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2014 Fiscal Year Research-status Report

免疫関連遺伝子に基づく絶滅危惧両生類の疫学的リスク予測とツボカビ耐性機構の検証

Research Project

Project/Area Number 26830144
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

井川 武  広島大学, 国際協力研究科, 助教 (00507197)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywords主要組織適合遺伝子複合体 / 免疫 / 病原体 / 絶滅危惧種 / 集団遺伝 / 遺伝的多様性
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的の一つは、西南諸島の両生類絶滅危惧種について、主要組織適合遺伝子複合体(MHC)遺伝子を単離し、その抗原認識部位の多様性を調査することで、疫学的リスクを予測することである。MHC は抗原を認識し免疫応答を開始させる重要な分子であり、一般的に、MHC の多型性と病原体への抵抗性との相関が知られている。特に絶滅危惧種においては、集団の疫学的リスク及び集団の存続可能性を検証するための重要な指標である。また、北米産のカエルにおいてツボカビ耐性との関連も示唆されている。
本年度は、MHCクラスII遺伝子のcDNA全長配列の決定と分子進化学的解析を予定していたが、近年の配列解読技術の進展により、次世代シークエンサーを利用したトランスクリプトーム解析を利用することによって、一度に複数の対象遺伝子を同定できる可能性が高まったため、これを実施した。具体的には、対象となる絶滅危惧種のうちコガタハナサキガエルを除く6種について、脾臓及び、皮膚よりtotal RNAを抽出し、次世代シークエンサーを用いて、mRNAの配列を網羅的に決定した。
その結果、それぞれの種において、MHCクラスI、クラスII、また抗菌ペプチド等の免疫関連遺伝子が単離できた。今後得られたデータについて精査するとともに、集団におけるそれらの遺伝子の発現量および、多様性について検証していく。また、近縁種間でのそれらの遺伝子の発現プロファイルについても、比較を行う予定である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究の対象である、ほぼすべての絶滅危惧種において、主要組織適合複合体遺伝子のおおよそのレパートリーを単離できている。

Strategy for Future Research Activity

現在得られているデータについて精査するとともに、集団におけるそれらの遺伝子の発現量および、多様性について検証していく。また、近縁種間でのそれらの遺伝子の発現プロファイルについても、比較を行う予定である。

Causes of Carryover

当該年度は次世代シークエンサー利用に係る外部委託費用として、費用を計上していたが、計画をした当初にくらべてコストが下がってきており、実際の請求金額との間に差異が生じた。

Expenditure Plan for Carryover Budget

今後の研究計画において必要となる試薬類の購入に充てる。

  • Research Products

    (10 results)

All 2015 2014

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 4 results) Presentation (3 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Microsatellite Marker Development by Multiplex Ion Torrent PGM Sequencing: A Case Study of the Endangered Odorrana narina Complex of Frogs2015

    • Author(s)
      Takeshi Igawa, Masafumi Nozawa, Mai Nagaoka, Shohei Komaki, Shohei Oumi, Tamotsu Fujii, and Masayuki Sumida
    • Journal Title

      Journal of Heredity

      Volume: 106 Pages: 131-137

    • DOI

      10.1093/jhered/esu071

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development and Validation of PCR-RFLP Assay to Identify Three Japanese Brown Frogs of The True Frog Genus Rana2015

    • Author(s)
      Takeshi Igawa, Shohei Komaki, Teruhiko Takahara, and Masayuki Sumida
    • Journal Title

      Current Hepetology

      Volume: 34 Pages: 89-94

    • DOI

      10.5358/hsj.34.89

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Extraordinary diversity in the origins of sex chromosomes in anurans inferred from comparative gene mapping2015

    • Author(s)
      Yoshinobu Uno, Chizuko Nishida, Chiyo Takagi, Takeshi Igawa, Naoto Ueno, Masayuki Sumida, and Yoichi Matsuda
    • Journal Title

      Cytogenetic and Genome Research

      Volume: 印刷中 Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genetic divergences of South and Southeast Asian frogs : a case study of several taxa based on 16S ribosomal RNA gene data with notes on the generic name Fejervarya.2014

    • Author(s)
      Mahmudul Hasan, Mohammed Mafizul Islam, Mukhlesur Rahman Khan, Takeshi Igawa, Mohammad Shafiqul Alam, HonTjong Djong, Nia Kurniawan, Hareesh Joshy, Yong Hoi Sen, Daicus M. Belabut, Atsushi Kurabayashi, Mitsuru Kuramoto, and Masayuki Sumida
    • Journal Title

      Turkish Journal of Zoology

      Volume: 38 Pages: 1-22

    • DOI

      10.3906/zoo-1308-36

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Development and characterization of 14 microsatellite markers for Buergeria japonica (Amphibia, Anura, Rhacophoridae)2014

    • Author(s)
      Shohei Komaki, Takeshi Igawa, Masafumi Nozawa, Si-Min Lin, Shohei Oumi, and Masayuki Sumida
    • Journal Title

      Genes & Genetic Systems

      Volume: 89 Pages: 35-39

    • DOI

      10.1266/ggs.89.35

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Development and characterization of 27 new microsatellite markers of Indian Bullfrog, Hoplobatrachus tigerinus and its congeneric species2014

    • Author(s)
      Sultana Nasrin, Takeshi Igawa*, Masafumi Nozawa, Mohammed Mafizul Islam, Mahmudul Hasan, Mohammad Shafiqul Alam, Mukhlesur Raman Khan, and Masayuki Sumida
    • Journal Title

      Genes & Genetic Systems

      Volume: 89 Pages: 137-141

    • DOI

      10.1266/ggs.89.137

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genetic Divergence and Geographic Distribution of Frogs in Genus Fejervarya from Indonesia Inferred from Mitochondrial 16S rRNA Gene Analysis2014

    • Author(s)
      Nia Kuruniawan, Tjong Hon Djong, Tesri Maideliza, Amir Hamidy, Mahumudul Hasan, Takeshi Igawa, and Masayuki Sumida
    • Journal Title

      Treubia

      Volume: 41 Pages: 1-16

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Fine scale genetic divergence among Hoplobatrachus tigernus from Bangladesh and neighboring countries elucidated by mitochondrial genes and microsatellite markers2014

    • Author(s)
      Nasrin Sultana, Takeshi Igawa, Masafumi Nozawa, Mohammed Mafizul Islam, Mahmudul Hsan, Mohammad Shafiqul Alam, Md. Mukhlesur Rahman Khan, Masayuki Sumida
    • Organizer
      日本爬虫両生類学会第53回大会
    • Place of Presentation
      神戸市
    • Year and Date
      2014-11-08 – 2014-11-09
  • [Presentation] 次世代モデルリソース・ネッタイツメガエル7系統における近交度及び遺伝的関係2014

    • Author(s)
      渡辺愛・井川武・柏木昭彦・鈴木厚・倉林敦・藤井保・住田正幸
    • Organizer
      日本爬虫両生類学会第53回大会
    • Place of Presentation
      神戸市
    • Year and Date
      2014-11-08 – 2014-11-09
  • [Presentation] Conservation genetics of endangered amphibians in Ryukyu Archipelago2014

    • Author(s)
      Takeshi Igawa
    • Organizer
      "MHC evolution and Human evolution" symposium
    • Place of Presentation
      三浦郡葉山町
    • Year and Date
      2014-07-26 – 2014-07-27
    • Invited

URL: 

Published: 2016-06-01  

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