高分子量蛋白質ＮＭＲ構造決定の完全自動化と人工花成ホルモン受容体複合体への応用
| Project/Area Number |
18J01012
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Research Field |
Structural biochemistry
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| Research Institution | Osaka University |
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| Research Fellow |
新家 粧子 大阪大学, 蛋白質研究所, 特別研究員(PD)
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| Project Period (FY) |
2018-04-25 – 2021-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2019)
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| Budget Amount *help |
¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
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| Keywords | 溶液NMR / 立体構造 / フロリゲン / 蛋白質複合体 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
今年度は、フロリゲン蛋白質の19Fスクリーニングと、19Fを利用した、ヒット化合物複合体構造解析に取り組んだ。
昨年度のフロリゲン受容体蛋白質に対する19F NMRスクリーニングの結果得られた複数のヒット化合物について、1H 飽和移動差 NMR実験を実施した。その結果、フロリゲン受容体蛋白質と混合した際に、19Fヒット化合物と受容体蛋白質の相互作用を示す明確なシグナルが得られた。さらに、フロリゲン蛋白質についても、昨年度整備した所属機関独自の19Fスクリーニングライブラリを用いて19F NMRスクリーニングを実施した。その結果、複数のヒット化合物が得られた。これらのヒット化合物についても、1H 飽和移動差NMR実験を実施し、フロリゲン蛋白質と19Fヒット化合物の相互作用を示すシグナルを得た。
つづいて、19Fヒット化合物の蛋白質への結合部位を明らかにすることを目的とし、19Fを利用した選択的飽和移動差NMR実験に取り組んだ。既知阻害剤との複合体構造情報に富むFKBP12蛋白質をモデル蛋白質とした。19F NMRスクリーニングにより得られたFKBP12のヒット化合物について、滴定実験を行なった。化合物滴定によるHSQCシグナルの化学シフト変化に基づいてFKBP12との複合体構造モデルを構築し、1H核および19F核を用いた選択的飽和移動差NMR実験の結果を満足する複合体構造モデルを選択する事で、極めて収束度の高い複合体構造を得ることに成功した。
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| Research Progress Status |
翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(5 results)
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[Journal Article] Noise peak filtering in multi-dimensional NMR spectra using convolutional neural networks2018
Author(s)
Kobayashi, N., Hattori, Y., Nagata, T., Shinya, S., Guentert, P., Kojima, C., Fujiwara, T.
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Journal Title
Bioinformatics
Volume: 34
Pages: 4300-4301
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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