2014 Fiscal Year Annual Research Report
小児固形腫瘍の転移・再発を制御するクローン進化の時空的かつ網羅的ゲノム解析
| Project/Area Number |
26293242
|
|---|
| Research Institution | The University of Tokyo |
|---|
Principal Investigator |
滝田 順子 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (00359621)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
加藤 元博 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (40708690)
安戸 裕貴 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (70422285)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
|
| Keywords | 小児難治性腫瘍 / 神経芽腫 / 単一細胞シークエンス / クローナルエボリューション |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
難治性小児がんの新規治療標的を同定するために、次世代シークエンサー、高密度マイクロアレイといった革新的ゲノム解析技術を用いて、小児固形腫瘍の初発、転移、再発腫瘍のクローン進化を細胞レベルで経時的かつ網羅的に解析し、再発や転移を規定する分子病態の解明を試みる。本年度は、ALK変異を有する神経芽腫1例およびDICER1変異を有する甲状腺がん1例の凍結腫瘍検体を用いて、レーザーマイクロデイセクション(LMD)による単一細胞の単離とDNAの増幅を試みた。具体的には、凍結標本よりスタンプ標本を作製し、腫瘍細胞を単一層にスライドグラスに貼り付けら後に、LMDによる切り出しを行った。DNAの増幅には、全ゲノム増幅キットを用いた。増幅したDNAが腫瘍由来か否かを検討するために、それぞれの腫瘍でALK、DICER1の変異部位のサンガーシークエンスを行った。その結果、ALK変異は確認できなかったが、DICER1変異は確認できた。ALK変異が確認できなかった要因として、腫瘍細胞のintra-tumor heterogeneityの存在が示唆された。そこで、神経芽腫の腫瘍検体を用いて、deep sequencingを行い、ALK変異のアレル頻度を確認したところ、20%であった。従って、神経芽腫から分離する単一細胞数を増やして、更なる検証を行う予定である。また、神経芽腫2例における初発、再発腫瘍のエクソーム解析、deep sequencingを行い、クローン進化の評価を行った。その結果、再発腫瘍では、初発時のmajor cloneに新たな付加異常が加わったクローンが大半を占めており、これらの付加的な異常が悪性度を規定している可能性が示唆された。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
白血病細胞などの造血器腫瘍とは異なり、固形腫瘍における単一細胞は困難を極めているが、これまでの解析により神経芽腫と甲状腺がんからの単一細胞の単離、DNAの増幅には成功した。研究の第一段階は、達成した。また、次世代シークエンサーを用いたエクソーム解析、deep sequencingによりクローン進化の評価法も確立した。
|
| Strategy for Future Research Activity |
単一細胞の単離、DNAの増幅には成功したものの、検体によっては、不安定な部分もあり、更なる条件検討が必要である。そこで、さらに症例を増やして、単一細胞の単離を試みる。さまざまなコンディションの腫瘍検体を解析することにより、安定した手法の確立を目指す。また、抽出したDNAを用いたSNPアレイも行って、ゲノムコピー数の網羅的解析が可能か否かの検証を行う。条件検討により手法を確立し、多数検体の解析が可能なシステムを構築する。また、単一細胞シークエンスと平行して、初発、転移巣、再発腫瘍のゲノムワイドな解析を行い、腫瘍細胞のもつクローンの集団進化の検討も進める。また腫瘍内のintra-tumor heterogeneityを解明するために、同一腫瘍の複数個所を切り出して、エクソーム解析、SNPアレイ解析、deep sequencingを行う。解析腫瘍としては、神経芽腫、肝芽腫、膵芽腫を予定している。
|
| Causes of Carryover |
年度末旅費が見積りより少なかったため、少額の未使用金が生じた
|
| Expenditure Plan for Carryover Budget |
２７年度購入の消耗品の一部にあてる予定
|
Research Products
(77 results)
-
-
[Journal Article] Aggressive transformation of anaplastic large cell lymphoma with increased number of ALK-translocated chromosomes.2015
Author(s)
Hoshino A, Nomura K, Hamashima T, Isobe T, Seki M, Hiwatari M, Yoshida K, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Miyano S, Ogawa S, Takita J, Kanegane H.
-
Journal Title
Int J Hematol
Volume: 101
Pages: 198-202
DOI
Peer Reviewed / Open Access
-
[Journal Article] Allogeneic haematopoietic stem cell transplantation for infant acute lymphoblastic leukaemia with KMT2A (MLL) rearrangements: a retrospective study from the paediatric acute lymphoblastic leukaemia working group of the Japan Society for Haematopoietic Cell Transplantation.2015
Author(s)
Kato M, Hasegawa D, Koh K, Kato K, Takita J, Inagaki J, Yabe H, Goto H, Adachi S, Hayakawa A, Takeshita Y, Sawada A, Atsuta Y, Kato K.
-
Journal Title
Br J Haematol.
Volume: 168
Pages: 564-70
DOI
Peer Reviewed / Open Access
-
[Journal Article] Early use of allogeneic hematopoietic stem cell transplantation for infants with MLL gene-rearrangement-positive acute lymphoblastic leukemia.2015
Author(s)
Koh K, Tomizawa D, Moriya Saito A, Watanabe T, Miyamura T, Hirayama M, Takahashi Y, Ogawa A, Kato K, Sugita K, Sato T, Deguchi T, Hayashi Y, Takita J, Takeshita Y, Tsurusawa M, Horibe K, Mizutani S, Ishii E.
-
Journal Title
Leukemia.
Volume: 29
Pages: 290-6
DOI
Peer Reviewed / Open Access
-
[Journal Article] Identification of a homozygous JAK3 V674A mutation caused by acquired uniparental disomy in a relapsed early T-cell precursor ALL patient.2015
Author(s)
Kawashima-Goto S, Imamura T, Seki M, Kato M, Yoshida K, Sugimoto A, Kaneda D, Fujiki A, Miyachi M, Nakatani T, Osone S, Ishida H, Taki T, Takita J, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Miyano S, Ogawa S, Hosoi H.
-
Journal Title
Int J Hematol.
Volume: 101
Pages: 411-6
DOI
Peer Reviewed / Open Access
-
[Journal Article] Upregulation of MAPK negative feedback regulators and RET in mutant ALK neuroblastoma: implications for targeted treatment.2015
Author(s)
Lambertz I, Kumps C, Claeys S, Lindner S, Beckers A, Janssens E, Carter DR, Cazes A, Cheung BB, De Mariano M, De Bondt A, De Brouwer S, Delattre O, Gibbons J, Janoueix-Lerosey I, Laureys G, Liang C, Marshall GM, Porcu M, Takita J et al.
-
Journal Title
Clin Cancer Res.
Volume: -
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access
-
-
-
[Journal Article] Systemic lupus erythematosus complicated with liver cirrhosis in a patient with Papillon-Lefèvre syndrome.2014
Author(s)
Yasudo H, Ando T, Takeuchi M, Nakano H, Itonaga T, Takehara H, Isojima T, Miura K, Harita Y, Takita J, Oka A.
-
Journal Title
Lupus.
Volume: 23
Pages: 1523-7
DOI
Peer Reviewed / Open Access
-
-
-
[Journal Article] Flotillin-1 regulates oncogenic signaling in neuroblastoma cells by regulating ALK membrane association.2014
Author(s)
Tomiyama A, Uekita T, Kamata R, Sasaki K, Takita J, Ohira M, Nakagawara A, Kitanaka C, Mori K, Yamaguchi H, Sakai R.
-
Journal Title
Cancer Res.
Volume: 74
Pages: 3790-801
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
-
[Journal Article] Biallelic DICER1 mutations in sporadic pleuropulmonary blastoma.2014
Author(s)
Seki M, Yoshida K, Shiraishi Y, Shimamura T, Sato Y, Nishimura R, Okuno Y, Chiba K, Tanaka H, Kato K, Kato M, Hanada R, Nomura Y, Park MJ, Ishida T, Oka A, Igarashi T, Miyano S, Hayashi Y, Ogawa S, Takita J.
-
Journal Title
Cancer Res
Volume: 74
Pages: 2742-9
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
-
[Journal Article] Genome-wide approach to identify second gene targets for malignant rhabdoid tumors using high-density oligonucleotide microarrays.2014
Author(s)
Takita J, Chen Y, Kato M, Ohki K, Sato Y, Ohta S, Sugita K, Nishimura R, Hoshino N, Seki M, Sanada M, Oka A, Hayashi Y, Ogaw S.
-
Journal Title
Cancer Sci.
Volume: 105
Pages: 258-64
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
-
-
-
-
-
[Journal Article] 高用量シクロフォスファミドによるHLA一致同胞間骨髄幹細胞移植後に致死的心毒性をきたした一例2014
Author(s)
渡邉 健太郎, 加藤 元博, 田中 淳, 中井 まりえ, 関 正史, 林 泰佑, 塩澤 亮輔, 樋渡 光輝, 吉田 健一, 小川 誠司, 松坂 恵介, 深山 正久, 滝田 順子, 岡 明
-
Journal Title
日本造血細胞移植学会雑誌
Volume: 3
Pages: 120-3
Peer Reviewed / Open Access
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
[Presentation] Whole Exome and Transcriptome Analyses in Pediatric T-Cell Acute Lymphoblastic Leukemia.2014
Author(s)
Seki M, Yoshida K, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Kato M, Hanada R, Miyano S, ide Hayashi Y, Ogawa S, Takita J
Organizer
56th Annual Meeting of American Society of Hematology
Place of Presentation
San Francisco, U.S.A.
Year and Date
2014-12-06 – 2014-12-09
-
-
[Presentation] ntegrated analysis of clonal evolution in hepatoblastoma with familial adenomatous polyposis.2014
Author(s)
Hoshino N, Seki M, Yoshida K, Kato M, Sato Y, Kasahara M, Nakazawa A, Miyano S, Hayashi Y, Oka A, Iwanaka T, Takita J.
Organizer
第56回日本小児血液・がん学会学術集会
Place of Presentation
岡山コンベンションセンター
Year and Date
2014-11-28 – 2014-11-30
-
[Presentation] Landscape of genomic alteration of pediatric germ cell tumors.2014
Author(s)
Shiozawa R, Seki M, Hoshino N, Yoshida K, Yoshida M, Uryu K, Hiwatari M, Kato M, Ogawa S, Oka A, Takita J.
Organizer
第56回日本小児血液・がん学会学術集会
Place of Presentation
岡山コンベンションセンター
Year and Date
2014-11-28 – 2014-11-30
-
[Presentation] Integrated genetic and epigenetic analysis defines novel molecular clusters in rhabdomyosarcoma.2014
Author(s)
Seki M, Nishimura R, Yoshida K, Shimamura T, Shiraishi Y, Sato Y, Hoshino N, Nagae G, Okuno Y, Hosoi H, Tanaka Y, Okita H, Taguchi T, Hanada R, Oka A, Miyano S, Aburatani H, Hayashi Y, Ogawa S, Takita J.
Organizer
第56回日本小児血液・がん学会学術集会
Place of Presentation
岡山コンベンションセンター
Year and Date
2014-11-28 – 2014-11-30
-
[Presentation] The role of epigenetic dysregulation in neuroblastoma.2014
Author(s)
Hoshino N, Seki M, Yoshida K, Kato M, Nishimura R, Sato Y, Miyano S, Nagae G, Hayashi Y, Oka A, Aburatani H, Iwanaka T, Ogawa S, Takita J
Organizer
第56回日本小児血液・がん学会学術集会
Place of Presentation
岡山コンベンションセンター
Year and Date
2014-11-28 – 2014-11-30
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
[Presentation] Integrative genome analysis of T cell acute lymphoblastic leukemia with subsequent development of Langerhans cell histocytosis.2014
Author(s)
Seki M, Kat M, Ohyama R, Yoshida K, Sato Y, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Arakawa Y, Kishimot H, Sanada M, Miyano S, Oka A, Hanada R, Ogawa S, Koh K, Takita J
Organizer
第76回日本血液学会学術集会
Place of Presentation
大阪国際会議場
Year and Date
2014-10-31 – 2014-11-02
-
[Presentation] Genome-wide Epigenetic and copy number analyses in Rhabdomyosarcoma.2014
Author(s)
Seki M, Shimamura T, Yoshida K, Sato Y, Nishimura R, Kato M, Nagae G, Oka A, Miyano S, Aburatani H, Hayashi Y, Ogawa S, Takita J
Organizer
46th Congress of the International Society of Paediatric Oncology
Place of Presentation
Toronto, Canada
Year and Date
2014-10-22 – 2014-10-25
-
[Presentation] Genome-wide approach to identify gene targets of pancreatoblastoma.2014
Author(s)
Isobe T, Seki M, Yoshida K, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Sato Y, Kato M, Hama A, Tanaka Y, Miyano S, Hayashi Y, Ogawa S, Oka A, Takita J
Organizer
46th Congress of the International Society of Paediatric Oncology
Place of Presentation
Toronto, Canada
Year and Date
2014-10-22 – 2014-10-25
-
[Presentation] Allogeneic hematopoietic stem cell transplantation for infants with acute lymphoblastic leukemia.2014
Author(s)
Kato M, Hasegawa D, Koh K, Inagaki J, Kato K, Goto H, Takita J, Yabe H, Sawada A, Atsuta Y, Kato K
Organizer
46th Congress of the International Society of Paediatric Oncology
Place of Presentation
Toronto, Canada
Year and Date
2014-10-22 – 2014-10-25
-
-
-
-
-
-
-
-
-
[Presentation] Genome-Wide Methylation Analysis in Neuroblastoma.2014
Author(s)
Seki M, Kato M, Ohyam R, Yoshida K, Sato Y, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Arakaw Y, Kishimoto H, Sanada M, Miyano S, Oka A, Hanada R, Ogawa S, Koh K, Takit J
Organizer
Advances in Neuroblastoma Research 2014
Place of Presentation
Cologne, Germany
Year and Date
2014-05-13 – 2014-05-16
-
-
[Presentation] Genetic Landscapes of Childhood T-Cell Acute Lymphoblastic Leukemia.2014
Author(s)
Seki M, Yoshida K, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Kato M, Hiwatari M, Sanada M, Hanada R, Miyano S, Oka A, Hayashi Y, Ogawa S, Takita J
Organizer
Pediatric Academic Societies and Aisan Society for Pediatric Research 2014
Place of Presentation
Vancouver, Canada
Year and Date
2014-05-03 – 2014-05-06
-
[Presentation] Genome-wide analysis of T cell acute lymphoblastic leukemia with subsequent development of Langerhans cell histocytosis.2014
Author(s)
Seki M, Kato M, Oyama R, Yoshida K, Sato Y, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Arakawa Y, Kishimoto H, Miyano S, Oka A, Hanada R, Ogawa S, Koh K, Takita J
Organizer
9th Biennial Childhood Leukemia Symposium
Place of Presentation
Prague, Czech Republic
Year and Date
2014-04-28 – 2014-04-29
-
[Presentation] The Genetic landscape of neuroblastoma.2014
Author(s)
Uryu K, Nishimura R, Yoshida K, Seki M, Kato M, Oka A, Hayashi Y, Tajiri T, Nakagawara A, Ogawa S, Takita J
Organizer
The 11th Asian Society for Pediatric Research 2015
Place of Presentation
大阪国際会議場
Year and Date
2014-04-15 – 2014-04-18
-
[Presentation] Integrated genetic and epigenetic analysis in rhabdomyosarcoma.2014
Author(s)
Seki M, Yoshida K, Hosoi H, Tanaka Y, Okita H, Hanada R, Igarashi T, Oka A, Hayahshi Y, Ogawa S, Takita J
Organizer
The 11th Asian Society for Pediatric Research 2015
Place of Presentation
大阪国際会議場
Year and Date
2014-04-15 – 2014-04-18
-
[Presentation] Genetic alterations in ATM pathway related genes in neuroblastoma.2014
Author(s)
Yoshida M, Kato M, Uryu K, Hoshino N, Seki M, Hiwatari M, Yoshida K, Oka A, Ogawa S, Hayashi Y, Takita J
Organizer
The 11th Asian Society for Pediatric Research 2015
Place of Presentation
大阪国際会議場
Year and Date
2014-04-15 – 2014-04-18
-
[Presentation] Clonal evolution and pathology in hepatoblastoma with familial adenomatous polyposis.2014
Author(s)
Hoshino N, Seki M, Yoshida K, Kato M, Sato Y, Nakagawa A, Miyano S, Iwanaka T, Oka A, Ogawa S, Takita J
Organizer
The 11th Asian Society for Pediatric Research 2015
Place of Presentation
大阪国際会議場
Year and Date
2014-04-15 – 2014-04-18
-
-
-
-
-
-
-
