研究課題/領域番号 |
05J05747
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研究種目 |
特別研究員奨励費
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配分区分 | 補助金 |
応募区分 | 国内 |
研究分野 |
生体生命情報学
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研究機関 | 豊橋技術科学大学 |
研究代表者 |
仙石 康雄 豊橋技術科学大学, 大学院工学研究科, 特別研究員(DC2)
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研究期間 (年度) |
2005 – 2006
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研究課題ステータス |
完了 (2006年度)
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配分額 *注記 |
1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
2006年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2005年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
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キーワード | 量子化学計算 / 分子軌道法 / Fragment MO法 / 電気伝導計算 / Green関数法 / デンドリマー |
研究概要 |
採用2年目である今年度は、前年度導入した非平衡Green関数法を用いた伝導計算法をFragment Molecular Orbital (以下FMO)法に組み込み、計算を行う予定であったが、テスト計算を行ったところ母体となる当研究室で開発中のFMOプログラムに問題点が見つかったため、これの修正を行う事になった。またプログラム面での理解の向上に伴い、問題視していたDNAのダイナミクスを取り入れた伝導シミュレーション実現の可能性が見えたため、こちらの開発を優先した。このため今年度中にDNAの伝導計算を行うことはできなかったが、当研究室で開発しているNWChem-FMOについて、以下のような成果を得た。 1.DFT計算時の精度向上 →当研究室では、米Pacific Northwest National Laboratoryが中心となって開発されている量子化学計算プログラムNWChemにFMO法を実装している。これまで開発してきたFMOは、HF計算時にくらべDFT計算の際に大きなエラーが出るという問題が発見されたため、これを修正し、HF計算と同様の精度(数kcal/mol程度)での計算を可能にした。 2.分極率及び超分極率計算の実装 →解析的手法(CPHF法)による分極率の計算、及び数値的な手法(Finite-Field法)を用いた分極率・超分極率のFMO計算を実現した。 3.Gradient計算の実装 →FMOによってエネルギー、双極子、分極率の勾配を求める試みを行った。これについては現在論文を執筆中である。
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