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2010 Fiscal Year Annual Research Report

Wntシグナル伝達系因子の離合集散を制御するDIXドメインの構造生物学

Publicly Offered Research

Project AreaIntegrative understanding of biological processes mediated by transient macromolecular complexes; New technology for visualizing physiologically metastable states.
Project/Area Number 22121519
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

樋口 芳樹  兵庫県立大学, 大学院・生命理学研究科, 教授 (90183574)

KeywordsX線結晶解析 / 構造機能相関 / 離合集散の生物学 / DIXドメイン / Wntシグナル伝達
Research Abstract

Wingless (Wnt)は分泌性細胞間シグナル伝達タンパク質で,線虫やショウジョウバエからヒトに至るまで生物種を越えて保存されており,細胞の増殖や分化・運動・初期胚発生時の体軸形域や器官形成等の重要な生物学的機能を制御する.Wntの細胞内シグナル伝達機構はAxinやβ-カテニンなど複数のタンパク質複合体により制御されている.本研究ではWntシグナル伝達経路の重要な3種類のタンパク質(Axin, Dishevelled (Dvl), Coiled-coil-DIX1 (CCD1))が有するDIXドメインの結晶構造を解明し,それぞれのホモおよびヘテロオリゴマー化の本質を理解する.
平成22年度は,CCD1-DIXドメインの大腸菌での発現系を構築し,精製・結晶化をおこなった.その結果,分解能3.0Åの回折データを収集することに成功した.セレノメチオニン置換体結晶をもちいて多波長異常分散法による位相決定を行い,R_<work>/R_<free>=24.8/28.9(%)まで精密化した.結晶の非対称単位中には5つのβストランドと1本のαヘリックスからなるユビキチン様構造をもつCCD1-DIXドメインが7分子含まれていた.これらの分子は,近接する分子間のβ2とβ4のストランド間で平行βブリッジ相互作用をして7回らせん状オリゴマーを形成していた.

  • Research Products

    (24 results)

All 2011 2010

All Journal Article (11 results) (of which Peer Reviewed: 11 results) Presentation (12 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Positively Charged Domain Located Downstream of PIP Box, Together with TD Amino Acids within PIP Box, is Important for CRL4^<Cdt2>-mediated Proteolysis2011

    • Author(s)
      M.Michishita, et al.
    • Journal Title

      Gene to Cells

      Volume: 16 Pages: 12-22

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Functional Role of the Glycosylated N-terminal Domain of Chondromodulin-I2011

    • Author(s)
      J.Kondo, et al.
    • Journal Title

      J.Bone Miner.Metab.

      Volume: 29 Pages: 23-30

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] How Coenzyme B12-dependent Ethanolamine Ammonialyase Deals with Both Enantiomers of 2-Amino-1-propanol as Substrates : Structure-based Rationalization2011

    • Author(s)
      N.Shibata, et al.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 50 Pages: 591-598

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The PHCCEx Domain of Tiam1/2 is a Novel Protein-and Membrane-binding Module2010

    • Author(s)
      S.Terawaki, et al.
    • Journal Title

      EMBO J.

      Volume: 29 Pages: 236-250

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cytochrome c polymerization by successive domain swapping at the C-terminal helix2010

    • Author(s)
      S.Hirota, et al.
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.

      Volume: 107 Pages: 12854-12859

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure and Molecular Evolution of Multicopper Blue Proteins2010

    • Author(s)
      H.Komori, et al.
    • Journal Title

      BIOMOLECULAR CONCEPTS

      Volume: 1 Pages: 31-40

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal Structures of Ethanolamine Ammonia-lyase complexed with Coenzyme B_<12> Analogs and Substrates2010

    • Author(s)
      N.Shibata, et al.
    • Journal Title

      J Biol.Chem.

      Volume: 285 Pages: 26484-26493

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Expression, Crystallization and Preliminary X-ray Crystallographic Study of Ethanolamine Ammonia-lyase from Escherichia coli2010

    • Author(s)
      N.Shibata, et al.
    • Journal Title

      Acta Crystallogr.

      Volume: F66 Pages: 709-711

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Purification, Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of the Dissimilatory Sulfite Reductase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F2010

    • Author(s)
      H.Ogata, et al.
    • Journal Title

      Acta Crystallogr.

      Volume: F66 Pages: 1470-1472

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Dimeric and Trimeric Cytochromes c from Horse Heart2010

    • Author(s)
      M.Taketa, et al.
    • Journal Title

      Acta Crystallogr.

      Volume: F66 Pages: 1477-1479

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal Structure Analysis of Bacillus subtilis Ferredoxin-NADP^+ Oxidoreductase and the Structural Basis for Its Substrate Selectivity2010

    • Author(s)
      H.Komori, et al.
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 19 Pages: 2279-2290

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Expression and Purification of the Rab GTPase-effector Complex2011

    • Author(s)
      S.Terawaki, et al.
    • Organizer
      International Symposium on Chemistry of Reductases
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20110120-20110121
  • [Presentation] Structural Basis for the Reaction Mechanism of Dissimilatory Sulfite Reductase2011

    • Author(s)
      Y.Shomura, et al.
    • Organizer
      International Symposium on Chemistry of Reductases IV
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20110120-20110121
  • [Presentation] Crystallization and X-ray Analysis of ATP-sulfurylase from Sulfate-reducing Bacteria2011

    • Author(s)
      M.Taketa, et al.
    • Organizer
      International Symposium on Chemistry of Reductases IV
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20110120-20110121
  • [Presentation] 中性子構造化学でヒドロゲナーゼの水素分子活性化機構は理解できるか?2011

    • Author(s)
      樋口芳樹
    • Organizer
      中性子構造生物学およびタンパク質水和構造に関するシンポジウム
    • Place of Presentation
      水戸
    • Year and Date
      2011-03-04
  • [Presentation] 膜結合型[NiFe]ヒドロゲナーゼのX線結晶構造解析2010

    • Author(s)
      庄村康人, et al.
    • Organizer
      2010年度日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      吹田
    • Year and Date
      20101203-20101205
  • [Presentation] B12-補酵素関与エタノールアミアンモニアリアーゼの立体構造に基づく立体化学経路の解明2010

    • Author(s)
      柴田直樹, et al.
    • Organizer
      2010年度日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      吹田
    • Year and Date
      20101203-20101205
  • [Presentation] Wntシグナル伝達で機能するCCD1 DIXドメインのX線結晶構遣解析2010

    • Author(s)
      寺脇慎一, et al.
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-07
  • [Presentation] Wntシグナル伝達で機能するCCD1のオリゴマー形成機構に関する構造学的研究2010

    • Author(s)
      寺脇慎一, et al.
    • Organizer
      2010年度日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      吹田
    • Year and Date
      2010-12-03
  • [Presentation] Cytochrome c Polymerization by Successive Domain Swapping at the C-terminal Helix2010

    • Author(s)
      S.Hirota, et al.
    • Organizer
      日本生物物理学会第48回年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-22
  • [Presentation] Strusctural Analysis of Releasae Factor 32010

    • Author(s)
      K.Kihira, et al.
    • Organizer
      日本生物物理学会第48回年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-22
  • [Presentation] Wntシグナル制御因子Dishevelled-DIXドメインのX線構造解析2010

    • Author(s)
      柴田直樹
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2010-06-16
  • [Presentation] Wntシグナル伝達機構ではたらくCCD1の構造化学的研究2010

    • Author(s)
      寺脇慎一, et al.
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2010-06-16
  • [Book] 構造生物学-原子構造からみた生命現象の営み2010

    • Author(s)
      樋口芳樹, 中川敦史
    • Total Pages
      253
    • Publisher
      共立出版株式会社

URL: 

Published: 2012-07-19  

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