Development of genomic prognostic model for angioimmunoblastic T-cell lymphoma and related diseases
| Project/Area Number |
19K23879
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
0901:Oncology and related fields
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
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| Project Period (FY) |
2019-08-30 – 2021-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2020)
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| Budget Amount *help |
¥2,730,000 (Direct Cost: ¥2,100,000、Indirect Cost: ¥630,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
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| Keywords | 血管免疫芽球性T細胞リンパ腫 / 末梢性T細胞リンパ腫, 非特定型 / 全エクソームシーケンス解析 / IDH2変異 / 5番染色体増幅 / TET2複数変異 / 血管免疫芽球性T細胞性リンパ腫 / 機械学習 / T 細胞リンパ腫 / トランスクリプトーム解析 |
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| Outline of Research at the Start |
血管免疫芽球性T細胞リンパ腫、末梢性T細胞リンパ腫, 非特定型、その他の濾胞性ヘルパーT細胞性腫瘍症例を対象に全エクソームシーケンス解析を行う。腫瘍検体と正常対照検体のペアがある解析データについて、一部を訓練データ・残りをテストデータとして、正常対照検体を欠く腫瘍検体の体細胞変異を予測するための機械学習モデルを構築する。構築したモデルを利用して、体細胞変異を予測する。得られたゲノム異常のデータについてクラスター化を行い、クラスター毎の臨床像の違いを検討する。
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| Outline of Final Research Achievements |
We performed whole exome sequencing analysis on a total of 145 cases of angioimmunoblastic T-cell lymphoma (AITL) and peripheral T-cell lymphoma, unspecified (PTCL-NOS) to integrate genomic aberrations and clinical information. We found that genomic abnormalities such as chromosome 5 amplification and IDH2 mutation are likely to coexist and are poor prognostic factors for AITL. We also found that the presence of multiple TET2 mutations was a poor prognostic factor.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
血管免疫芽球性T細胞リンパ腫は一般に予後不良の疾患であるが、長期生存が得られる例もあり、異質性のある疾患である。今回同定した亜分類に基づく標的治療の開発や、予後因子の有無に応じた治療戦略の層別化に繋がっていくと考えられる。
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Report
(2 results)
Research Products
(5 results)
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[Journal Article] Molecular pathogenesis of progression to myeloid leukemia from TET-insufficient status.2020
Author(s)
Shrestha R, Sakata-Yanagimoto M, Maie K, Oshima M, Ishihara M, Suehara Y, Fukumoto K,1 Nakajima-Takagi Y, Matsui H, Kato T, Muto H, Sakamoto T, Kusakabe M, Nannya Y, Makishima H, Ueno H, Saiki R, Ogawa S, Chiba K, Shiraishi Y, Miyano S, Mouly E, Bernard OA, Inaba T, Koseki H, Iwama A, Chiba S
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Journal Title
Blood Advances
Volume: 4(5)
Pages: 845-854
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Presentation] 血管免疫芽球性T細胞リンパ腫および類縁疾患のゲノム解析2019
Author(s)
末原泰人, 坂田（柳元）麻実子, 服部圭一朗, 日下部学, 福本浩太, 藤澤 学, 千葉健一, 白石友一, 宮野 悟, 小川誠司, 末永孝生, 千葉 滋
Organizer
第78回 日本癌学会学術総会
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