2016 Fiscal Year Research-status Report
結晶構造解析できないタンパク質の気相および溶液における構造の比較
| Project/Area Number |
26505009
|
|---|
| Research Institution | Yokohama City University |
|---|
Principal Investigator |
明石 知子 横浜市立大学, 生命医科学研究科, 准教授 (10280728)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2018-03-31
|
| Keywords | 蛋白質 / 生体分子 / 分析科学 / 質量分析 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
近年、様々なヌクレオソームコアの結晶構造解析結果が報告されているが、フレキシブルなテール領域は結晶構造ではほとんど観測されない。そのため X線結晶構造解析でフレキシブルなテール領域を含めた構造解析を行うことは困難である。そこで、結晶構造解析では得られない情報をネイティブな状態で質量分析することにより獲得すること、および気相におけるフレキシブルな領域の振る舞いを質量分析で解析することを目的として、テール領域をアセチル化したヒストンタンパク質からなる nucleosome core particle (NCP) およびフレキシブルなリンカーDNA領域を有するdi-nucleosome core particle (di-NCP) を調製し、実験を行った。
試料調製において、それまで使用していたヒストンアセチル化酵素p300（市販品）のロット差が大きいことが判明し、ヒストンテールペプチドに対するアセチル化の効率が大きく低下してしまう問題が生じた。そこで、自研究室において別のヒストンアセチル化酵素を調製することに着手した。一方、2つの601配列を20塩基のリンカーDNAでつなぎ、さらに両端に20塩基のリンカー領域を有する356塩基対のDNAオリゴマーを調製した後、これを用いてdi-NCPを作製した。電気泳動で精製後、ネイティブな状態で質量分析することにより、目的通りのdi-NCPが得られたことを確認した。
また、ヒストンテールペプチドおよび高塩基性ペプチドの気相および溶液における構造を比較し解析した結果をまとめ、論文化した。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
年度途中で冷却遠心機が故障し、代替機となる中古の装置を購入するまで時間を要したため。
また使用していた市販品ヒストンアセチル化酵素p300のロット差が大きいことが判明したため。
|
| Strategy for Future Research Activity |
自研究室で調製したヒストンアセチル化酵素を用いてヒストンタンパク質をアセチル化し、その後、NCPおよびdi-NCPを調製する。得られたアセチル化NCPおよびアセチル化di-NCPについて質量分析を用いて気相での振る舞いについて解析する。
|
| Causes of Carryover |
高速冷却遠心機が故障し、使用不能になり中古品の購入を年度末に行わざるを得ず、そのため研究に遅れが生じたため。
|
| Expenditure Plan for Carryover Budget |
物品費（消耗品）および分析機器補修費として使用する。
|
-
-
[Journal Article] Structure and assembly mechanisms of toxic human islet amyloid polypeptide oligomers associated with copper.2016
Author(s)
Lee, S.J.C., Choi, T.S. Lee, J.W., Lee, H.J., Mun D.-G., Akashi, S., Lee, S.-W., Lim, M.H., Kim, H.I.
-
Journal Title
Chem. Sci.
Volume: 7
Pages: 5398-5406
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
-
-
-
-
-
-
