2016 Fiscal Year Annual Research Report
The statistical verification of the minimum experimental datasets for the isolation of plant secondary metabolites related transcription factors using RNA-Seq analysis technique.
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26350967
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| Research Institution | Kazusa DNA Research Institute |
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Principal Investigator |
鈴木 秀幸 公益財団法人かずさDNA研究所, バイオ研究開発部, グループ長 (80276162)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
松田 一彦 近畿大学, 農学部, 教授 (00199796)
尾形 善之 大阪府立大学, 生命環境科学研究科, 准教授 (90446542)
水谷 正治 神戸大学, 農学研究科, 准教授 (60303898)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | RNA-Seq解析 / 相関ネットワーク解析 / 生合成関連酵素 / 転写因子 / 除虫菊 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究課題は、RNA-Seq解析を用いた植物の物質生産制御因子の単離及び最低解析数の統計学的検証を行うために、解析ソフトの改良、RNA-Seq解析のデータ取得及び物質生産に関与する転写因子の単離を行うための効率的な実験計画を提唱することを目的としている。
本研究課題の中核を担う独自の相関ネットワーク解析ソフト（ConfeitoGUlplus）は、異種データ（トランスクリプトームとメタボロームのデータ）の統合解析（同時処理解析）を自在に行うためのプラットフォームの整備を強化する事を目的として、今まで解析ソフトの開発を遂行してきた。解析対象を点（ノード）で表し、相関のある点同士を線（エッジ）で結んで、ネットワーク状に関係性を表現する特徴は従来法（相関ネットワーク解析）と共通であるが、ConfeitoGUIplusでは、形成されたネットワークを幾何学的に捉えることで、偽陽性・偽陰性を回避する工夫がなされている。最新版のConfeitoGUIplusは、異種データの統合解析など、今後起こり得るさまざまな用途を想定し、求められる3つの特徴（①入力データの自由度、②直感的なパラメーター設定、③許容幅のある関係性判定）を兼ね備えたソフトウェアに完成させた。特に、「入力ファイル形式とデータ構造」に関しては、ConfeitoGUIplusは、入力ファイル形式としてタブ区切りtxtを採用している。極力プレーンな形式とすることで、各種分析機器メーカーの垣根を越えた入力データを容易に作成することを可能にした。最終年度は、本金平糖プログラム原理の特許追記申請及び総説を執筆し、論文化に着手した。現在、実証データ例として、殺虫活性を示すエステル化合物ピレスリンを蓄積するキク科植物の除虫菊のRNA-Seq解析結果から、ピレスリン生合成経路の全容を明らかにする目的で、ConfeitoGUlplusを用いて、ピレスリン生合成関連遺伝子（転写因子も含む）を単離・機能解析中である。
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[Journal Article] Seasonal induction of alternative principal pathway for rose flower scent2016
Author(s)
Hirata H, Ohnishi T, Tomida K, Ishida H, Kanda M, Sakai M, Yoshimura J, Suzuki H, Ishikawa T, Dohra H, Watanabe N
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Journal Title
Sci Rep.
Volume: 6
Pages: 20234
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Comparative characterization of the leaf tissue of Physalis alkekengi and Physalis peruviana using RNA-seq and metabolite profiling2016
Author(s)
Fukushima A, Nakamura M, Suzuki H, Yamazaki M, Knoch E, Mori T, Umemoto N, Morita M, Hirai G, Sodeoka M, Saito K
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Journal Title
Front Plant Sci.
Volume: 7
Pages: 1883
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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