2015 Fiscal Year Research-status Report
クロマチン高次構造・核内配置に関与するXIST様非コードRNAの探索
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26650002
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
小布施 力史 北海道大学, 先端生命科学研究科(研究院), 教授 (00273855)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | RNA / 非コード / ゲノム / クロマチン |
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| Outline of Annual Research Achievements |
近年の次世代シーケンサーを用いたエピゲノム研究の進展により、DNAメチル化やヒストンマークなどの所謂エピゲノムマークの分布の解析が盛んに行われている。しかしながら、これらは単なる印であって、この印を基に形成されるクロマチンの高次構造や核内配置がエピゲノムの実態としてさまざまなクロマチン機能の制御に関与していることは明白である。最近、申請者は、ヒストン修飾と、非コードRNA であるXISTに依存した不活性X染色体の凝縮機構を見いだした。本課題は、これら申請者の知見を含むXISTの性質を用いて、クロマチン高次構造や核内配置に関与するXIST様非コードRNAの探索を試みるものである。
タイリングFISHプローブを用いたRNA FISH法により、XISTと同様の挙動をするRNAの探索を試みるために、探索する領域の選定を行った。具体的には、SMCHD1あるいはHBiX1が濃縮されている領域をChIP-seq法により解析した。特にマウスを用いたアリル特異的なChIP-seq法により、プラダ・ウィリー症候群原因領域に、アリル特異的にSMCHD1、HBiX1が濃縮されていることが明らかとなった。この領域のFISHプローブを作製するために、BAC クローンを入手し、蛍光標識したプローブを作製した。予備的なRNA FISHにより、XIST様のクラウド局在を示すプローブが存在した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
タイリングプローブによるRNA FISHを行う解析領域の絞り込みに時間を要し、マウスのChIP-seqの結果、平成27年秋に15番染色体のプラダ・ウィリー症候群原因領域が適当であることが判明した。その後、この領域のFISHプローブの調製、RNA FISHの条件検討を行う必要があったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
プラダ・ウィリー症候群原因領域に焦点を絞り、連続的なタイリングRNA FISHを DNA FISH等と組み合わせながら行い、XIST RNAと同様のクラウドを形成する領域の探索を行い、目的を達成する。
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| Causes of Carryover |
タイリングロープによるRNA FISHを行う解析領域の絞り込みに期間を要し、平成27年秋に15番染色体のPlader-Willi syndrome領域が適当であることが判明した。この領域について20種類のRNA FISHを行うためのプロープ調整、RNA FISHの条件検討を進めており、今後、データを得て解析を行う必要があるため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
プラダ・ウィリー症候群原因領域に焦点を絞り、連続的なタイリングRNA FISHを DNA FISH等と組み合わせながら行い、XIST RNAと同様のクラウドを形成する領域の探索を行う。そのためのFISH用プローブ蛍光標識など、FISHに必要な試薬、マテリアルの調製に用いる。また、成果をとりまとめ、学会発表、論文投稿を行う。「次年度使用額」を平成29年3月までにこれらの必要経費に充当する。
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Research Products
(24 results)
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[Presentation] “Two Nup133-homologs Separately Function at the Cytoplasmic or Nuclear Side in Nuclear Pore Complex in Schizosaccharomyces Pombe“2015
Author(s)
Haruhiko Asakawa, Hui-Ju Yang, Tomoko Kojidani, Chizuru Ohtsuiki, Hiroko Osakada, Koji Nagao, Chikashi Obuse, Yasushi Hiraoka, Tokuko Haraguchi
Organizer
International Symposium on Chromatin Structure, Dynamics, and Function
Place of Presentation
淡路夢舞台（兵庫県・淡路市）
Year and Date
2015-08-23 – 2015-08-26
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