2014 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノム科学による南西諸島全域のサンゴ個体群の全容解明
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26290065
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| Research Institution | Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University |
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Principal Investigator |
新里 宙也 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミクスユニット, 研究員 (70524726)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
酒井 一彦 琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 教授 (50153838)
中島 祐一 沖縄科学技術大学院大学, 海洋生態物理学ユニット, 研究員 (50581708)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | サンゴ / 集団遺伝 / 南西諸島 / ゲノム / SNP |
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| Outline of Annual Research Achievements |
地球規模での環境変動によりサンゴ礁が壊滅的な打撃を受けており、早急な対策と保護が求められる。本研究はサンゴの全ゲノム情報を駆使し、豊かな生物多様性を支える南西諸島のサンゴ個体群の全容を、1000kmもの広範囲に渡って明らかにする。ゲノム科学・生態学・集団遺伝学のスペシャリストが集い、南西諸島のサンゴ礁の遺伝的多様性や、島々のサンゴ礁がどのような遺伝的つながりがあるか(コネクティビティ)といったサンゴの動態を、全ゲノムSNPデータを用いた最高精度の解析を行う。本研究は、全ゲノムが解読されているコユビミドリイシ（Acropora digitifera）を主な対象種としている。南西諸島全域のサンゴ個体群の詳細な遺伝的背景が明らかになり、どの海域を優先して保護すべきか、そして荒廃したサンゴ礁の回復は望めるのか予測する事が可能になる。このように本研究は、南西諸島のサンゴ礁保護に大きく貢献することが期待される。
本年度は1000kmにもまたがる南西諸島の全域で、コユビミドリイシの採集をほぼ予定通り行うことが出来た。ゲノム・リシークエンスによる全ゲノムSNPデータを獲得するための解析にも着手した。
南西諸島には400種以上の造礁サンゴが生息している。南西諸島のサンゴ礁の全容を把握するためには、様々な種を調べることも重要である。Acropora属サンゴに汎用性があるマイクロサテライトマーカーの開発を行い、実際に多様な種において使用できることを確かめた。このマーカーを用いて、コユビミドリイシ以外のミドリイシサンゴについても、南西諸島全域での集団遺伝学的解析を進めている。ミドリイシサンゴ以外の造礁サンゴについてもマイクロサテライトマーカーを開発しており、多様な種を用いたサンゴの集団遺伝解析を行う基盤を整えつつある。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
南西諸島の主要な島々（沖縄本島、宮古、石垣、奄美、種子島）でのサンゴの採集を行い、ラージスケール（1000 km）でのサンプルの採集を、ほぼ予定通りに完了することが出来た。いくつかのサンプルについては次世代シーケンサーによるゲノム解読にも着手した。
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| Strategy for Future Research Activity |
南西諸島全域でのサンゴの採集を、できるだけ早く完了させたいと考えている。ゲノムワイドなSNP情報を用いた解析手法についても様々な方法を検討し、最適な解析手法の確立に努めたい。南西諸島のサンゴ礁の全容把握のため、様々なサンゴ種を用いた集団遺伝解析にも力を入れていきたいと考えている。
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| Causes of Carryover |
昨年度南西諸島全域でのサンプリングに力を入れたが、沖縄本島周辺のスモールスケールでのサンゴの採集については、天候や分担研究者との予定が合わないなどの理由により、十分行えなかった。その旅費が計上されたため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
分担研究者とより緊密に連絡を取り合い、サンゴの採集の計画を具体的に立てている。昨年度よりも積極的にスモールスケールでの材料採集に努める。
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