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ショウジョウバエ細胞分化の時空間秩序と安定性をin silico構成系から理解す

Research Project

Project/Area Number 09J10671
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Bioinformatics/Life informatics
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

中島 昭彦  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2009 – 2010
Project Status Completed (Fiscal Year 2010)
Budget Amount *help
¥1,400,000 (Direct Cost: ¥1,400,000)
Fiscal Year 2010: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2009: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Keywords遺伝子ネットワーク / ニューロブラスト / 神経幹細胞 / ロバストネス / 細胞選別 / セルラーポッツモデル / 緩和過程 / 協同性
Research Abstract

1.発生過程では、幹細胞から様々な細胞種が作り出されることで複雑な組織を形成できるため、その細胞分化の機構を理解することは発生生物学の最重要課題の一つである。ショウジョウバエの神経幹細胞では一定の順序に従った転写因子の発現がみられ、時間的な発現の多様性により細胞の多様性が生み出される、非常に興味深い分化のメカニズムを示すモデル系である。転写因子の制御関係からこの特徴的な遺伝子発現が生み出されていることを示唆する知見が数多く得られてきたが、その遺伝子制御ネットワークの全体像はこれまで描けていなかった。本研究では、これまで得られた実験的知見と整合的振る舞いを示す遺伝子ネットワークの探索から、一定の発現順序を生み出すためのコアネットワークの同定に成功した。合わせて、発現順序の安定性の解析から安定な経時的発現を作り出すためのネットワークモジュールを明らかにし、ショウジョウバエ転写ネットワークが神経の多様化に最適な構造であるということが理解できた。これら結果はショウジョウバエ神経発生の理解に加えて、頑強な遺伝子発現パターンを生み出すネットワークの一般的特性の理解に役立つ。2.次に、作り出された多様な細胞から空間的組織構造が作り出される機構を明らかにするために、モデル系として細胞選別現象に注目し、数理モデルを用いて細胞選別が細胞のどのような力学的な特徴を必要としているか理論的に解析した。その結果、細胞接着に由来する表面張力で駆動される運動と、接着した細胞集団の集団拡散運動の2つの力学的過程が選別に重要とわかった。特に注目すべき性質として、細胞集団が大きくなるにつれ、他の細胞の間を通り抜けるまでにかかる時間が飛躍的に延びてしまうこと、したがって実際の組織形成では、細胞選別の素早い進展のために細胞集団の極性や動きを揃えた協調的運動が物理的に要請されていることを明らかにすることができた。

Report

(2 results)
  • 2010 Annual Research Report
  • 2009 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2011 2010 2009 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (9 results)

  • [Journal Article] Kinetics of the cellular Potts model revisited2011

    • Author(s)
      Akihiko Nakajima, Shuji Ishihara
    • Journal Title

      New Journal of Physics

      Volume: 13

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Robustness under functional constraint : The genetic network for temporal expression in Drosophila neurogenesis2010

    • Author(s)
      Akihiko Nakajima, Takako Isshiki, Kunihiko Kaneko, Shuji Ishihara
    • Journal Title

      PLoS Computational Biology

      Volume: 6

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Robustness under functional constraint : The genetic network for temporal expression in Drosophila neurogenesis

    • Author(s)
      Akihiko Nakajima, Takako Isshiki, Kunihiko Kaneko, Shuji Ishihara
    • Journal Title

      PLoS Computational Biology (掲載確定)

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article]

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 細胞の血縁識別による自己組織化的集合シグナルの不安定化2010

    • Author(s)
      中島昭彦
    • Organizer
      日本定量生物の会第3回年会
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2010-11-27
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Domain-growth kinetics of cell sorting2010

    • Author(s)
      Akihiko Nakajima
    • Organizer
      International Conference on Systems Biology 2010
    • Place of Presentation
      Edinburgh International Conference Centre, Edinburgh, UK
    • Year and Date
      2010-10-11
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞選別の動力学2010

    • Author(s)
      中島昭彦
    • Organizer
      日本機械学会 第23回計算力学講演会
    • Place of Presentation
      北見工業大学
    • Year and Date
      2010-09-23
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] cAMP waves and oscillations during kin-discrimination in Dictyostelium discoideum2010

    • Author(s)
      Akihiko Nakajima
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      2010-09-21
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞選別の緩和過程2010

    • Author(s)
      中島昭彦
    • Organizer
      日本物理学会年会
    • Place of Presentation
      岡山大学、岡山
    • Year and Date
      2010-03-23
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] REGULATORY MODULE FOR ROBUST TEMPORAL GENE EXPRESSION IN DROSOPHILA NEUROGENESIS2010

    • Author(s)
      中島昭彦
    • Organizer
      CSHL meeting, Computational Cell Biology(2010)
    • Place of Presentation
      Hinxton, UK
    • Year and Date
      2010-02-13
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞選別のドメイン成長過程の解析2009

    • Author(s)
      中島昭彦
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島,徳島
    • Year and Date
      2009-10-30
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] Functional constraint and robustness in the genetic network for the temporal expression in Drosophila neurogenesis2009

    • Author(s)
      中島昭彦
    • Organizer
      International Symposium on Complex Systems Biology
    • Place of Presentation
      東京大学本郷キャンパス、東京
    • Year and Date
      2009-10-01
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞選別緩和過程の解析2009

    • Author(s)
      中島昭彦
    • Organizer
      日本数理生物学会
    • Place of Presentation
      東京大学駒場キャンパス、東京
    • Year and Date
      2009-09-10
    • Related Report
      2009 Annual Research Report

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Published: 2009-04-01   Modified: 2024-03-26  

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