2017 Fiscal Year Annual Research Report
Population genetic studies of evolution of tree populations using amplicon sequencing method
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26291082
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
舘田 英典 九州大学, 理学研究院, 教授 (70216985)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
津村 義彦 筑波大学, 生命環境系, 教授 (20353774) [Withdrawn]
手島 康介 九州大学, 理学研究院, 助教 (20447593)
楠見 淳子 九州大学, 比較社会文化研究院, 准教授 (20510522)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 集団遺伝学 / 集団構造 / 自然淘汰 / 樹木集団 / アンプリコンシークエンシング / イスノキ / スギ / シマイスノキ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
スギのオモテスギ２集団（屋久島、静岡）ウラスギ２集団（富山、青森）のさらに詳しい解析を行なった。まずデータのクリーニングと重複遺伝子座の除去を行い、９４個体、１２０遺伝子座のデータを得た。集団間の遺伝的分化の指数から集団に特異的に適応したと考えられる遺伝子座の探索を行ったが、該当する遺伝子座は見つからなかった。そこでこれらの遺伝子座には適応的自然淘汰の影響がないと考え、塩基配列データから尤度を使って集団の歴史を推定するソフトウエアを使って、スギの集団史推定を行なった。その結果、約８０万年前に屋久島集団が他の集団から分岐し、その後約３０万年前に他の３集団が分岐したこと、集団の分岐後は集団間に弱い遺伝子流動があることなどがわかった。
一方イスノキと小笠原固有種シマイスノキの解析では、イスノキの１個体でサンガー法により決定した参照配列を、次世代シークエンサーにより得ていたイスノキ当該個体の配列と比べてエラー率が最小となるような方法で全体のデータクリーニングを行った。重複遺伝子座も除いた結果、イスノキ６集団（九州及び四国）、シマイスノキ２集団（父島・母島）で合計９５個体、１１２遺伝子座のデータを得た。このデータの解析から、まずイスノキとシマイスノキの分岐が起こり、そのあとシマイスノキで父島・母島集団が分岐したこと、イスノキ集団間の遺伝的分化は低く分岐は比較的最近に起こったことが明らかになった。興味深いことにイスノキの集団の中で四国の１集団が他の集団と比べると比較的高い遺伝的分化を示した。これはこの集団が異なるレフュージア（氷期での退避地）由来である可能性を示唆している。またイスノキとシマイスノキ、シマイスノキ父島集団と母島集団の間で、少数ながら高い遺伝的分化を示す遺伝子座が見つかった。これらの遺伝子座は適応的進化の候補遺伝子座と考えられる。
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| Research Progress Status |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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