2016 Fiscal Year Annual Research Report
Microbial analysis from an ice core
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26281017
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| Research Institution | University of Yamanashi |
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Principal Investigator |
瀬川 高弘 山梨大学, 総合研究部, 助教 (90425835)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 古代DNA / アイスコア / 微生物 / 古環境 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
時系列的に採取したアイスコア試料を用いた遺伝子解析により，過去の遺伝的情報を直接取得し，生物種および遺伝子の機能分布の同定を行い，微生物情報と過去の環境変動との関連性を明らかにする研究に取り組んだ．
過去約2万年から約千年毎のアイスコア試料を用いてゲノム解析を実地した．アイスコアから抽出したDNA断片からゲノムライブラリーの作成をおこない，イルミナ社の次世代シークエンサーを用いてゲノム配列の取得をおこなった．サンガーシークエンサーを用いた配列取得も同時におこなった．その結果，過去からの微生物群集の系統組成の変動を解明し，過去の気候に応じて微生物相が変遷してきたことを明らかにするなどの成果が得られた．
また，12500年前や6000年前のアイスコア試料から，現在の氷河表面にも生息しているシアノバクテリア種の検出に成功した．同細菌の配列は，古代由来であるものか，それとも現生からのコンタミネーション配列であるかどうかを検討するために，分子統計モデルを用いた検定法を考案した．その結果，アイスコアから採取された遺伝子配列は，コンタミネーションではなく古代由来である事を示すことが支持された。これは古代DNA解析において，配列の信憑性獲得する上で非常に画期的な成果である．さらに，突然変異率を算出し，Bayesian Skyline Plot による集団サイズの変動を推定した結果，現在の氷河上に生息しているシアノバクテリアは，1万年前から急激に集団サイズを増大させていることが明らかとなった．
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Noviherbaspirillum denitrificans sp. nov., denitrifying bacterium isolated from rice paddy soil and Noviherbaspirillum autotrophicum sp. nov, denitrifying, facultatively autotrophic bacterium isolated from rice paddy soil, and proposal to reclassify Herbaspirillum massiliense as Noviherbaspirillum massiliense comb. nov.2017
Author(s)
Satoshi Ishii, Naoaki Ashida; Hiroki Ohno, Takahiro Segawa, Shuhei Yabe, Shigeto Otsuka, Akira Yokota, Keishi Senoo
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Journal Title
Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
Volume: －
Pages: in press
Peer Reviewed
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[Journal Article] Removal of human pathogenic viruses in a down-flow hanging sponge (DHS) reactor treating municipal wastewater and health risks associated with utilization of the effluent for agricultural irrigation2017
Author(s)
Naohiro Kobayashi, Mamoru Oshiki, Toshihiro Ito, Takahiro Segawa, Masashi Hatamoto, Tsuyoshi Kato, Takashi Yamaguchi, Kengo Kubota, Masanobu Takahashi, Akinori Iguchi, Tadashi Tagawa, Tsutomu Okubo, Shigeki Uemura, Hideki Harada, Toshiki Motoyama, Nobuo Araki, Daisuke Sano
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Journal Title
Water Research
Volume: 110
Pages: 389-398
DOI
Peer Reviewed
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