2014 Fiscal Year Annual Research Report
全ゲノム・エピゲノム解析を用いた炎症性腸疾患の包括的解析および治療戦略の確立
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26293180
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
山崎 慶子 独立行政法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 研究員 (50415329)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
鈴木 康夫 東邦大学, 医学部, 教授 (40261911)
LOW SIEWKEE 独立行政法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 研究員 (40634720)
江崎 幹宏 九州大学, 大学病院, 講師 (50335957)
梅野 淳嗣 九州大学, 大学病院, 助教 (70621704)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 炎症性腸疾患 / 全ゲノム関連解析 / 薬剤応答性 / エピゲノム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
炎症性腸疾患(inflammatoryboweldisease;IBD)はクローン病、潰瘍性大腸炎に分類される難治性疾患であり、病態は不明なところが多い。下記研究計画に基づき、研究を行った。
1)新規Inflixamab導入患者検体を用いた前向き研究
A)IBD検体の臨床診断および治療効果の判定(鈴木、江崎、梅野、本谷)：多施設共同研究機関である東邦大学、九州大学、札幌厚生病院と連携し、前向きに調査する。昨年度九州大学を中心に42検体の収集を行った。
B)ゲノム・エピゲノム関連領域の同定(山崎、Low)：A)にて得た検体について、WGBSを行う。ライブラリー調整方法の検討を終了し、解析方法のパイプラインを構築中である。
2)imputationを用いた新規IBD関連領域同定(山崎、冬野、Low)：GWASデータを元にimputation(ジェノタイプデータの推測)を行い、クローン病・潰瘍性大腸炎・炎症性腸疾患の関連領域の探索を行った。候補領域を別検体を用いた検証を行い、2か所のクローン病関連領域(1p36 (rs876109; P = 4.01×10-7)， 11q21 (rs4435033; P = 4.55×10-7)、１か所の潰瘍性大腸炎関連領域(18q23 (rs4798947; P = 5.39×10-7)を見つけた。本研究成果はASHG (The American Society of Human Genetics) 62th Annual Meeting [ポスター]にて報告した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
1)新規Inflixamab導入患者検体を用いた前向き研究
"A)IBD検体の臨床診断および治療効果の判定"についてはInflixmab新規導入患者が少ないため、検体収集が予定ほど進んでいない。
"B)ゲノム・エピゲノム関連領域の同定"は、ライブラリー調整方法の検討は終了している。MiSeqを用いたラン条件の検討は終わっているが、HiSeqは現在検討中である。
2)imputationを用いた新規IBD関連領域同定
基礎データの取得が終わっており、現在論文作成中である。
以上の達成状況より、「(3)やや遅れている」とした。
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| Strategy for Future Research Activity |
本計画の進捗状況を左右しているのは「1)新規Inflixamab導入患者検体を用いた前向き研究 - A)IBD検体の臨床診断および治療効果の判定」である。
Inflixmabの新規導入患者数が少ない(IBDの患者数が少ないことに加え、患者の多くがすでに導入済みであるため)ことは発案時より考慮していたことであるが、実エントリー数は予想を下回っている。
またエントリーしたものの、患者の転居等により追跡不可能な事例が生じている。収集済み検体を用いて、一部研究デザインの変更を検討し、可能な限り検体を最大限いかせるようにしていきたい。
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| Causes of Carryover |
分担研究者担当の試料収集が予定を下回ったため、収集に関連する費用、また新規収集検体を用いた計画が遂行できなかった。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
次年度以降の新規検体の収集費用、また新規検体を用いた計画に使用する。
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Research Products
(2 results)
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[Presentation] A genome-wide association study by using imputed genotypes identifies a susceptibility locus for Crohn's disease in a Japanese population2014
Author(s)
Yamazaki K, Umeno J, Takahashi A, Hirano A, Johnson T, Morizono T, Kawaguchi T, Takazoe M, Yamada T, Suzuki Y, Tanaka H, Motoya S, Hosokawa M, Arimura Y, Shinomura Y, Matsui T, Matsumoto T, Iida M, Tsunoda T, Nakamura Y, Kamatani N, Kubo M
Organizer
ASHG (The American Society of Human Genetics) 61th Annual Meeting
Place of Presentation
San Diego (USA)
Year and Date
2014-10-18 – 2014-10-22
