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スピンモデルによる適応的進化の統計力学的研究

Research Project

Project/Area Number 08J10778
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field 数理物理・物性基礎(理論)
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

坂田 綾香  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2008 – 2010
Project Status Completed (Fiscal Year 2010)
Budget Amount *help
¥1,800,000 (Direct Cost: ¥1,800,000)
Fiscal Year 2010: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2009: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2008: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Keywordsスピングラス / 進化 / レプリカ法 / Partial Annealing / ランダム系 / フラストレーション / 理論進化 / 交換モンテカルロ法 / 相転移 / 二重平均の統計力学
Research Abstract

本年度は、スピン模型を用いた適応的進化の研究についてスピングラス理論を用いた解析を行い、これまでの三年間にわたる研究をまとめた。採用一年目の研究においては、断熱的二温度系の進化モデルが、ある中間温度のノイズ環境下において特徴的な振る舞いを示すことを数値的に確認した。二年目の研究においては、一年目とは異なる断熱的二温度系の模型を導入して解析を行った。この模型では、中間温度領域は存在せず、温度が減少するほど安定な表現型発現が得られるという結果であった。したがって、一年目の研究で見られた結果を得るためには、模型に対してある条件を課すことが必要であることが明らかになった。具体的には、断熱的二温度系は遅い変数である遺伝子型(相互作用配位)の時間発展を支配する関数と、表現型(スピン配位)のエネルギーの相関により分類されるということである。この結果踏まえ本年度は、初年度に導入した模型について、ある変形を行うことでレプリカ法による解析が可能になることに着目し、変形模型を導入して解析を行った。研究の結果、初年度の研究と同様の、ある中間温度のノイズ環境下における特殊な振る舞いが見られ、さらにその温度領域はレプリカ対称な相として特徴付けられることが明らかになった。これまで数値的に確認されていた、中間温度領域における特徴的な進化に対して、スピングラス理論におけるレプリカ対称性という概念を通して説明を与えた。初年度に得られていた結果は、レプリカ対称な系が持つと期待される一般的な件質と矛盾無く一致するものであり、本年度の研究は進化と適応を熱力学的な転移と関係付けて理論的に説明したことに大きな価値があると考えている。
ここまで、本研究では遺伝子型から表現型が発現する過程におけるノイズの効果が進化に及ぼす影響を議論してきた。断熱的な二温度系のスピングラス模型において遺伝子型と表現型の進化を表し、スピングラス理論による解析を行うことで、レプリカ対称性という概念を進化的に解釈した。本研究が示したことは、表現型発現過程においてある程度の揺らぎが存在する場合、変異に対する頑健性が進化を通して獲得されるという可能性である。この点は、今後実験的にも再現されるであろうと期待される。また模型の解析において、断熱的二温度系におけるレプリカ法の解析を拡張した。この拡張された理論は、推定の問題をはじめとして、様々な工学的な応用研究で用いられると考えている。

Report

(3 results)
  • 2010 Annual Research Report
  • 2009 Annual Research Report
  • 2008 Annual Research Report
  • Research Products

    (24 results)

All 2011 2010 2009 2008

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (18 results)

  • [Journal Article] Partial annealing of a coupled mean-field spin-glass model with an embedded pattern2011

    • Author(s)
      Ayaka Sakata, Koji Hukushima
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 83

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  • [Journal Article] Funnel landscape and mutational robustness as a result of evolution under thermal noise2009

    • Author(s)
      Ayaka Sakata, Koji Hukushima, Kunihiko Kaneko
    • Journal Title

      Physical Review Letters 102

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      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Statistical-mechanical study of evolution of robustness in noisy environment2009

    • Author(s)
      Ayaka Sakata, Koji Hukushima, Kunihiko Kaneko
    • Journal Title

      Physical Review E 80

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A statistical-mechanical study of evolution of robustness : An approach from two-temperature models2009

    • Author(s)
      Ayaka Sakata, Koji Hukushima, Kunihiko Kaneko
    • Journal Title

      Journal of Physics : Conference Series 197

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      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Funnel landscape and mutational robustness as a result of evolution under thermal noise2009

    • Author(s)
      Ayaka Sakata
    • Journal Title

      Physical Review Letters (印刷中, 掲載確定)

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] スピンモデルによる適応的進化の統計力学的研究2008

    • Author(s)
      坂田綾香
    • Journal Title

      物性研究 2008年9月号

      Pages: 825-859

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    • Author(s)
      坂田綾香
    • Organizer
      第一回空間結合符号とその周辺ワークショップ
    • Place of Presentation
      東京工業大学(東京都)
    • Year and Date
      2011-02-19
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      坂田綾香, 福島孝治
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      日本物理学会2010年秋季大会
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      大阪府立大学(大阪府)
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    • Author(s)
      Ayaka Sakata, Koji Hukushima
    • Organizer
      STATPHYS24
    • Place of Presentation
      Convention Centre, (オーストラリア, ケアンズ)
    • Year and Date
      2010-07-19
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    • Author(s)
      坂田綾香
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      大阪大学サイバーメディアセンター待兼山コロキウム
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      大阪大学(大阪府)
    • Year and Date
      2010-07-07
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    • Author(s)
      坂田綾香, 福島孝治
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      日本物理学会 2010年年次大会
    • Place of Presentation
      岡山大学
    • Year and Date
      2010-03-23
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  • [Presentation] A Statistical Mechanical Study of Evolution of Robustness2010

    • Author(s)
      坂田綾香
    • Organizer
      YSM-SPIP 2010
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2010-03-01
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  • [Presentation] 局所的にパターンを埋め込んだ有限レプリカ数の系における転移2009

    • Author(s)
      坂田綾香
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      DEX-SMI2009研究成果発表会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2009-12-23
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  • [Presentation] Partial Annealing 模型と, 進化モデルへの適用2009

    • Author(s)
      坂田綾香
    • Organizer
      東北大学大学院情報科学研究科 情報数物研究会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      2009-11-06
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  • [Presentation] 二温度系におけるロバストネスの進化の統計力学的研究2009

    • Author(s)
      坂田綾香, 福島孝治, 金子邦彦
    • Organizer
      第47回日本生物物理会年会
    • Place of Presentation
      徳島文理大学・アスティ徳島
    • Year and Date
      2009-10-31
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      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] Funnel landscape and mutational robustness as a result of evolution under thermal noise2009

    • Author(s)
      坂田綾香, 福島孝治, 金子邦彦
    • Organizer
      International Symposium on Complex Systems Biology
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2009-10-01
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      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] Partial Annealing 系における local な Mattis state2009

    • Author(s)
      坂田綾香, 福島孝治
    • Organizer
      日本物理学会2009秋季大会
    • Place of Presentation
      熊本大学
    • Year and Date
      2009-09-27
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  • [Presentation] Frustration of a finite replicated spin glass system2009

    • Author(s)
      Ayaka Sakata
    • Organizer
      SciSSP2009
    • Place of Presentation
      東京大学物性研究所
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      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Partial Annealing 系でのフラストレーションのレプリカ数依存性2009

    • Author(s)
      坂田綾香
    • Organizer
      日本物理学会第64回年次大会
    • Place of Presentation
      立教大学
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  • [Presentation] A statistical mechanical study of evolution of robustness under noisy environment2008

    • Author(s)
      Ayaka Sakata
    • Organizer
      SigmaPhi2008
    • Place of Presentation
      Orthodox Academy of Crete, Greece
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  • [Presentation] 長距離相互作用のある系での Partial Annealing2008

    • Author(s)
      坂田綾香
    • Organizer
      日本物理学会2008年秋季大会
    • Place of Presentation
      岩手大学
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    • Author(s)
      坂田綾香
    • Organizer
      日本物理学会2008年秋季大会
    • Place of Presentation
      岩手大学
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  • [Presentation] Partially annealed spin system with long range interactions2008

    • Author(s)
      Ayaka Sakata
    • Organizer
      International Workshop on "Novel Aspects of Phase Transitions with Long-range Interactions"
    • Place of Presentation
      東京大学
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  • [Presentation] 揺らぐ環境下でのロバストネスの進化の統計力学的研究2008

    • Author(s)
      坂田綾香
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場
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      2008 Annual Research Report

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Published: 2008-04-01   Modified: 2024-03-26  

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