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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Analysis of molecular mechanism for initial left-right axis formation in the node of mouse embryos

Research Project

Project/Area Number 26291051
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

目野 主税  九州大学, 医学研究院, 教授 (20311764)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2018-03-31
Keywords遺伝子発現 / ChIP-seq / データーベース / 胚発生
Outline of Annual Research Achievements

マウス初期胚のノード辺縁で発現する左右軸関連遺伝子は胚体制を制御するシステムと関連し、例えば、Wnt3aは胚後方で持続発現することで体節形成、左右軸形成、体軸伸長を制御する。本年度は、胚体制と左右軸の連携についての知見を得るため、Wnt3a発現のエンハンサー領域を解析すると共にChIP-Atlasの更新とその活用を図った。
・ChIP-seqデータは研究者によってSequence Read Archivesの形式で随時、公共データベースに登録される。ChIP-Atlasに集録された情報を最新に保つため、定期的にすべての新規登録SRAを取得し、これを適切に処理してChIP-Atlasに組み込んだ。このような地道な更新の結果、ChIP-Atlasは既に1800人以上の利用者による月5万ページ以上の閲覧があり、ChIP-Atlasを活用した論文も発表されるようになった。有用なデータベースとして、ChIP-Atlasは世界的な信頼を獲得したと考えられる。
・Wnt3aの様々なゲノム断片をレポーター遺伝子LacZと連結したコンストラクトを作成し、受精卵にインジェクションした後に雌マウスに卵管移植することで発生させた。E8.5における胚後方のX-gal染色でエンハンサー活性を評価し、エンハンサー活性を保有するゲノム断片を得た。この断片を欠失させ突然変異を導入することで、エンハンサー活性を担う配列を同定することができた。Wnt3aエンハンサーをChIP-Atlasで解析したところ、胚後方で発現する転写因子の結合は既存のデータには含まれておらず、この配列のウェットによる更なる解析と共にChIP-Atlasの持続的な更新の必要性が確認された。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (4 results)

All 2018 2017 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Chd2 regulates chromatin for proper gene expression toward differentiation in mouse embryonic stem cells2017

    • Author(s)
      Semba Y, Harada A, Maehara K, Oki S, Meno C, Ueda J, Yamagata K, Suzuki A, Onimaru M, Nogami J, Okada S, Akashi K, Ohkawa Y
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: 45 Pages: 8758-8772

    • DOI

      10.1093/nar/gkx475

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions2018

    • Author(s)
      Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese, Chikara Meno
    • Organizer
      Keystone Symposium; Gene Control in Development and Disease
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions2017

    • Author(s)
      Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese, Chikara Meno
    • Organizer
      50th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] ChIP-Atlas

    • URL

      http://chip-atlas.org

URL: 

Published: 2018-12-17  

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