2015 Fiscal Year Annual Research Report
マウス胚ノードにおける初期左右軸形成の分子機構の解析
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26291051
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
目野 主税 九州大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (20311764)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | データーベース / ChIPシークエンス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
マウス初期胚のノードには左向きの水流が発生し、この水流がノードcrown細胞における複数の左右軸関連遺伝子の発現を左右非対称にする。これらの左右非対称発現は、ノードにおける分泌因子Nodalの活性を左側優位にし、その結果、左側側板中胚葉にNodal発現が拡張し左右軸が確立されることになる。ノードにおける非対称遺伝子発現の制御メカニズムの多くは不明であり、胚の一過的構造における短時間の現象であるため、定法によるシスエレメントの解析及びこれに結合するタンパク質の同定は難易度が高く時間もかかる。そこで、今年度は、公共データーベースに登録されてたすべてのChIPシークエンスの生データ（SRA）をスーパーコンピューターで処理し、ゲノムブラウザ上で任意のゲノム上におけるすべてのChIPシークエンスデータを一覧できるデーターベースChIP-Atlasを構築した。データーベースのURLは、http://chip-atlas.orgであり過日公開した。ChIPシークエンス技術の発展及びデータの集積は著しく、本データベースは公共データーベースに追加されたSRAを半永久的に自動処理し、ChIP-Atlasに追加する仕組みを組み込んだ。これによって、ゲノムDNA/転写因子関連の研究では既存のChIPシークエンス情報を最大限に活用できるようになった。私たちが着目する左右軸関連遺伝子の遺伝子座にも多くのタンパク質が結合していることが明らかになった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
実験による初期左右軸形成機構の解析には時間がかかっているが、公共データーベースに登録されたすべてのChIPシークエンスデータ（SRA）を一覧可能なChIP-Atlasを構築することができたため、全体としては概ね順調に進展していると評価した。
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| Strategy for Future Research Activity |
実験による初期左右軸形成機構の解析を推進していく。
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| Causes of Carryover |
平成２７年度はデーターベース構築が大きく発展することになったため、基金分の経費の使用を抑制することができた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
平成２８年度は全体計画のバランスを取りながら実験による解析に主体を移す予定であり、繰り越した研究費を活用していく。
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Research Products
(9 results)
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[Journal Article] Chd5 Regulates MuERV-L/MERVL Expression in Mouse Embryonic Stem Cells Via H3K27me3 Modification and Histone H3.1/H3.2.2015
Author(s)
Hayashi M, Maehara K, Harada A, Semba Y, Kudo K, Takahashi H, Oki S, Meno C, Ichiyanagi K, Akashi K, Ohkawa Y
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Journal Title
J Cell Biochem
Volume: 117
Pages: 780-792
DOI
Peer Reviewed
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