2014 Fiscal Year Annual Research Report
ガーナ共和国の野生動物・家畜におけるクラミジア分布調査とゲノム多様性
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26304039
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| Research Institution | Gifu University |
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Principal Investigator |
大屋 賢司 岐阜大学, 応用生物科学部, 准教授 (50402219)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
福士 秀人 岐阜大学, 応用生物科学部, 教授 (10156763)
中尾 亮 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 特任助教 (50633955)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | ガーナ / 野生動物 / 家畜 / クラミジア / 疫学 / ゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ガーナ共和国に生息する野生動物・家畜において、人や家畜の重要な病原体であるクラミジア分布調査と遺伝子型別を行う。国内では実施不可能な、多様な動物を対象とした包括的な実態調査を計画した。さらに、遺伝子型別に関して、野外検体からの直接全ゲノム配列解読による比較ゲノム解析までを目指す。
１）ガーナの野生動物・家畜におけるクラミジア保有状況の実態調査
事業開始前の3月に、別プロジェクトにてガーナに渡航した。当初計画では家畜のサンプルはアクラ近郊の市場で入手予定であった。ところが、ガーナ大カウンターパートより、野鳥採集予定ヶ所の麓の村に家畜が飼育されており、そこの家畜からの採材を提案された。カウンターパートの仲介の元、村人の協力が得られ、計画通り、野鳥、家畜（ヤギ、ヒツジ、ニワトリ）から採材を行うことができた。現地にて抽出したDNAを日本へ持ち帰り、クラミジアDNAの検出を試みた。各動物から予想以上の割合（いずれの動物からも20%以上）でクラミジアが検出された。現地で抽出したDNAの品質の問題により配列解析は当初難航したが、DNAの増幅酵素の使用、PCR反応に用いる酵素を検討することによって、改善されつつある。
２）仮想野外臨床検体からのクラミジア濃縮と全ゲノム配列決定
今年度は、クラミジア濃縮に用いる抗クラミジア単クローン抗体の性状解析と大量調製を行った。抗クラミジアLPS単クローン抗体を産生するハイブリドーマを大量培養し、硫安法を用いて濃縮を行った。また、全ゲノム配列決定には、ガーナで検出されるクラミジアの比較対象として、別プロジェクトで下痢症を呈する牛より分離したクラミジア2株の全ゲノム解析をスタートした。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
１）ガーナの野生動物・家畜におけるクラミジア保有状況の実態調査
実態調査に関しては当初計画以上にサンプルを集めることができた。分子系統解析に難航しているが、現地での採材、核酸抽出法に改良を加えることができた。
２）仮想野外臨床検体からのクラミジア濃縮と全ゲノム配列決定
仮想野外検体からのクラミジア濃縮は行えなかったが、他プロジェクトにおいて家畜の症例より分離されたクラミジアのゲノム解読に着手することができた。得られる成果は、ガーナの家畜より検出されるクラミジアの遺伝子解析のための貴重な情報となると思われる。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成26年度は、現地での調査だけでなく、カウンターパートにこちらの研究実施環境をみてもらい、今後の方針についてディスカッションを行うことができた。その結果、渡航時の採材をスムーズに行うため、ガーナ大の若手研究者を短期間来日させ、現地での採材法を修得してもらうこととした。また、2年目より単クローン抗体を用いたクラミジア濃縮に本格的に取り組むこととしている。
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| Causes of Carryover |
事業開始前に別プロジェクトで渡航し十分にサンプリングを行うことができた。それに加え、平成26年度は近隣国のエボラ出血熱流行のため、当初夏に予定していた渡航を見送り、国内でのサンプル解析に専念した。そのため、旅費（海外）が予定よりもかからなかったため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
平成27年度は、夏季の現地渡航を予定しており、そのための渡航費、現地採材に必要な謝金等に使用する予定である。
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[Journal Article] Genetic and antigenic analysis of Chlamydia pecorum strains isolated from calves with diarrhea.2015
Author(s)
Ohtani A, Kubo M, Shimoda H, Ohya K, Iribe T, Ohishi D, Endoh D, Omatsu T, Mizutani T, Fukushi H, Maeda K
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Journal Title
J Vet Med Sci
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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