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細胞における遅延制御反応場の形成機構と機能発現の探求

計画研究

研究領域遅延制御超分子化学
研究課題/領域番号 21H05095
研究種目

学術変革領域研究(B)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅱ)
研究機関東北大学

研究代表者

奥村 正樹  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 准教授 (50635810)

研究期間 (年度) 2021-08-23 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
40,950千円 (直接経費: 31,500千円、間接経費: 9,450千円)
2023年度: 11,830千円 (直接経費: 9,100千円、間接経費: 2,730千円)
2022年度: 10,920千円 (直接経費: 8,400千円、間接経費: 2,520千円)
2021年度: 18,200千円 (直接経費: 14,000千円、間接経費: 4,200千円)
キーワード反応遅延制御 / LLPS / 酸化的フォールディング / 活性亢進剤 / フォールディング / potein assembly / レドックス反応場 / 小胞体 / protein assembly
研究開始時の研究の概要

蛋白質の四次構造形成は、生体における非対称分子集合化反応である。この形成プロセス反応は、生物学において未解明である。試験管内、ポリペプチド鎖とシャペロンなど補助因子間での反応では、四次構造形成効率は大幅に低下する。つまりこの過程は、従来の概念では理解することができず、その解明には反応の概念を変革する必要がある。四次構造形成の起点は、複数種のポリペプチド鎖の局所濃縮である。本研究代表者は、小胞体内に形成される新たな反応場が基質を選択的に濃縮することを発見した。本研究における四次構造形成過程の詳細な機序解明は、人工環境での四次構造形成を可能にする人工遅延反応場構築の道を切り拓く

研究成果の概要

領域内の生化学、構造生物学、細胞生物学、計算科学、有機合成化学の学際融合共同研究によって、新たな細胞内化学的触媒反応場を発見し、その機能の理解として、フォールディング触媒のための遅延制御であることを突き止めた。さらに、酵素の活性亢進を制御出来る酸化還元化合物の開発にも成功し、今後反応遅延制御の反応場の化学制御が可能になると期待できる。以上、従来の酵素反応の「酵素-基質1対1反応」の概念を「酵素反応場-基質の“多分子-対-多分子”反応」へと変革した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本課題ではオルガネラ内での液滴形成と、その内部での酵素反応遅延の発見に至った。遅延反応場としての液滴の新たな生命機能を示す革新的な研究と位置づけられ、シグナル伝達に限らず、様々な細胞内化学反応を制御するメゾスケール反応場として、液滴の概念を飛躍的に拡張する可能性を秘める。その学術的意義は遅延反応場としての液滴が「酵素-基質1対1反応」という従来酵素反応の常識を変革する、新たな「酵素反応場-基質の“多分子-対多分子”反応」と明示される上位概念を創出することが期待できる。本酵素が神経変性疾患やⅡ型糖尿病と関わることが指摘されていることから、新たな治療戦略に繋がる可能性があり、その社会的意義は高い。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (42件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 8件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 11件) 学会発表 (20件) (うち国際学会 6件、 招待講演 20件) 図書 (2件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] 韓国基礎科学研究所(韓国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] ケース・ウェスタン・リザーブ 大学(米国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] 韓国基礎科学研究所(韓国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] 韓国基礎科学研究所(韓国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Enzymatic and synthetic regulation of polypeptide folding2024

    • 著者名/発表者名
      Muraoka Takahiro、Okumura Masaki、Saio Tomohide
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 15 号: 7 ページ: 2282-2299

    • DOI

      10.1039/d3sc05781j

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Client recognition differences between PDI and ERp46 to guide oxidative folding2024

    • 著者名/発表者名
      Saio Tomohide、Ishii Kotone、Matsusaki Motonori、Kumeta Hiroyuki、Kanemura Shingo、Okumura Masaki
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: 2024.03.04 ページ: 583432-583432

    • DOI

      10.1101/2024.03.04.583432

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Diselenide-bond replacement of the external disulfide bond of insulin increases its oligomerization leading to sustained activity2023

    • 著者名/発表者名
      Arai Kenta、Okumura Masaki、Lee Young-Ho、Katayama Hidekazu、Mizutani Kenji、Lin Yuxi、Park Sam-Yong、Sawada Kaichiro、Toyoda Masao、Hojo Hironobu、Inaba Kenji、Iwaoka Michio
    • 雑誌名

      Communications Chemistry

      巻: 6 号: 1 ページ: 258-258

    • DOI

      10.1038/s42004-023-01056-4

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Semi-enzymatic acceleration of oxidative protein folding by <i>N</i>-methylated heteroaromatic thiols2023

    • 著者名/発表者名
      Okada Shunsuke、Matsumoto Yosuke、Takahashi Rikana、Arai Kenta、Kanemura Shingo、Okumura Masaki、Muraoka Takahiro
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 14 号: 28 ページ: 7630-7636

    • DOI

      10.1039/d3sc01540h

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dose-response relationship for the resistance of human insulin to degradation by insulin-degrading enzyme2023

    • 著者名/発表者名
      Okumura Masaki、Kuramochi Tsubura、Lin Yuxi、Furukawa Ran、Mizutani Kenji、Yokoyama Takeshi、Kim Mingeun、Lim Mi Hee、Yi Hyon-Seung、Arai Kenta、Yamaguchi Hiroshi、Hojo Hironobu、Iwaoka Michio、Tanaka Yoshikazu、Park Sam-Yong、Inaba Kenji、Kanemura Shingo、Lee Young-Ho
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: 2023.04.08. ページ: 536135-536135

    • DOI

      10.1101/2023.04.08.536135

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Oxidative Protein Folding Promotion by Imidazoyl-conjugated Thiol2023

    • 著者名/発表者名
      Okada, S., Matsumoto, Y., Okumura, M., and Muraoka, T.*
    • 雑誌名

      Chem.Lett.

      巻: 52 ページ: 202-205

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biophysical elucidation of neural network and chemical regeneration of neural tissue2022

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Muraoka, Tomohide Saio, Masaki Okumura
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 19 号: 0 ページ: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v19.0024

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cysteine-based protein folding modulators for trapping intermediates and misfolded forms2022

    • 著者名/発表者名
      Nishino, H., Kitamura, M., Okada, S., Miyake, R., Okumura, M., and Muraoka, T.*
    • 雑誌名

      RSC Advances

      巻: 12 ページ: 26658-26664

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A unique leucine-valine adhesive motif supports structure and function of protein disulfide isomerase P5 via dimerization2021

    • 著者名/発表者名
      Okumura M, Kanemura S., Matsusaki M., Kinoshita M., Saio T., Ito D., Hirayama C., Kumeta H., Watabe M., Amagai Y., Lee Y. H., Akiyama S. and Inaba K.
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 29 号: 12 ページ: 1-14

    • DOI

      10.1016/j.str.2021.03.016

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Functional Interplay between P5 and PDI/ERp72 to Drive Protein Folding.2021

    • 著者名/発表者名
      Matsusaki M, Okada R, Tanikawa Y, Kanemura S, Ito D, Lin Y, Watabe M, Yamaguchi H, Saio T, Lee YH, Inaba K, and *Okumura M.
    • 雑誌名

      Biology

      巻: 10 号: 11 ページ: 1112-1112

    • DOI

      10.3390/biology10111112

    • NAID

      120007168792

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Ca2+ Regulates ERp57-Calnexin Complex Formation.2021

    • 著者名/発表者名
      Tanikawa Y,# Kanemura S,# Ito D, Lin Y, Matsusaki M, Kuroki K, Yamaguchi H, Maenaka K, Lee YH, Inaba K, and *Okumura M.
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 26 号: 10 ページ: 2853-2853

    • DOI

      10.3390/molecules26102853

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Conjugate of Thiol and Guanidyl Units with Oligoethylene Glycol Linkage for Manipulation of Oxidative Protein Folding2021

    • 著者名/発表者名
      Okada Shunsuke、Matsusaki Motonori、Okumura Masaki、Muraoka Takahiro
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 26 号: 4 ページ: 879-879

    • DOI

      10.3390/molecules26040879

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Distinct roles and actions of protein disulfide isomerase family enzymes in catalysis of nascent-chain disulfide bond formation2021

    • 著者名/発表者名
      Hirayama, C., Machida, K., Noi, K., Murakawa, T., Okumura, M., Ogura, T., Imataka, H., and Inaba, K.*
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 4 号: 4 ページ: 102296-102296

    • DOI

      10.1016/j.isci.2021.102296

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Visualization of structural dynamics of protein disulfide isomerase enzymes in catalysis of oxidative folding and reductive unfolding2020

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M., Noi, K. and Inaba, K.*
    • 雑誌名

      Curr. Opin. Struct. Biol.

      巻: 66 ページ: 49-57

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2020.10.004

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] フォールディングとアンフォールディングの自在操作の実現2024

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞における遅延制御反応場の形成機構と機能発現の探求2024

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体内相分離の理解2023

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第23回 日本蛋白質科学会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Discovery of a transient reaction field in the endoplasmic reticulum2023

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura
    • 学会等名
      International Cross-disciplinary Symposium
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] フォールディングの酵素学的速度制御2023

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第46回分子生物学会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体局在因子による液滴の内部構造と機能の相関研究2023

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー/第8回LLPS研究会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 各生物学的階層におけるタンパク質品質管理の理解2023

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      神戸学院大学セミナー 知の創造セミナー 4回目
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Understanding the mechanism by which Protein Disulfide Isomerase (PDI) family guide proper oxidative folding2023

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura
    • 学会等名
      Zoominar "Amyloid Symposium"
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 基質触媒におけるPDI酵素群の動的会合体形成の理解2023

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      日本化学会 第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 各階層における酸化的フォールディング触媒システムの理解2022

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第22回 日本蛋白質科学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural insights into the protein control system mechanism by PDI family, the endoplasmic reticulum-resident chaperone/enzyme2022

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura
    • 学会等名
      Protein Folding, Aggregation, Misfolding Disease, and Disease Crosstalk
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Protein Disulfide Isomerase family; their molecular actions and functions2022

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura
    • 学会等名
      Redox Week in Sendai 2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 小胞体内における酸化的フォールディング触媒ネットワークの理解2022

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第95回 日本生化学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] PDIファミリーのシャペロン機能の理解:プロテオスタスと神経変性疾患2022

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第45回 日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ホログラフィック顕微鏡を用いた相分離観察例の紹介2022

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第45回 日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Understanding the proteostasis network in the endoplasmic reticulum2022

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura
    • 学会等名
      Korea-Japan Joint Workshop on Biofunctional Chemistry
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] PDI familyの動的な会合による小胞体内タンパク質品質管理の理解2021

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      分子生物学会 WS
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体内で液滴を形成する因子の生理学的機能の理解2021

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第5回LLPS研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体内酸化的フォールディングの触媒システムの理解2021

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第21回 日本蛋白質科学会 年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] プロテインジスルフィドイソメラーゼ群による基質触媒機構の解明2021

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      天野財団第22回酵素応用シンポジウム研究奨励賞受賞講演
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 月刊細胞 特集「LC(Low-Complexity)ドメインの生物学」2024

    • 著者名/発表者名
      渡部マイ, 金村進吾, 李映昊, 奥村正樹
    • 総ページ数
      78
    • 出版者
      北隆館
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [図書] 小胞体ジスルフィド結合触媒ネットワークを支える酵素群の構造基盤2022

    • 著者名/発表者名
      金村進吾, 稲葉謙次, 奥村正樹
    • 総ページ数
      2
    • 出版者
      日本結晶学会誌 64,209-210
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 東北大学奥村研

    • URL

      https://web.tohoku.ac.jp/okumura/#

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] ラボホームページ

    • URL

      https://web.tohoku.ac.jp/okumura/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2021-10-22   更新日: 2025-11-17  

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