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多様性と非対称性を獲得するRNAプログラム研究の総合的推進

総括班

研究領域多様性と非対称性を獲得するRNAプログラム
研究課題/領域番号 20112001
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東北大学 (2010-2013)
名古屋大学 (2008-2009)

研究代表者

稲田 利文  東北大学, 薬学研究科(研究院), 教授 (40242812)

研究分担者 井上 邦夫  神戸大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (40252415)
中村 輝  独立行政法人理化学研究所, 生殖系列研究室, ユニットリーダー(独立主幹研究員) (90323245)
大野 睦人  京都大学, ウイルス研究所, 教授 (80201979)
連携研究者 廣瀬 哲郎  独立行政法人産業技術総合研究所, バイオメディシナル情報研究センター, 研究チーム長 (30273220)
星野 真一  名古屋市立大学, 大学院・薬学研究科, 教授 (40219168)
米山 光俊  千葉大学, 真菌医学研究センター, 教授 (40260335)
杉浦 麗子  近畿大学, 薬学部, 教授 (90294206)
研究期間 (年度) 2008-11-13 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
44,200千円 (直接経費: 34,000千円、間接経費: 10,200千円)
2013年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2012年度: 8,840千円 (直接経費: 6,800千円、間接経費: 2,040千円)
2011年度: 8,840千円 (直接経費: 6,800千円、間接経費: 2,040千円)
2010年度: 8,840千円 (直接経費: 6,800千円、間接経費: 2,040千円)
2009年度: 8,840千円 (直接経費: 6,800千円、間接経費: 2,040千円)
2008年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
キーワードRNAスプライシング / RNA局在 / RNA分解 / 翻訳制御 / RNA輸送 / 生殖細胞 / 生殖穎粒 / RNA品質管理 / mRNA局在 / miRNA / ウイルス / シグナル伝達 / 品質管理機構 / 自然免疫 / mRNA分解 / タンパク質分解 / RNAプログラム / スプライシング / RNA核外輸送 / 翻訳抑制 / 免疫 / 品質管理 / mRNA輸送 / mRNA安定性制御
研究概要

生物の持つ複雑で巧妙な形態・機能の獲得には、RNA段階での遺伝子発現制御プログラムが極めて重要な役割を果たします。発生・分化の基本原理としての「非対称性」と遺伝子産物の「多様性」の獲得原理を理解するためには、RNAレベルでの制御(RNAプログラム)を包括的に理解する必要があります。本新学術領域研究「多様性と非対称性を獲得するRNAプログラム(RNA制御学)」は、このRNAプログラムの分子機構とその生理的意義の解明を目指しました。RNAレベルでの制御を研究する若手ならびに中堅の研究者を中心とした組織を構成し、手法、材料や情報を共有しながら交流を行い、研究を進めました。分子・細胞レベルから遺伝学を用いた高次生命現象解析まで、幅広いアプローチでRNA研究を展開し必要に応じて共同研究を積極的に進めました。平成20-24年度までの研究期間において、計画研究のみならず公募研究においても優れた研究成果を上げる事ができ、当初の目的を概ね達成できました。また、多数の若手ならびに中堅研究者がプロモーションされました。領域内の連携を促進する支援班活動等を行った結果、共著論文も発表することが出来ました。平成25年度は、理化学研究所や関連する新学術領域研究「非コードRNA」とRNA Sciences in Cell and Developmental Biology III共催した、内外のRNA研究者から高い評価をうけ、本領域における優れた研究を国内外に宣伝する非常に良い機会となりました。また、研究成果報告書を作成し、班員と評価者の先生方、関連分野の研究者に配布しました。

現在までの達成度 (区分)
理由

25年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

25年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(8件)
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書   自己評価報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (44件)

すべて 2013 2012 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (24件) (うち査読あり 24件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (8件) 図書 (5件) 備考 (5件) 産業財産権 (2件)

  • [雑誌論文] Widespread inference of weighted microRNA-mediated gene regulation in cancer transcriptome analysis2013

    • 著者名/発表者名
      Suzuki HI
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 41 号: 5 ページ: e62-e62

    • DOI

      10.1093/nar/gks1439

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A cyclic form of N^6-threonylcarbamoyladenosine as a widely distributed tRNA hypermodification2013

    • 著者名/発表者名
      Miyauchi, K., Kimura, S. and Suzuki, T.
    • 雑誌名

      Nature Chemical Biology

      巻: 9 号: 2 ページ: 105-11

    • DOI

      10.1038/nchembio.1137

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Decoding system for the AUA codon by tRNAIle with the UAU anticodon in Myrcrplasma mobile2013

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi T, Miyauchi K, Nakane D, Miyata M, Muto A, Nishimura S, Suzuki T
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 41 号: 4 ページ: 2621-2631

    • DOI

      10.1093/nar/gks1344

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] hDbr1 is a nucleocytoplasmic shuttling protein with a protein phosphatase-like motif essential for debranching activity2013

    • 著者名/発表者名
      Kataoka, N. Hagiwara, M. and Ohno, M
    • 雑誌名

      Sci. Rep

      巻: 3-1090 号: 1 ページ: 1090-1090

    • DOI

      10.1038/srep01090

    • NAID

      120005241441

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A specific set of EJC subunits is required for the nuclear retention of unspliced RNAs in C. elegans2013

    • 著者名/発表者名
      Masami Shiimori, KunioInoue, Hiroshi Sakamoto
    • 雑誌名

      Molecular and Cellular Biology

      巻: Jan ; 33(2) 号: 2 ページ: 444-56

    • DOI

      10.1128/mcb.01298-12

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] HnRNP C tetramer measures RNA length to classify RNA polymerase II transcripts for export2012

    • 著者名/発表者名
      McCloskey, A
    • 雑誌名

      Science

      巻: 335 号: 6076 ページ: 1643-46

    • DOI

      10.1126/science.1218469

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 40S subunit dissociation and proteasome-dependent RNA degradation in nonfunctional 25S rRNA decay2012

    • 著者名/発表者名
      Fujii,K., Sakata,T., Kitabatake,M. and Ohno, M
    • 雑誌名

      The EMBO Journa

      巻: 31 号: 11 ページ: 2579-2589

    • DOI

      10.1038/emboj.2012.85

    • NAID

      120005122255

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Translational inhibition by deadenylation-independent mechanismsis central to microRNA-mediated silencing in zebrafish2012

    • 著者名/発表者名
      Yuichiro Mishima
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 109(4) 号: 4 ページ: 1104-1109

    • DOI

      10.1073/pnas.1113350109

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Alternative 3'-end processing of long noncoding RNA initiates construction of nuclear paraspeckles2012

    • 著者名/発表者名
      Naganuma, T., Nakagawa, S., Tanigawa, A., Sasaki, Y. F., Goshima, N., and Hirose, T
    • 雑誌名

      EMBO J

      巻: 31 号: 20 ページ: 4020-4034

    • DOI

      10.1038/emboj.2012.251

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dom34:Hbs1 Plays a General Role in Quality-Control Systems by Dissociation of a Stalled Ribosome at the 3' End of Aberrant mRNA2012

    • 著者名/発表者名
      Tatsuhisa Tsuboi, et al
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 46 号: 4 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2012.03.013

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Muscle-Specific Splicing Factors ASD-2 and SUP-12 Cooperatively Switch Alternative Pre-mRNA Processing Patterns of the ADF/Cofilin Gene in Caenorhabditis elegans2012

    • 著者名/発表者名
      Ohno G, Ono K, Togo M, Watanabe Y, Ono S, Hagiwara M, Kuroyanagi H
    • 雑誌名

      PLoS Genetics

      巻: 8 号: 10 ページ: e1002991-e1002991

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1002991

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Neurula rotation determines left-right asymmetry in ascidian tadpole larvae2012

    • 著者名/発表者名
      Nishide, K., Nishida, H.
    • 雑誌名

      Development

      巻: 139 号: 8 ページ: 1467-1475

    • DOI

      10.1242/dev.076083

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Trmt61B is a methyltransferase responsible for 1-methyladenosine at position 58 of human mitochondrial tRNAs2012

    • 著者名/発表者名
      Chujo, T. and Suzuki, T.
    • 雑誌名

      RNA

      巻: 22 号: 12 ページ: 2269-2276

    • DOI

      10.1261/rna.035600.112

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] LRPPRC/SLIRP suppresses PNPase-mediated mRNA decay and promotes polyadenylation in human mitochondria.2012

    • 著者名/発表者名
      Chujo, T., Ohira, T., Sakaguchi, Y., Goshima, N., Nomura, N., Nagao, A. and Suzuki, T.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 40 号: 16 ページ: 8033-8047

    • DOI

      10.1093/nar/gks506

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Base methylations in the double-stranded RNA by a fused methyltransferase bearing unwinding activity2012

    • 著者名/発表者名
      Kimura S., Ikeuchi Y., Kitahara K., Sakaguchi Y., Suzuki T., Suzuki T.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: (掲載確定)(印刷中) 号: 9 ページ: 4071-4085

    • DOI

      10.1093/nar/gkr1287

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] RNA surveillance is required for endoplasmic reticulum homeostasis2012

    • 著者名/発表者名
      榊建二郎、茂泉佐和子, 他5名
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A

      巻: 109 号: 21 ページ: 8079-8084

    • DOI

      10.1073/pnas.1110589109

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] TDP-43 promotes microRNA biogenesis as a component of the Drosha and Dicer complexes.2012

    • 著者名/発表者名
      Kawahara, Y., Mieda-Sato, A.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A.

      巻: 109 号: 9 ページ: 3347-3352

    • DOI

      10.1073/pnas.1112427109

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantification of A-to-I editing of microRNAs using a conventional method.2012

    • 著者名/発表者名
      Yukio Kawahara
    • 雑誌名

      Nature Protocols

      巻: 7 号: 7 ページ: 1426-1437

    • DOI

      10.1038/nprot.2012.073

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] RACK1 stimulates nascent polypeptide-dependent translation arrest.2010

    • 著者名/発表者名
      Kuroha, K., Akamatsu, M., Dimitrova, L., Ito, T., Kato, Y.Shirahige, K., Inada, T.
    • 雑誌名

      EMBO Reports 11

      ページ: 956-961

    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Upf1p stimulates proteasome-mediated degradation of the product derived from the specific nonsense-containing mRNA.2009

    • 著者名/発表者名
      Kuroha, K., Tatematsu, T., Inada, T.
    • 雑誌名

      EMBO Reports 10

      ページ: 1265-1271

    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] U1-independent pre-mRNA splicing contributes to the regulation of alternative splicing.2009

    • 著者名/発表者名
      Fukumura, K., Taniguchi, I., Sakamoto, H., Ohno, M., Inoue, K.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 37

      ページ: 1907-1914

    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A role for ubiquitin in the clearance of nonfunctional rRNAs.2009

    • 著者名/発表者名
      Fujii, K., Kitabatake, M.Sakata, T., Miyata, A., Ohno, M.
    • 雑誌名

      Genes Dev. 23

      ページ: 963-974

    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional association of the microprocessor complex with the spliceosome.2009

    • 著者名/発表者名
      Kataoka, N., Fujita, M., Ohno, M.
    • 雑誌名

      Mol.Cell.Biol. 29

      ページ: 3243-3254

    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] MENε/β noncoding RNAs are essential structural components of the nuclear body, paraspeckle.2009

    • 著者名/発表者名
      Sasaki, Y.T., Ideue, T., Sano, M., Mitsuyama, T., Hirose, T.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 106

      ページ: 2525-2530

    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 1W20 異常翻訳の認識と品質管理機構におけるDom34/Hbs1複合体の新たな役割2010

    • 著者名/発表者名
      稲田利文、大野睦人
    • 学会等名
      BMB2010(日本分子生物学会・日本生化学会、合同年会)
    • 発表場所
      神戸国際会議場
    • 年月日
      2010-12-07
    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
  • [学会発表] 1W20翻訳の分子基盤からRNA品質管理機構の理解へ2010

    • 著者名/発表者名
      稲田利文、伊藤耕一、濡木理、北畠真、山下暁朗、甲斐田大輔、大野睦人
    • 学会等名
      BMB2010(日本分子生物学会・日本生化学会、合同年会)
    • 発表場所
      神戸国際会議場
    • 年月日
      2010-12-07
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 新学術領域RNA制御学・非コードRNA合同国際シンポジウム2010

    • 著者名/発表者名
      中村輝、井上邦夫、大野睦人、稲田利文
    • 学会等名
      19th CBD meeting「RNA Science in Cell and Developmental Biology」
    • 発表場所
      理研CDB、神戸
    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
  • [学会発表]2010

    • 著者名/発表者名
      総括班員全員、公募班員多数
    • 学会等名
      19^<th> CDB meeting 「RNA Science in Cell and Developmental Biology」
    • 発表場所
      理研CDB(神戸市)
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 多様性を生むRNAプログラム2009

    • 著者名/発表者名
      井上邦夫、稲田利文
    • 学会等名
      平成21年度分子生物学会年会ワークショップ
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2009-12-09
    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
  • [学会発表] 12S12p 多様性と非対称性を獲得するRNAプログラム2009

    • 著者名/発表者名
      稲田利文、大野睦人
    • 学会等名
      第82回日本生化学会シンポジウム
    • 発表場所
      神戸国際会議場
    • 年月日
      2009-10-22
    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
  • [学会発表] 2S12p 多様性と非対称性を獲得するRNAプログラム2009

    • 著者名/発表者名
      黒柳秀人、稲垣幸、中村輝、星野真一、稲田利文、北畠真、杉浦麗子
    • 学会等名
      日本生化学会
    • 発表場所
      神戸ポートピアホテル
    • 年月日
      2009-10-22
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 1W6多様性を生むRNAプログラム2009

    • 著者名/発表者名
      大野源太、前田明、廣瀬哲郎、マクロースキー亜紗子、築地仁美、森田京、吉田稔、鈴木勉、井上邦夫
    • 学会等名
      日本分子生物学会第82回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [図書] 実験医学増刊号『生命分子を統合するRNA』2013

    • 著者名/発表者名
      塩見春彦、稲田利文、泊幸秀、廣瀬哲郎編
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [図書] 実験医学増刊号「拡大・進展を続けるRNA研究の最先端」2010

    • 著者名/発表者名
      塩見春彦、塩見美喜子、稲田利文、廣瀬哲郎編
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [図書] 蛋白質核酸酵素増刊号『mRNAプnグラム-多様性と非対称性の獲得戦略-』2009

    • 著者名/発表者名
      稲田利文、大野睦人編
    • 出版者
      共立出版
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [図書] 蛋白質核酸酵素増刊号『多様性と非対称性を獲得するRNAプログラム』「概論:遺伝子発現制御の中核をなすRNAプログラム」2009

    • 著者名/発表者名
      稲田利文、大野睦人、編
    • 出版者
      共立出版社
    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
  • [図書] 蛋白質核酸酵素増刊号『多様性と非対称性を獲得するRNAプログラム』2009

    • 著者名/発表者名
      稲田利文、大野睦人
    • 出版者
      共立出版
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考] 各研究の概要や論文の内容の説明文などを掲載し、広く国民に成果を発信した。

    • URL

      http://www.org.kobe-u.ac.jp/rna/

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [備考] RNA制御学領域ホームページ

    • URL

      http://www.org.kobe-u.ac.jp/rna/

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.org.kobe-u.ac.jp/ma/

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.org.kobe-u.ac.jp/rna/

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.org.kobe-u.ac.jp/rna/

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [産業財産権] mRNA発現を指標としたMAPキナーゼシグナリングのリアルタイム測定法の開発と抗がん剤探索法の確立2010

    • 発明者名
      杉浦麗子、高田宏文、石渡俊二、喜多綾子
    • 権利者名
      杉浦麗子、高田宏文、石渡俊二、喜多綾子
    • 出願年月日
      2010-07-16
    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
  • [産業財産権] キャピラリー電気泳動による核酸-タンパク質の結合解析法2009

    • 発明者名
      杉浦麗子、多賀淳、石渡俊二、佐藤亮介
    • 権利者名
      杉浦麗子、多賀淳、石渡俊二、佐藤亮介
    • 出願年月日
      2009-09-08
    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2018-03-28  

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