2015 Fiscal Year Annual Research Report
メタゲノミック診断用データベースの構築と高速解析技術の開発
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26870328
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
元岡 大祐 大阪大学, 微生物病研究所, 特任研究員(常勤) (10636830)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 感染症 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
近年、感染症が疑われる臨床検体からの網羅的病原体探索法として、次世代シークエンサーを用いたメタゲノム解析法が試みられている。本手法は、臨床検体中の核酸の網羅的解読と解読した配列の全核酸配列データベースに対する相同性検索から成る。しかし、シーケンサーから得られる配列数は莫大な数であり、相同性検索は大型並列計算機を用いても、数週間も要する。そのため本研究では、病原体探索用データベースの構築と相同性検索法の改良を行い、より迅速な病原体同定法の確立を目指した。
昨年度は病原体探索用データベースの構築と高速な系統分類解析法の開発に取り組んだ。そして、核酸配列データベースのサイズは、全データベースの4分の1のサイズに、アミノ酸配列データベースのサイズは、3分の2のサイズに減少した。また、BLAST検索後にたった1つのコマンドで系統分類解析を行えるようにした。
今年度は、臨床検体の大部分を占める宿主由来核酸の高速判別法を検討するとともに、これらの結果を基にデータ解析を高速かつ容易に実行できるパイプラインを作成した。具体的には、まず全データをヒトゲノムに対してマッピングし、マッピングされなかった配列のみ、つまりヒト由来ではない核酸のみを病原体探索用データベースに対して相同性検索する。その際も、まずは病原体探索用データベースに対してマッピングを行い、それでもマッピング出来なかった配列についてのみBLAST検索を行う方法とした。さらに、成果をWebページにて公開した。
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Research Products
(5 results)
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[Journal Article] Next-generation sequencing (NGS) in the identification of encephalitis-causing viruses: Unexpected detection of human herpesvirus 1 while searching for RNA pathogens2015
Author(s)
Perlejewski K, Popiel M, Laskus T, Nakamura S, Motooka D, Stokowy T, Lipowski D, Pollak A, Lechowicz U, Caraballo Cortes K, Stepien A, Radkowski M, Bukowska-Osko I
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Journal Title
J Virol Methods
Volume: 226
Pages: 1-6
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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