2017 Fiscal Year Annual Research Report
ガーナ共和国の野生動物・家畜におけるクラミジア分布調査とゲノム多様性
| Project/Area Number |
26304039
|
|---|
| Research Institution | Gifu University |
|---|
Principal Investigator |
大屋 賢司 岐阜大学, 応用生物科学部, 准教授 (50402219)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
福士 秀人 岐阜大学, 応用生物科学部, 教授 (10156763)
中尾 亮 北海道大学, 獣医学研究院, 准教授 (50633955)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2019-03-31
|
| Keywords | 獣医学 / 細菌 / クラミジア / アナプラズマ / 家畜 / アフリカ / 野生動物 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
生物多様性の宝庫ともいわれるガーナ共和国に生息する野生動物・家畜において、ヒトや家畜の重要な病原体であるクラミジア分布調査と遺伝子型別を行う。多様な宿主域をもつクラミジアは自然界では様々な動物に保有されており、国内では実施不可能な、多様な動物を対象とした包括的な実態調査を計画した。
１）ガーナの野生動物・家畜におけるクラミジア保有状況の実態調査
今年度は9月に渡航し、ブルキナファソに近いガーナ北部で粗放的に飼育される在来家畜（ヤギ、ニワトリ）より採血を行った。DNA抽出をガーナ大で行う予定であったが、ロストバゲージにより、滞在時の予定を変更せざるを得なくなり、採取した材料は冷凍保存し、次年度（研究期間の延長申請を行った）渡航し解析することとした。昨年度、野生の大型齧歯類グラスカッターに寄生してダニを採取し、クラミジアを始め保有する病原体のスクリーニングを行った。クラミジア（パラクラミジア）は検出されなかったが、アナプラズマ属、エーリッキア属、バベシア属原虫が検出された。特にアナプラズマに関して詳細な解析を行ったが、ヒトや家畜に高い病原性を示す種であることが明らかとなった。その他、ブタおよびニワトリのウイルス保有状況調査を行い、ブタがあるウイルスに不顕性感染していることを強く示唆するデータを得た。
２）野外臨床検体のMLST解析
検体中の微量なクラミジア遺伝子の詳細な解析を可能にするため、bacteriophage Phi29 DNA polymeraseを用いて、DNAの非特異増幅効果の検証を行った。牛の糞便に階段希釈したクラミジア粒子をスパイクしDNAを抽出して健勝に用いた。日常的な解析に用いるompAに加え、MLST解析に用いるenoA, gltA, gatA, hflx, oppA, hemN, fumCを解析対象とした。その結果、enoA, hflxに関しては確実な増幅効果が認められた。現在、この系を用いて過去の野外検体の解析を行っている。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
渡航時のロストバゲージにより、今年度のサンプル解析を翌年度に持ち越したが、その他は概ね順調に進行している。特に、ゲノム非特異増幅により、解析の感度が10～100倍に向上した。これにより、enoAやhflxなどの遺伝子解析が可能となり、種レベルの同定、系統解析がより高い解像度で行えるようになったため。
|
| Strategy for Future Research Activity |
今年度は、動物からの採血許可を得ることができたため、糞便ではなく、全血材料も解析対象とした。全血材料は、糞便DNAに比べ夾雑物が少なく、解析は翌年に持ち越したものの、より詳細な解析ができると期待している。また、ゲノムDNA増幅を行うことにより、これまでは難しかった複数遺伝子の解析ができるようになったため、他の材料にも応用する。また、従来のenvBを対象としたスクリーニングから、より感度の高いlocked nucleic acids (LNA)による16S rRNAを対象としたリアルタイムPCRの系に変更し実施している。
|
| Causes of Carryover |
平成29年9月に調査のため渡航したが、ロストバゲージにより実験に必要な機器を受け取ることができず、滞在時の計画に支障が生じた。北部の農場を訪問しサンプリングを行うことはできたものの、採材後の処理を行うことができず、凍結保存したままの帰国となった。そのため、研究期間の延長と予算の繰り越しを申し出た。予算は、主に凍結保存したサンプルを解析するための渡航と消耗品に用いる。
|
-
-
-
[Journal Article] Phylogenetic uniqueness of Mycobacterium avium subspecies hominissuis isolated from an abnormal pulmonary bovine case.2018
Author(s)
Yoshida S, Araki T, Asai T, Tsuyuguchi K, Arikawa K, Iwamoto T, Nakajima C, Suzuki Y, Ohya K, Yanai T, Wada T, Yamamoto T
-
Journal Title
Infect Genet Evol
Volume: 62
Pages: 122-129
DOI
Peer Reviewed
-
-
-
-
[Journal Article] Genetic homogeneity of goat malaria parasites in Asia and Africa suggests their expansion with domestic goat host.2018
Author(s)
Kaewthamasorn M, Takeda M, Saiwichai T, Gitaka JN, Tiawsirisup S, Imasato Y, Mossaad E, Sarani A, Kaewlamun W, Channumsin M, Chaiworakul S, Katepongpun W, Teeveerapunya S, Panthong J, Mureithi DK, Bawm S, Htun LL, Win MM, Ismail AA, Ibrahim AM, Suganuma K, Hakimi H, Nakao R, Katakura K, Asada M, Kaneko O
-
Journal Title
Sci. Rep.
Volume: 8
Pages: 5827
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
-
[Journal Article] Tick-borne haemoparasites and Anaplasmataceae in domestic dogs in Zambia.2018
Author(s)
Qiu Y, Kaneko C, Kajihara M, Ngonda S, Simulundu E, Muleya W, Thu MJ, Hang'ombe MB, Katakura K, Takada A, Sawa H, Simuunza M, Nakao R
-
Journal Title
Ticks Tick Bonrne Dis.
Volume: -
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
-
[Journal Article] First molecular detection and genetic characterization of Coxiella burnetii in Zambian dogs and rodents.2018
Author(s)
Chitanga S, Simulundu E, Simuunza MC, Changula K, Qiu Y, Kajihara M, Nakao R, Syakalima M, Takada A, Mweene AS, Mukaratirwa S, Hang'ombe BM
-
Journal Title
Parasit. Vectors
Volume: 11
Pages: 40-
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
-
[Journal Article] Molecular detection and characterization of zoonotic Anaplasma species in domestic dogs in Lusaka, Zambia.2018
Author(s)
Vlahakis PA, Chitanga S, Simuunza MC, Simulundu E, Qiu Y, Changula K, Chambaro HM, Kajihara M, Nakao R, Takada A, Mweene AS.
-
Journal Title
Ticks Tick Bonrne Dis.
Volume: 9
Pages: 39-43
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
-
[Journal Article] Geographic strain differentiation of Schistosoma japonicum in the Philippines using microsatellite markers.2017
Author(s)
Moendeg KJ, Angeles JMM, Nakao R, Leonardo LR, Fontanilla IKC, Goto Y, Kirinoki M, Villacorte EA, Rivera PT, Inoue N, Chigusa Y, Kawazu SI
-
Journal Title
PLoS Negl. Trop. Dis.
Volume: 11
Pages: e0005749-
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
-
-
-
-
