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Does phase-separation of DNA double-strand break repair factors promote chromosome rearrangement?

Research Project

Project/Area Number 22K12376
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 63020:Radiation influence-related
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

山内 基弘  九州大学, アイソトープ統合安全管理センター(馬出地区), 准教授 (60437910)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 尾崎 貴恵  九州大学, アイソトープ統合安全管理センター(馬出地区), 学術推進専門員 (80933548)
Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
KeywordsDNA二本鎖切断 / DNA修復 / 染色体再編成 / 相分離
Outline of Research at the Start

本研究では、DSB修復因子の相分離と染色体再編成の関係を明らかにすることを目的とする。具体的には、相分離するDSB修復因子をスクリーニングにより同定後、それらの因子の「相分離不能変異体」を作製し、それをヒト培養細胞に発現させて、染色体再編成の頻度に対するDSB修復因子の相分離の影響を検討する。本研究により、染色体再編成のメカニズムを相分離生物学の観点から説明できるようになる。

Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、53BP1やその他のDNA二本鎖切断(DSB)修復因子の相分離と染色体再編成の関係を明らかにすることである。2023年度は、まず53BP1については相分離不能変異体の発現ベクターを作製した。現在、細胞に導入して染色体再編成の頻度を調べている途中である。また、2022年度にDSB部位において相分離することが示唆されたCtIP、BRCA1、RAD51AP1タンパク質に関して、研究を進めた。CtIPについては現在、相分離不能変異体を作製中である。BRCA1およびRAD51AP1についてはEGFP融合タンパク質発現ベクターを作製して細胞にトランスフェクションしたものの、液滴形成が見られなかったことから、相分離はしていないと考えられる。また他のDSB修復因子についても相分離に重要な天然変性領域を持つかどうかをオンラインプログラムで調べた結果、MRE11、RAD50、NBS1タンパク質も天然変性領域を持つことが予測されたため、これらのタンパク質のcDNAをクローニングし、EGFP融合タンパク質発現ベクターを作製した。さらに2023年度は、研究代表者が最近DSBの相同組換え修復に関与することを明らかにしたスプライシング因子SART1が相分離するかどうかを調べた。まずオンラインプログラムで調べたところ、SART1が天然変性領域を持つことが分かった。そこでEGFP-SART1発現ベクターを作製して細胞にトランスフェクションしたところ、顕著な液滴形成がみられた。この結果はSART1が細胞内で相分離することを示している。現在、SART1の天然変性領域を欠失させた相分離不能変異体の作製まで完了した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

2023年度の計画は、相分離するDSB修復因子の同定およびその相分離不能変異体の作製であったが、SART1という新規DSB修復因子が相分離することを見つけ、その相分離不能変異体の作製まで完了したため。

Strategy for Future Research Activity

1.53BP1については、相分離不能変異体の発現ベクターを細胞に導入し、染色体再編成の頻度を調べる。
2.CtIPについても、相分離不能変異体の発現ベクターを細胞に導入し、染色体再編成の頻度を調べる。
3.SART1についても、相分離不能変異体の発現ベクターを細胞に導入し、染色体再編成の頻度を調べる。
4.MRE11, RAD50, NBS1については作製したEGFP融合タンパク質発現ベクターを細胞に導入し、相分離するかどうかを調べる。相分離することが確認できた因子については、相分離不能変異体の発現ベクターを作製後、細胞に導入し、染色体再編成の頻度を調べる。

Report

(2 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (4 results)

All 2023

All Journal Article (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] Involvement of the splicing factor SART1 in the BRCA1-dependent homologous recombination repair of DNA double-strand breaks2023

    • Author(s)
      Motohiro Yamauchi, Reona Kato, Takaaki Yasuhara, Yuki Uchihara, Miyako Hirakawa, Kie Ozaki, Yu Abe, Hiroki Shibata, Reika Kawabata-Iwakawa, Aizhan Shakayeva, Palina Kot, Kiyoshi Miyagawa, Keiji Suzuki, Atsushi Shibata, Naoki Matsuda
    • Journal Title

      BioRxiv

      Volume: -

    • DOI

      10.1101/2023.09.07.556638

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] BRCA1依存的なDNA二本鎖切断の相同組換え修復におけるスプライシング因子SART1の関与2023

    • Author(s)
      山内基弘、尾﨑貴恵、内原脩貴、安原崇哲、柴田淳史
    • Organizer
      第82回日本癌学会学術総会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 放射線誘発DNA二本鎖切断の相同組換え修復における、BRCA1とスプライシング因子SART1のエピスタティックな関係2023

    • Author(s)
      山内基弘、尾﨑貴恵、内原脩貴、安原崇哲、柴田淳史
    • Organizer
      日本放射線影響学会第66回大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] BRCA1とスプライシング因子SART1は協調してDNA二本鎖切断のリセクションを促進している2023

    • Author(s)
      尾﨑貴恵、内原脩貴、阿部悠、安原崇哲、柴田淳史、山内基弘
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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