チリ胆嚢がん患者の予後規定因子および本症発生に関与する遺伝要因の解明

2015 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 26860423
• Research Institution: Niigata University of Health and Welfare
• Principal Investigator: 浅井 孝夫 新潟医療福祉大学, 医療技術学部, 助教 (60612736)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: 胆嚢がん / 遺伝要因 / 遺伝子多型 / SNPジェノタイピング

Outline of Annual Research Achievements

平成27年度は、胆嚢がん患者のFFPEブロックの薄切切片からDNAを抽出し、GoldenGate Cancer SNP Panel（イルミナ社）によるSNPジェノタイピング解析を行った。
まず、DNA抽出にあたっては、平成26年度に行った病理組織学的観察の結果により、多くのサンプルではがん部組織が大部分を占めており、非がん部組織を選択的に切り出し、回収することは困難であると判断されたことから、薄切切片に存在する組織をがん部と非がん部の区別なく回収し、DNAを抽出することに方針を変更した。薄切はミクロトームを用いて厚さ10μｍの切片を作製した。切片をDeparaffinization solution（QIAGEN）を用いて脱パラフィンし、その後QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（QIAGEN）を用いてゲノムDNAの抽出を行った。抽出したDNA溶液はNanodropを用いて濃度を測定した。
つぎに、Cancer SNP Panelを用いたSNPジェノタイピング解析にあたっては、高濃度のDNA溶液が求められたため、まずはより高濃度のDNAが回収できた96例について、Cancer SNP Panel（イルミナ社）によるSNPジェノタイピング解析を行った（㈱トランスジェニックに委託）。その結果、解析した96症例のうち65症例において少なくとも1つ以上の変異が検出された。また、Cancer SNP Panelの解析対象となる1421のSNPのうち、変異が検出されたのは274のSNPにわたっていた。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当初の計画では300症例のSNP解析を目標としていたが、平成27年7月にイルミナ社のGoldenGate Cancer SNP Panelの販売終了が明らかとなった。そのため、すでに解析が終了していた96症例に追加するSNP解析が実施不可能となった。

Strategy for Future Research Activity

当初計画と比べ症例数が減少することになるものの、すでに受領している96症例のSNP解析データを用いて、SNPジェノタイピングの結果を統計解析し、患者生存期間に関連するSNPを複数同定・選別する。そしていくつかのSNPセットを設定し、より正確に予後予測が可能なSNPの組み合わせを導き出す。

Causes of Carryover

SNPジェノタイピング解析に用いる予定であったCancer SNP Panel（イルミナ社）の販売終了により、予定した症例数の解析が行えなかったため、解析委託費が大幅に抑制された。また、これに伴いDNA抽出にかかる費用も減少した。

Expenditure Plan for Carryover Budget

平成28年度は、SNPジェノタイピングの結果を統計解析するため、解析機関への委託費および統計解析ソフトウェアの購入費が必要となる。また、海外研究協力者との打合せのためチリへの渡航費が必要となる。さらに研究成果をまとめた際には、論文の校閲費や投稿料が必要となる。