2013 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノム情報科学に基づく環境応答性プロモーターの動作原理の還元論的解析
Publicly Offered Research
| Project Area | Environmental sensing of plants: Signal perception, processing and cellular responses |
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| Project/Area Number |
25120712
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| Research Institution | Gifu University |
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Principal Investigator |
山本 義治 岐阜大学, 応用生物科学部, 教授 (50301784)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 植物ゲノム / 合成プロモーター / 環境応答 |
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| Research Abstract |
マイクロアレイデータをもとにした転写制御配列の予測のための情報基盤整備として次世代シークエンサーを用いたプロモーター位置の決定を行い、得られたデータを植物プロモーターデータベース（ppdb、http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp）へ取り込んだ。
プロモーター予測精度の検証を光防御系遺伝子であるELIP2、根でのリンゴ酸搬出因子であるAtALMT1を例におこなったところ、９０％以上の精度で新規転写制御因子を予測できることがわかった。
合成プロモーターを作成し、植物体内における機能検証を行ったところ、UV-B、強光ストレス、低温ストレス、のすべてに快活な応答を示す系統を作成することができた。このプロモーターには２種類の転写制御因子が組合せて用いられているが、その向きや順番をすることによる効果を解析したところ、向き、順序共に変更しても機能に影響しないことがわかった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
実験検証により確かめられたプロモーター予測の精度は期待以上であった。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、同定された２種類の転写制御配列の組合せによる環境応答性の「合成」のうちわけに迫って行きたい。また、複合ストレスに対する転写応答の増幅機構についてもアプローチしていきたい。
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[Journal Article] ppdb: Plant Promoter Database ver 3.02014
Author(s)
Hieno A, Naznin HA, Hyakumachi M, Sakurai T, Tokizawa M, Koyama H, Sato N, Nishiyama T, Hasebe M, Zimmer AD, Dang D, Reski R, Rensing S, Obokata J, Yamamoto YY
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Journal Title
Nucleic Acids Res
Volume: 42
Pages: D188-1192
DOI
Peer Reviewed
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