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2015 Fiscal Year Annual Research Report

植物ポリケタイド骨格形成酵素群の触媒機能の拡張と分子多様性の創出

Research Project

Project/Area Number 26282210
Research InstitutionUniversity of Toyama

Principal Investigator

森田 洋行  富山大学, 和漢医薬学総合研究所, 教授 (20416663)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywordsポリケタイド / 閉環酵素 / X線結晶構造解析 / 酵素工学
Outline of Annual Research Achievements

昨年度において、アサ由来オリベトール酸閉環酵素(OAC)のアポ型の結晶構造の取得に成功した。本年度は、OACのさらなる基質特異性と触媒機構の詳細な解析を目的に、その生成物であるオリベトール酸との共結晶化を行った。その結果、1.6 Åの分解能でOACとオリベトール酸との複合体結晶構造の取得に成功した。OACは、その活性中心キャビティーに疎水性に富んだペンチル基結合ポケットを有し、ここにオリベトール酸のペンチル基を結合することが明らかとなった。また、Tyr24、Tyr72、His78が水素結合によるネットワークを形成し、His78がオリベトール酸のカルボキシル基と水素結合を形成すること、及び、His5もオリベトール酸のカルボキシル基と水素結合を形成することが明らかとなった。そこで、これら4つのアミノ酸に変異を導入し、変異が酵素活性に及ぼす影響について精査したところ、Tyr72とHis78に変異を導入すると酵素活性が消失することが判明した。さらにTyr72F変異酵素とHis78S変異酵素のX線結晶構造解析を行った結果、これらの変異の導入により、Tyr72とHis78の水素結合は消失する一方で、他のアミノ酸残基の立体構造は、野生型とほぼ同一に保持されていることが示された。これらのことからOACは、Tyr72とHis78を触媒残基として閉環反応を触媒していることが示唆された。次に、ペンチル結合ポケットを形成するアミノ酸残基を嵩高いアミノ酸に置換した。その結果、酵素活性が減弱することが示された。さらに、これらの変異酵素についてX線結晶構造解析を行った結果、変異の導入によりペンチル基結合ポケットの容積が減少し、基質が結合しにくくなったため、酵素活性を減弱することが示唆された。このことから、ペンチル結合ポケットは、基質のペンチル基の結合に重要であることが示唆された。上記解析結果に基づき、OACの反応メカニズムを提唱することができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の計画通りに、OACの基質特異性と触媒機構に関して明らかにすることができたことから、総合的に概ね計画通りに進展していると考えている。

Strategy for Future Research Activity

本年度において得られたOACの触媒機構に関する知見を踏まえ、OACの機能改変およびそれら機能改変酵素を用いた新規化合物群の創出を目指す。また、OACを他のⅢ型ポリケタイド合成酵素と組み合わせた場合の酵素反応生成物についても精査することで、さらなる新規化合物群の創出を試みる。

Causes of Carryover

本研究課題で使用する結晶化用試薬を発注したが、在庫がなく、現在、その製造待ちであるため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

現在、製造・入荷を待っている結晶化用試薬の購入にあてる。

  • Research Products

    (15 results)

All 2016 2015 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Acknowledgement Compliant: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Manipulation of prenylation reactions by structure-based engineering of bacterial indolactam prenyltransferases2016

    • Author(s)
      T. Mori, L. Zhang, T. Awakawa, S. Hoshino, M. Okada, H. Morita, I. Abe
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 7 Pages: 10849

    • DOI

      10.1038/ncomms10849

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Structural basis for olivetolic acid formation by a polyketide cyclase from Cannabis sativa2016

    • Author(s)
      X. Yang, T. Matsui, T. Kodama, T. Mori, X. Zhou, F. Taura, H. Noguchi, I. Abe, H. Morita
    • Journal Title

      FEBS J

      Volume: 283 Pages: 1088-1106

    • DOI

      10.1111/febs.13654

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Structural basis for the β-carboline alkaloids production by the microbial homodimeric enzyme McbB2015

    • Author(s)
      T. Mori, S. Hoshino, S. Sahashi, T. Wakimoto, T. Matsui, H. Morita, I. Abe
    • Journal Title

      Chem&Biol

      Volume: 22 Pages: 898-906

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2015.06.006

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Expression, purification, and crystallization of a plant polyketide cyclase from Cannabis sativa2015

    • Author(s)
      X. Yang, T. Matsui, T. Mori, F. Taura, H. Noguchi, I. Abe, H. Morita
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section F

      Volume: 71 Pages: 1470-1474

    • DOI

      10.1107/S2053230X15020385

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] アサ由来ポリケタイド閉環酵素のX線結晶構造解析2016

    • Author(s)
      森田洋行,楊新美,松井崇,児玉猛,森貴裕,周暁希,野口博司,阿部郁朗
    • Organizer
      日本薬学会第136年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2016-03-27 – 2016-03-29
  • [Presentation] Crystal structure analysis of the novel plant polyketide cyclase2016

    • Author(s)
      Morita H
    • Organizer
      International Conference on Natural Products (ICNP) 2016
    • Place of Presentation
      Kuala Terengganu, Malaysia
    • Year and Date
      2016-03-15 – 2016-03-17
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] アサ由来ポリケタイド閉環酵素のX線結晶構造解析2016

    • Author(s)
      松井崇,楊新美,児玉猛,周暁希,森貴裕,野口博司,阿部郁朗,森田洋行
    • Organizer
      2015年度量子ビームサイエンスフェスタ
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      2016-03-15 – 2016-03-16
  • [Presentation] Structural basis for novel plant polyketide cyclase2016

    • Author(s)
      Morita H
    • Organizer
      32nd International Annual Meeting in Pharmaceutical Sciences
    • Place of Presentation
      Chulalongkorn, Thailand
    • Year and Date
      2016-03-10 – 2016-03-11
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Structure-function analyses of two novel plant type III polyketide synthases obtained from medicinal plant Evodia rutaecarpa2015

    • Author(s)
      Kodama T., Matsui T., Mori T., Tadakoshi T., Noguchi H., Abe I., Morita H
    • Organizer
      Pacifichem 2015
    • Place of Presentation
      Honolulu
    • Year and Date
      2015-12-15 – 2015-12-20
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Precursor-directed biosynthesis of unnatural novel alkaloids by using a plant type III polyketide synthase obtained from Evodia rutaecarpa2015

    • Author(s)
      Ito T., Kodama T., Noguchi H., Abe I., Morita H
    • Organizer
      Pacifichem 2015
    • Place of Presentation
      Honolulu
    • Year and Date
      2015-12-15 – 2015-12-20
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Characterization of two novel plant type III polykeitde synthases obtained from medicinal plant Evodia rutaecarpa2015

    • Author(s)
      Morita H
    • Organizer
      Pacifichem 2015
    • Place of Presentation
      Honolulu
    • Year and Date
      2015-12-15 – 2015-12-20
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] アサ由来ポリケタイド閉環酵素のX線結晶構造解析2015

    • Author(s)
      森田洋行,楊新美,松井崇,児玉猛,周暁希,森貴裕,野口博司,阿部郁朗
    • Organizer
      酵素工学研究会第74回講演会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2015-10-16
  • [Presentation] Structural basis of polyketide cyclase from Cannabis sativa2015

    • Author(s)
      Yang X., Matsui T., Kodama T., Abe I., Morita H.: Structural basis of polyketide cyclase from Cannabis sativa
    • Organizer
      ISPSA2015
    • Place of Presentation
      Tokushima
    • Year and Date
      2015-08-30 – 2015-09-02
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 植物ポリケタイド骨格形成酵素群を利用した非天然型化合物群の創出2015

    • Author(s)
      森田洋行
    • Organizer
      理研NMR天然物シンポジウム
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2015-08-21
    • Invited
  • [Remarks] 富山大学和漢医薬学総合研究所 天然物化学分野

    • URL

      http://www.inm.u-toyama.ac.jp/napc/index.html

URL: 

Published: 2017-01-06  

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