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Evolution of Yaponesians based on genome sequence analyses of modern humans

Planned Research

Project AreaDeciphering Origin and Establishment of Japonesians mainly based on genome sequence data
Project/Area Number 18H05506
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Complex systems
Research InstitutionNational Institute of Genetics

Principal Investigator

斎藤 成也  国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 特任教授 (30192587)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 井ノ上 逸朗  国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 教授 (00192500)
吉浦 孝一郎  長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 教授 (00304931)
Jinam TimothyA  国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 助教 (20648258)
松波 雅俊  琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (60632635)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2023-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥98,280,000 (Direct Cost: ¥75,600,000、Indirect Cost: ¥22,680,000)
Fiscal Year 2022: ¥19,240,000 (Direct Cost: ¥14,800,000、Indirect Cost: ¥4,440,000)
Fiscal Year 2021: ¥19,240,000 (Direct Cost: ¥14,800,000、Indirect Cost: ¥4,440,000)
Fiscal Year 2020: ¥19,240,000 (Direct Cost: ¥14,800,000、Indirect Cost: ¥4,440,000)
Fiscal Year 2019: ¥19,240,000 (Direct Cost: ¥14,800,000、Indirect Cost: ¥4,440,000)
Fiscal Year 2018: ¥21,320,000 (Direct Cost: ¥16,400,000、Indirect Cost: ¥4,920,000)
Keywordsヤポネシア人 / 現代人ゲノム / ゲノム進化 / オキナワ人 / ヤマト人 / ヤポネシア / 現代ゲノム / 人類進化 / 日本列島人 / ゲノム多様性 / うちなる二重構造 / ヤホネシア人
Outline of Annual Research Achievements

以下の地域の住民からDNAサンプル入手を試みた:(1)沖縄、(2)九州(なし)、(3)中国(隠岐諸島、鳥取県)、(4)四国(徳島県)、(5)近畿(なし)、(6)中部(なし)、(7)関東(なし), (8)東北(山形県)。具体的には、4人の祖父母がすべてその地域出身者である提供者50名をえらび、本研究について説明してインフォームドコンセントを取得し、DNAサンプルの供与を受ける。既存の全ゲノムSNP多型データを持つ研究機関などの協力も得る。沖縄地域は松波(琉球大学)が、九州地域は吉浦(長崎大学)・井ノ上(遺伝研)・斎藤(遺伝研)が、中国・四国・近畿・中部・関東・東北地域については、斎藤と井ノ上がサンプリングを担当した。全ゲノムSNP多型データが未決定の人間について、ゲノム規模SNPデータを決定する。一部個体についてはゲノム配列決定をおこなった。現代人のゲノムをすでに決定した日本の研究機関および海外の研究機関やゲノムデータの解析を大規模に進めている海外の研究者と連絡をとり、共同研究を継続した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

研究実績の概要で記したように、すでに多くの地域からDNAサンプルを収集あるいは共同研究によりDNAデータを共有した。また、現代ヤポネシア人の地域的なゲノム多様性を調べるために、いろいろな地域を訪問して唾液サンプルの提供を受ける予定だったが、新型コロナウイルス感染拡大の影響により、大部分の地域への訪問を延期した。

Strategy for Future Research Activity

沖縄県の集団については、今後全ゲノム配列決定とその解析を進める。出雲市出身者と枕崎市在住者については、すでに全ゲノム配列を決定したので、他の集団のデータと比較解析をおこなう。佐渡島在住者のゲノム規模SNPデータを新潟大学の共同研究者と共有し、集団遺伝学的解析をおこなう。新型コロナウイルス感染は2022年度にはすこし落ち着くと期待されるので、奄美大島をはじめとして、隠岐諸島などの地域の人々について、DNAサンプルの収集をおこなう。これらあらたに収集するDNAサンプルは、まずゲノム規模SNPのタイピングをおこない、解析する。また班会議は、一部対面を含めてインターネットを用いたテレビ会議を開催する予定である。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • 2018 Annual Research Report

Research Products

(45 results)

All 2022 2021 2020 2019 2018 Other

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 8 results) Presentation (22 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 14 results) Book (11 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Allelic and haplotypic HLA diversity in indigenous Malaysian populations explored using Next Generation Sequencing2022

    • Author(s)
      Jinam Timothy A.、Hosomichi Kazuyoshi、Nakaoka Hirofumi、Phipps Maude E.、Saitou Naruya、Inoue Ituro
    • Journal Title

      Human Immunology

      Volume: 83 Pages: 17-26

    • DOI

      10.1016/j.humimm.2021.09.005

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Preface to the special issue on the Yaponesia Genome Project2021

    • Author(s)
      Saitou N.
    • Journal Title

      AS

      Volume: 129 Issue: 1 Pages: 1-2

    • DOI

      10.1537/ase.210114

    • NAID

      130008030486

    • ISSN
      0918-7960, 1348-8570
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  • [Journal Article] Modern human DNA analyses with special reference to the inner dual-structure model of Yaponesian2021

    • Author(s)
      Jinam T. A., Kawai Y., and Saitou N.
    • Journal Title

      AS

      Volume: 129 Issue: 1 Pages: 3-11

    • DOI

      10.1537/ase.201217

    • NAID

      130008030443

    • ISSN
      0918-7960, 1348-8570
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    • Author(s)
      Jinam Timothy、Kawai Yosuke、Kamatani Yoichiro、Sonoda Shunro、Makisumi Kanro、Sameshima Hideya、Tokunaga Katsushi、Saitou Naruya
    • Journal Title

      Journal of Human Genetics

      Volume: - Pages: 681-687

    • DOI

      10.1038/s10038-020-00898-3

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    • Author(s)
      Hirofumi Michimae, Masatoashi Matsunami, Takeshi Emura
    • Journal Title

      Environmental and Ecological Statistics

      Volume: 27 Pages: 41-72

    • DOI

      10.1007/s10651-019-00434-3

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    • Author(s)
      Kanzawa-Kiriyama Hideaki、Jinam Timothy A.、Kawai Yosuke、Sato Takehiro、Hosomichi Kazuyoshi、Tajima Atsushi、Adachi Noboru、Matsumura Hirofumi、Kryukov Kirill、Saitou Naruya、Shinoda Ken-Ichi
    • Journal Title

      AS

      Volume: 127 Issue: 2 Pages: 83-108

    • DOI

      10.1537/ase.190415

    • NAID

      130007696474

    • ISSN
      0918-7960, 1348-8570
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    • Author(s)
      Mishima Hiroyuki、Suzuki Hisato、Doi Michiko、Miyazaki Mutsuko、Watanabe Satoshi、Matsumoto Tadashi、Morifuji Kanako、Moriuchi Hiroyuki、Yoshiura Koh-ichiro、Kondoh Tatsuro、Kosaki Kenjiro
    • Journal Title

      Journal of Human Genetics

      Volume: 64 Pages: 789-794

    • DOI

      10.1038/s10038-019-0619-z

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      Hideaki Kanzawa-Kiriyama, Timothy A. Jinam, Yosuke Kawai, Takehiro Sato, Kazuyoshi Hosomichi, Atsushi Tajima, Noboru Adachi, Hirofumi Matsumura, Kirill Kryukov, Naruya Saitou, and Ken-ichi Shinoda
    • Journal Title

      Anthropological Science

      Volume: 127

    • NAID

      130007696474

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      Hirata J, Hosomichi K, Sakaue S, Kanai M, Nakaoka H, Ishigaki K, Suzuki K, Akiyama M, Kishikawa T, Ogawa K, Masuda T, Yamamoto K, Hirata M, Matsuda K, Momozawa Y, Inoue I, Kubo M, Kamatani Y, Okada Y.
    • Journal Title

      Nature Genetics

      Volume: 51 Pages: 470-480

    • DOI

      10.1038/s41588-018-0336-0

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      Sakuma Y., Matsunami M., Takada T., and Suzuki H.
    • Journal Title

      Zoological Science

      Volume: 36 Issue: 1 Pages: 23-23

    • DOI

      10.2108/zs180081

    • NAID

      40021802414

    • ISSN
      0289-0003
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    • Author(s)
      Horai M, Mishima H, Hayashida C, Kinoshita A, Nakane Y, Matsuo T, Tsuruda K, Yanagihara K, Sato S, Imanishi D, Imaizumi Y, Hata T, Miyazaki Y, Yoshiura KI.
    • Journal Title

      Journal of Human Genetics

      Volume: 63 Pages: 357-363

    • DOI

      10.1038/s10038-017-0392-9

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Published: 2018-07-20   Modified: 2022-12-28  

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