2017 Fiscal Year Annual Research Report
Comprehensive analysis of inflammatory bowel disease using by genome-wid genetic and epigenetic association studies
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26293180
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| Research Institution | Nihon University |
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Principal Investigator |
山崎 慶子 日本大学, 医学部, 助教 (50415329)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
鈴木 康夫 東邦大学, 医学部, 教授 (40261911)
江崎 幹宏 九州大学, 大学病院, 講師 (50335957)
梅野 淳嗣 九州大学, 大学病院, 助教 (70621704)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 炎症性腸疾患 / 全ゲノム関連解析 / 薬剤応答性 / エピゲノム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1) 新規Inflixamab導入患者検体を用いた前向き研究
A) IBD検体の臨床診断および治療効果の判定： 九州大学を中心に22検体を収集した。現在、臨床情報の収集を依頼している。課題期間中に2年を超える長期寛解群を収集が時間的に難しいことが本研究計画の問題点であった。収集初期にエントリーした患者は2年を超え、検体収集の面での問題点はクリアされつつある。
B)ゲノム・エピゲノム関連領域の同定：テスト検体を用いて、全ゲノムバイサルファイトシークエンス(whole genome bisulfite sequence; WGBS)を施行した。メチル化率を取得するために必要なデータ量を取得するには深度20以上のデータが必要だが、同じライブラリーを複数レーン流して取得データ量を増やしても全ゲノムをカバーすることはできないことがわかった(データ非公開)。一方でマッピングされない領域はサンプルやリポート領域に集中していることから、本試験は標的バイサルファイトシークエンスを用いる。
3) imputationを用いた新規IBD関連領域同定：糖鎖関連遺伝子がIBDに与える影響を調べるため、GWASの結果からMAN2A1を候補遺伝子として選択した。デキストランサルフェートによる大腸炎モデルで、腸管上皮細胞特異的にMAN2A1欠損マウスが大腸炎抵抗性を示した(Cell Struct Funct. 43,25-39)。GWASの結果を利用することで、新たな腸炎のモデルマウスを開拓できることを示した。
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| Research Progress Status |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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