2014 Fiscal Year Research-status Report
多臓器ＤＮＡマイクロアレイデータの相関分析による低体温症における臓器間関連検索
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26460884
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| Research Institution | Iwate Medical University |
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Principal Investigator |
高宮 正隆 岩手医科大学, 医学部, 講師 (30364334)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
三枝 聖 岩手医科大学, 公私立大学の部局等, 講師 (30398490)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 低体温症 / 心臓 / 腎臓 / 肝臓 / 肺 / トランスクリプトーム / DNA microarray / 定量PCR |
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| Outline of Annual Research Achievements |
[目的・方法] 低体温症バイオマーカーの検索と同定、診断法の構築を目的として、低体温症例について左心室心筋、肝臓、肺の網羅的遺伝子発現解析を行った。具体的にはマウス低体温症モデルを導入し、左心室心筋、肝臓、肺のトランスクリプトーム解析をDNA microarray法を用いて行った。また左心室心筋に関しては、定量PCR法を用いて遺伝子発現の再現性確認を行った。
[結果]
心臓) 有意差を持って発現変動していた遺伝子は3438個であり、1704個は有意に発現が上昇しており、1734個は有意に発現が減少していた。具体的には、最も発現が上昇していた遺伝子は granzyme Aで、最も発現が減少していた遺伝子は solute carrier family 41, member 3であった。さらに遺伝子セット解析を行ったところ、有意に変動している遺伝子セットが79個が確認され、57個は有意に発現が上昇しており、22個は有意に発現が減少していた。またgranzyme A関連のパスウエイが低体温症の発症に関与していることが示唆された。Gene functional category analysisにおいては、発現上昇遺伝子、発現減少遺伝子とも最も発現していたカテゴリーはbiological processにおいてはcellular process、molecular functionにおいてはbinding、cellular componentにおいてはcell、cell partであった。
肝臓、肺) DNA microarray実験を行い、データは回収した。具体的なデータ解析を遂行中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
平成27年度以降は相関分析を用い、マウス低体温症の副腎、心臓、腎臓、肝臓、肺について各臓器間の関連性の解析を行い、低体温症病態の考察を行う予定である。
この解析の元データとなるマウス低体温症における副腎、心臓、腎臓、肝臓、肺の遺伝子(約20万遺伝子)の発現動態データを平成26年度までに揃えることができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
1) 平成26年度は肝臓、肺のDNA microarray解析を行ったが、これらの再現性を定量PCR法を用いて確認する。
2) 相関分析を用い、マウス低体温症の副腎、心臓、腎臓、肝臓、肺について各臓器間の関連性の解析を行い、低体温症病態の考察を行う。
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| Causes of Carryover |
平成27年度施行予定の相関解析に費用を要するため、平成26年度の若干の研究費を平成27年度に持ち越した。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
平成27年度施行予定の相関解析の費用に加える。
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Research Products
(1 results)
