018

    • Author(s)
      中田慎一郎
    • Organizer
      日本遺伝子細胞治療学会
    • Invited
  • [Presentation] Precise gene editing by a combination of single nicks in the target gene and donor plasmid.2018

    • Author(s)
      Shinichiro Nakada, Kazuhiro Nakajima, Yue Zhou, Akiko Tomita, Yoshihiro Hirade.
    • Organizer
      Gordon Research Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ニックによる正確で効率のよいゲノム編集法では 非古典的なHDRが利用されている2017

    • Author(s)
      中田慎一郎
    • Organizer
      ゲノム編集学会
  • [Presentation] Repair pathways for one-ended DNA double-strand breaks caused by camptothecin.2017

    • Author(s)
      Sakasai R, Sunatani Y, Matsui T, Iwabuchi K.
    • Organizer
      Gordon Research Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 大阪大学 高等共創研究院・大学院医学系研究科 細胞応答制御学

    • URL

      http://www.bcr.med.osaka-u.ac.jp

  • [Remarks] 遺伝子変異が発生しにくい新しいゲノム編集法を開発 ~安全な遺伝子治療に向けた新技術~

    • URL

      http://www.med.osaka-u.ac.jp/activities/results/2018year/nakada0202

  • [Remarks] DNA2本鎖が切断された場所に修復タンパク質が集まる仕組み

    • URL

      http://www.med.osaka-u.ac.jp/activities/results/2018year/18-01-12

  • [Patent(Industrial Property Rights)] ゲノム編集された細胞を製造する方法2018

    • Inventor(s)
      中田慎一郎
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人大阪大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2018-215588

URL: 

Published: 2019-12-27  

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