Project/Area Number |
05J11469
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Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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Allocation Type | Single-year Grants |
Section | 国内 |
Research Field |
Molecular biology
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Research Institution | The University of Tokyo |
Principal Investigator |
新井田 厚司 東京大学, 大学院理学系研究科, 特別研究員(DC2)
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Project Period (FY) |
2005 – 2006
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Project Status |
Completed (Fiscal Year 2006)
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Budget Amount *help |
¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
Fiscal Year 2006: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2005: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
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Keywords | 統合的バイオインフォマテクス / 遺伝子発現制御プログラム / 癌 / 発癌 / 転写制御 / 転写因子 / モチーフ / プロモーター / ターゲット遺伝子 / 発現プロファイル / 大腸癌 |
Research Abstract |
発癌過程における遺伝子発現制御プログラムの変化の全体像を描くことを最終目的とし、発癌を制御する転写因子(トランスエレメント)及び、転写制御モチーフ(シス・エレメント)の包括的な探索のため、新たに転写因子結合モチーフ、プロモーター等の遺伝子発現制御配列、遺伝子の発現プロファイルデータをイン・シリコ統合し、遺伝子発現制御ネットワークを解析する方法を開発している。これまでにプロモーター配列を考慮にいれベイジアンネットワークを用いたシステムをイン・シリコにおいて構築した。このシステムは、配列解析にから各遺伝子を制御するシスエレメントを予測し、データベースを構築、これら各エレメントの組み合わせにより各遺伝子の発現(各サンプルグループにおいての発現のup-or down-regulation)が規定されるとの仮定のもと、与えられた発現プロファイルデータを説明するために最適なシスエレメントの組み合わせを探索することができる。この方法を乳癌の発現プロファイルデータに適用し、E2F, ETS, NRF1,NFYの結合モチーフが乳癌の悪性度と相関することを見出した。現在の癌についても同様の解析を行っている。またエンハンサー配列データ、3'UTRデータ(miRNA制御モチーフ)についても、同様の手法により、ある程度、解析できることを確認したがまだ不完全なので今後改良を続ける。
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