2016 Fiscal Year Annual Research Report
マウス胚ノードにおける初期左右軸形成の分子機構の解析
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26291051
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
目野 主税 九州大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (20311764)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | データベース / 左右軸形成 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
マウス初期胚は発生の進行と共に細胞及び形態を順次変化させながら胚体制を確立させ、これを基盤として左右軸を生み出すための組織（ノード、神経底板や側板中胚葉など）が胚全体に渡って構築される。原条の前端構造であるノード辺縁細胞（Crown細胞）ではNodalが発現するが、この領域のNodalが側板中胚葉へのシグナル伝播以外の役割を果たしているかは不明である。また、胚体制の確立においてもNodalはエピプラスの維持や原条形成に関わっていることもあり、本年度は組織分離が容易なエピブラストを用いてNodalシグナルの遺伝子発現制御を解析した。正常胚及びNodalシグナルを遮断した胚からエピブラストを顕微鏡下で単離し、これらのエピブラストで次世代シーケンサーによるRNA-seqを行った。得られたデータの情報解析を行うために、昨年度までに開発・公開していたChIP-seq統合データーベースChIP-Atlasの機能を拡張することにした。具体的には、任意のゲノム領域における公共データベース上のすべてのChIP-Seqデータの閲覧の他に、１）特定の転写因子が制御する可能性がある遺伝子の探索、２）特定の転写因子と共局在する因子の探索、３）遺伝子発現や特定ゲノムのリスト等のデータのenrichment解析の機能を組み込んだ。これらの機能は、ChIP-Atlas top page（http://chip-atlas.org）にリンクすることで、世界中の研究者がいつでも自由に使用出来るようにした。上記、エピブラストのRNA-seqデータはこれらの機能を活用して解析を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
研究室の人員減少のためウェットの実験遂行が遅れている。一方で、次世代シークエンサーのデータ解析手段を発展させることができたので、全体としては「やや遅れている」との判断とした。
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| Strategy for Future Research Activity |
ChIP-Atlasの機能拡充を図ることができたので、これを活用してウェットの実験を効率良く進めて行きたい。
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| Causes of Carryover |
研究室人員の減少のため予定よりもウェットの実験が遅れ、替わりにドライ解析の方法論開発が進んだため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
ウェットの実験に注力することで、本研究の一部実験の遅れを取り返したい。
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[Presentation] 既報の ChIP-seq データの利活用術2017
Author(s)
沖 真弥, 大田 達郎, 塩井 剛, 畠中 秀樹, 小笠原 理, 奥田 喜広, 川路 英哉, 仲木 竜, 瀬々 潤, 目野 主税
Organizer
第４回 発生における代謝を考える会
Place of Presentation
京都大学
Year and Date
2017-02-21 – 2017-02-21
Invited
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