2015 Fiscal Year Research-status Report
免疫関連遺伝子に基づく絶滅危惧両生類の疫学的リスク予測とツボカビ耐性機構の検証
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26830144
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| Research Institution | Hiroshima University |
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Principal Investigator |
井川 武 広島大学, 国際協力研究科, 助教 (00507197)
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2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 両生類 / 絶滅危惧種 / 西南諸島 / 主要組織適合遺伝子複合体 / MHC / トランスクリプトーム / RNA-seq / 発現解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、西南諸島産両生類絶滅危惧種について、主要組織適合遺伝子複合体（Major Histocompatibility Complex: MHC）遺伝子を単離し、そのゲノム構造及び、抗原認識部位の多様性を解明することで、当該絶滅危惧種の疫学的リスクの予測に繋げることである。MHCは病原体の構成物質を抗原として認識し、免疫応答を開始させるトリガーとなる重要な分子であり、MHCの多様性と病原体への抵抗性の相関が知られている。特に、外的環境にさらされ、水棲生活と陸上生活の両方を有する両生類では、様々な病原体に抵抗するためにMHC遺伝子の多様性は非常に重要である。
本年度は、前年度に次世代シークエンサーにより得られた8種（アマミイシカワガエル、オキナワイシカワガエル、アマミハナサキガエル、ハナサキガエル、オオハナサキガエル、オットンガエル、ホルストガエル、イボイモリ）それぞれの皮膚及び脾臓の、トランスクリプトームデータの解析を進めるとともに、遺伝的多様性を評価する上で、基盤となる集団構造の解析を並行して進めた。また、イボイモリについては、MHC class II遺伝子の一部のcDNA配列の決定に成功した。さらに、島嶼産絶滅危惧種との比較のため、本州産アカガエル類のMHC class I遺伝子の配列及び、多様性の調査を行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究の対象種、ほぼすべてにおいて、トランスクリプトームデータを得て、主要組織適合遺伝子複合体を得ることに成功した。また、一部の種においてはcDNA全長を得つつあり、また本研究の基盤として重要なそれぞれの種での集団遺伝学的データも収集を完了しつつある。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在得られているデータの解析をさらに進めるとともに、集団におけるそれらの遺伝子の発現量及び、多様性について引き続き解析を進める。また共同研究者らと連携し、他種との比較など総合的な議論を進めていく。
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| Causes of Carryover |
次世代シークエンスに実際に経費が想定よりも少なかったこと、また、予定していたクローニングに掛かる経費が今のところ支出されていなかったため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
既存の試薬の補充、特にクローニング試薬等の購入に充てる。
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[Journal Article] Radiocesium accumulation in the anuran frog, Rana tagoi tagoi, in the forest ecosystems after the Fukushima Nuclear Power Plant accident.2015
Author(s)
Teruhiko Takahara, Satoru Endo, Momo Takada, Yurika Oba, Wim Ikbal Nursal, Takeshi Igawa, Hideyuki Doi, Toshihiro Yamada, and Toshinori Okuda
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Journal Title
Environmental Pollution
Volume: 199
Pages: 89-94
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Inbreeding ratio and genetic relationships among strains of the Western clawed frog, Xenopus tropicalis.2015
Author(s)
Takeshi Igawa, Ai Watanabe, Atsushi Suzuki, Akihiko Kashiwagi, Keiko Kashiwagi, Anna Noble, Matt Guille, David E. Simpson, Marko E. Horb, Tamotsu Fujii, and Masayuki Sumida
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Journal Title
PLoS One
Volume: 10
Pages: e0133963
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
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