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2016 Fiscal Year Annual Research Report

光活性化を利用した[NiFe]ヒドロゲナーゼの触媒反応機構の分光学的研究

Publicly Offered Research

Project AreaStimuli-responsive Chemical Species for the Creation of Functional Molecules
Project/Area Number 15H00945
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

廣田 俊  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 教授 (90283457)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2017-03-31
Keywords蛋白質 / 酵素 / 光活性化 / 赤外分光法 / ヒドロゲナーゼ / 金属蛋白質 / 反応機構
Outline of Annual Research Achievements

標準型[NiFe]ヒドロゲナーゼは酸化型で安定であり、酸塩基平衡により活性準備状態Ni-SIrが触媒サイクルの1つの状態であるNi-SIaに変換され、触媒反応(H2の分解/合成)が可能となる。したがって、本酵素の触媒反応機構の理解には、Ni-SIrからNi-SIaへの変換機構の理解が不可欠であるが、その変換機構の詳細は不明であった。本年度は、103-238 Kでレーザー光(514.5 nm)照射下のFT-IRスペクトルを測定することで、Ni-SIrとNi-SIa間の酸塩基平衡の反応機構を明らかにした。まず、好気的に精製した酵素を37℃でH2と5.5時間反応させることでH2還元型酵素を調製した。次に、H2還元型酵素を5当量のフェノサフラニン(Em = -252 mV)を用いて部分的に酸化させ、主にNi-SIrとNi-SIaを含むフェノサフラニン酸化型酵素を調製した。フェノサフラニン酸化型酵素の(光照射時)-(光照射前)のFT-IR差スペクトルには、Ni-SIaのCO伸縮振動(νCO:1943 cm-1)とCN-伸縮振動(νCN:2077と2089 cm-1)に由来する正のピークおよびNi-SIrのνCO(1924 cm-1)とνCN(2056と2071 cm-1)に由来する負のピークが観測された。差スペクトルにおける正のピークは生成物、負のピークは反応物に由来し、Ni-SIrがNi-SIaに光活性化されることが明らかとなった。さらに、溶液のpHを8.0から9.6に上げるとNi-SIrの光活性化が著しく抑制されたことから、この光活性化反応ではNiとFe間の架橋配位子OH-がプロトン化され、H2O分子として解離すると解釈した。また、酵素反応を追跡するためのストップトフロー共鳴ラマン装置を開発した。これらの研究成果は[NiFe]ヒドロゲナーゼの反応機構の理解に役立つものである。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (8 results)

All 2017 2016

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Improved Stopped-Flow Time-Resolved Resonance Raman Spectroscopy Device for Studying Enzymatic Reactions2017

    • Author(s)
      S. Yanagisawa, M. S. Deshpande, S. Hirota, T. Nakagawa, and T. Ogura
    • Journal Title

      Journal of Raman Spectroscopy

      Volume: 48 Pages: 680-685

    • DOI

      10.1002/jrs.5100

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Photoactivation of the Ni-SIr State to Ni-SIa State in [NiFe] Hydrogenase: FT-IR Study on the Light Reactivity of the Ready Ni-SIr State and As-isolated Enzyme Revisited2016

    • Author(s)
      H. Tai, L. Xu, S. Inoue, K. Nishikawa, Y. Higuchi, and S. Hirota
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 18 Pages: 22025-22030

    • DOI

      10.1039/c6cp04628b

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 光照射を利用した[NiFe]ヒドロゲナーゼの活性化機構のFT-IR研究2017

    • Author(s)
      太虎林、許力揚、西川幸志、樋口芳樹、廣田俊
    • Organizer
      日本化学会第97春季年会
    • Place of Presentation
      慶應義塾大学日吉キャンパス(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-19
  • [Presentation] 光照射を利用した硫酸還元菌由来[NiFe]ヒドロゲナーゼの活性化機構のFT-IR研究2016

    • Author(s)
      太虎林、許力揚、井上誠也、西川幸志、樋口芳樹、廣田俊
    • Organizer
      第54回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • Year and Date
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [Presentation] [NiFe]ヒドロゲナーゼにおけるNi-SIr状態からNi-SIa状態への光活性化2016

    • Author(s)
      許力揚、太虎林、井上誠也、西川幸志、樋口芳樹、廣田俊
    • Organizer
      第10回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      石川県立音楽堂・もてなしドーム地下イベント広場(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2016-09-07 – 2016-09-09
  • [Presentation] Characterization of the Light-induced Ni-L States of [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F2016

    • Author(s)
      S. Hirota, H. Tai, K. Nishikawa, S. Inoue, and Y. Higuchi
    • Organizer
      11th International Hydrogenase Conference (Hydrogenase 2016)
    • Place of Presentation
      Marseille, France
    • Year and Date
      2016-07-10 – 2016-07-14
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural and Biochemical Studies of Hyd-2 Type [NiFe]-hydrogenase from Citrobacter sp. S-77 - Proposal of the General Mechanism of O2-tolerance of Hydrogenases2016

    • Author(s)
      Y. Higuchi, N. D. M. Noor, H. Matsuura, K. Nishikawa, H. Nishihara, K-S. Yoon, S. Ogo, H. Tai, S. Hirota, and Y. Shomura
    • Organizer
      11th International Hydrogenase Conference (Hydrogenase 2016)
    • Place of Presentation
      Marseille, France
    • Year and Date
      2016-07-10 – 2016-07-14
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] FT-IRとEPRを用いた[NiFe]ヒドロゲナーゼの新規中間体の特定と鉄硫黄クラスターによる反応制御機構の解明2016

    • Author(s)
      太虎林、西川幸志、井上誠也、樋口芳樹、廣田俊
    • Organizer
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      2016-06-07 – 2016-06-09

URL: 

Published: 2018-01-16  

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