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蛋白質高次構造の新しい解析法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 06276102
研究種目

重点領域研究

配分区分補助金
研究機関大阪大学

研究代表者

相本 三郎  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (80029967)

研究分担者 小野 晶  東京都立大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (10183253)
白川 昌宏  奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 助教授 (00202119)
藤原 敏道  横浜国立大学, 工学部, 助教授 (20242381)
加藤 晃一  東京大学, 大学院・薬学研究科, 講師 (20211849)
月原 冨武 (月原 富武)  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (00032277)
嶋田 一夫  東京大学, 薬学部, 教授 (70196476)
研究期間 (年度) 1994 – 1997
研究課題ステータス 完了 (1998年度)
配分額 *注記
103,300千円 (直接経費: 103,300千円)
1997年度: 17,300千円 (直接経費: 17,300千円)
1996年度: 21,500千円 (直接経費: 21,500千円)
1995年度: 31,500千円 (直接経費: 31,500千円)
1994年度: 33,000千円 (直接経費: 33,000千円)
キーワード蛋白質 / 高次構造 / 解析法 / 蛋白質・核酸相互作用 / NMR / 固体NMR / 化学合成 / X線結晶構造解析
研究概要

本研究班では、対象分子の存在状況や目的に応じた高次構造の解析法、さらに分子間相互作用の解析法の開発を行った。すなわち、固体NMRによる新しい蛋白質高次構造研究法の開発を行い、膜蛋白質のような無配向固体状態の蛋白質の構造解析を行うために新しい固体NMR法を開発した。また、溶液NMRによる溶液中の生体高分子の高次構造解析法の開発を通して、一連の転写因子の構造解析を行った。また、免疫グロブリンGを研究対象とし、様々な安定同位体標識技術を開発し、高分子量の糖蛋白質複合体から有用なNMR情報を得る方法論を確立した。さらに、蛋白質・リン酸化蛋白質の化学合成法の研究を行い、構造解析に必要な量の単純蛋白質、リン酸化蛋白質を効率よく合成しする方法の開発を開発するとともに、安定同位体標識アミノ酸ならびに核酸塩基の合成法を確立した。標識DNAを利用して、蛋白質-DNA複合体の構造を世界ではじめてNMRにより解析することに成功した。生体超分子X線結晶構造解析法の開発を行い、イネ萎縮ウイルスのX線結晶構造解析のための分解能を20A分解能程度から原子レベルにまで引き上げた。生体高分子間の相互作用や生体高分子集合体の構造の研究のために、X線小角散乱システムおよび中性子結晶構造解析のためのデータ収集法および検出器を開発した。巨大蛋白質・複合体の構造解析のためのアルゴリズムの開発を行い、蛋白質および蛋白質DNA複合体の立体構造をNMRデータより効率よく生成できる新しいアルゴリズムを開発することができた。

報告書

(5件)
  • 1998 研究成果報告書概要
  • 1997 実績報告書
  • 1996 実績報告書
  • 1995 実績報告書
  • 1994 実績報告書
  • 研究成果

    (36件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (36件)

  • [文献書誌] Fujiwara T.: "Multidimensional solid-state NMR for determining dihedral angle from the correlation of ^<13>C-^1H and ^<13>C-^<13>C dipolar interactions undermagic-angle spinning conditions"J.Chem.Phys.. 109. 2380-2393 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ikegami T.: "Solution structure of the DNA-and RPA-binding domain of the human repair factor XPA"Nature Structural Biology. 5(8). 701-706 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Gouda H.: "NMR study of the interaction between the B domain of Staphylococcal protein A and the Fc portion of immunoglobulin G"Bio chemistry. 37. 129-136 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Szyperski T.: "Measurement of 3JC2P Scalar couplings in a 17KD a protein complex with 13C,15N-labeled DNA distinguishps the BI and BII phosphate conformations of the DNA"Journal of the American Chemical Society. 119. 9901-9902 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Mizuno M.: "Synthesis of a Glycopeptide Containing Oligosaccharides:Chemoenzymatic Synthesis of Eel Calcitonin Analogues Having Natural N-Linked Oligosaccharides"Journal of the American Chemical Society. 121. 284-290 (1999)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshikawa S.: "Redox-Coupled Crystal Structural Change in Bovine Heart Cytochrome C Oxidase"Science. 280. 1723-1729 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fujiwara T.: "Multidimensional Solid-state NMR for Determining Dihedral Angle from the Correlation of ィイD113ィエD1CィイD1-1ィエD1H and ィイD113ィエD1C-ィイD113ィエD1C Dipolar Interactions under Magic-angle spinning conditions"J. Chem. Phys.. 109. 2380-2393 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ikegami T.: "Solution Structure of the DNA- and RPA-binding Domain of the Human Repair Factor XPA"Nature Structural Biology. 5(8). 701-706 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Gouda H.: "NMR Study of the Interactions between the B Domain of Staphylococcal Protein A and the Fc Portion of Immunoglobulin G"Biochemistry. 37. 129-136 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Szyperski T.: "Measurement of 3JC2P Scalar Couplings in a 17kD a Protein Complex with 13C, 15N-Labeled DNA Dinstinguishes the BI and BII phosphate Conformations of the DNA"J. Amer. Chem. Soc.. 119. 9901-9902 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Mizuno M.: "Synthesis of a Glycopeptide COntaining Oligosaccharides : Chemoenzymatics Synthesis of Eel Calcitonin Analogues Having Natural N-Linked Oligosaccharides"J. Amer. Chem. Soc.. 121. 284-290 (1999)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshikawa S.: "Redox-Coupled Crystal Structural Change in Bovine Heart Cytocyhrome c Oxidase"Science. 280. 1723-1729 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fujiwara T., Shimomura T., and Akutsu H.: "Multidimensional Solid-State Nuclear Magnetic Resonance for Correlating Anisotropic Interactions under Magic-Angle Spinning Conditions" J.Magn.Reson.124. 147-153 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Ikegami,T., Sato,S., Waelchli,M., Kyogoku,Y., and Shirakawa,M.: "An Efficient HN(CA)NH Pulse Scheme for Triple-Resonance 4D Correlation of Sequential Amide Protons and Nitrogen-15 in Deuterated Proteins." J.Magn.Reson.,Series B,. 124. 214-217 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Hsu T.-A, Takahashi N., Tsukamoto Y., Kato K., Shimada I., Masuda K., et al.: "Differential N-glycan patterns of secreted and intracellular IgG produced in Trichoplusia ni cells" J.Biol.Chem.272. 9062-9070 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Kawakami T.and Aimoto S.: "Condensation of Cys(Acm)-Containing Peptide Segments wth Silver Chloride as an Activator of Peptide Thioesters" Chem.Lett.1157-1158 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Szyperski T., Ono A., Fernandez C., Iwai H., Tate S., Wuthrich K., Kainosho M.: "Measurement of 3JC2'P scalar couplings in a 17 kDa protein complex with 13C,15N-labeled DNA distinguishes the BI and BII phosphate conformations of the DNA." J.Am.Chem.Soc.119. 9901-9902 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Tahirov T.H., Oki H., Tsukihara T., Ogasahara K., Izu Y., Tsunasawa S., Kato I. and Yutani K.: "Crystallization and preliminary X-ray analysis of methionine aminopeptidase from the hyperthermophilic bacterium Pyrococcus furiosus" Acta Cryst.D53. 798-801 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Nakajima N.,Nakamura H.,and Kidera A.,: "Multicanonical Ensemble Generated by Molecular Dynamics Simulation for Enhanced Conformational Sampling of Peptides" J.Phys.Chem.B.101(5). 817-824 (1997)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Fujiwara T.,Shimomura T.,and Akutsu H.: "Multidimensional Solid-State Nuclear Magnetic Resonance for Correlating Anisotropic Interactions under Magic-Angle Spinning Conditions" J.Magn.Reson. 124. 147-153 (1997)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Kawakami T.,Kogure S.,and Aimoto S.: "Synthesis of Cysteine-Containing Polypeptide Using a Peptide Thioester Containing a Cys(Acm)Residue" Bull.Chem.Soc.Jpn.69. 3331-3338 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Kuraoka,I.,Morita,E.H.,Saijo,M.,Matsuda,T.,Shirakawa,M.,et al.: "Identification of a Damaged-DNA Binding Domain of the XPA Protein." Mutation Research. 362. 87-95 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] S.Akashi,K.Noguchi,R.Yuji,U.Tagami,K.Kato,et al.: "Characterization of mouse switch variant antibodies by matrix-assisted laser desorption ionization mass spectrometry and electrospray ionization mass spectrometry" J.Am.Soc.Mass Spectrom.7. 707-721 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Tsukihara,T.,Aoyama,H.,Yamashita E.,Tomizaki,T.,Yamaguchi,H.et al.: "The Whole Structure of the 13-Subunit Oxidized Cytochromec Oxidase at 2.8Å" Science. 272. 1136-1144 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Ogata,K. Nakamura,H. Hojo,H. Yoshimura,S. Aimito,S. and Nishimura,Y.: "Comparsion of the Free and DNA-Complexed Forms of the DNA-Binding Domain from c-Myb" Nature Structural Biology. 2. 309-320 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Fujiwara,T.,Sugase,K.,Kainosho,M. Ono,A.and Akutsu,H.: "^<13>C-^<13>C and ^<13>C-^<15>N Dipolar Correiation NMR of Uniformly Labeled Organic Solids for the Complete Assignment of Their ^<13>C and ^<15>N Signals: An Application to Adenosine." J. Am. Chem. Soc.117. 11351-11352 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Jeon,Y.H., Negishi,T., Shirakawa,M.,Yamazaki,T.,Fujita,N.,Ishihama,A., & Kyogoku,Y.: "Solution Structure of the Activator Contact Domain of the RNA Polymerase Subunit." Science. 270. 1495 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Mizutani,R.,Miura,K.,Nakayama,T.,Shimada,I.,Arata,Y., and Sato,Y.,: "Three-dimensinal structures of Fab Fragment and Its (4-Hydroxy-3-Nitrophenyl) Acetate Complex of Murine N1G9 Antibody from Primary Immune Response" J. Mol. Biol.254. 208-222 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Tate,S.,Kubo,Y.,Ono,A. and Kainosho,M.: "Mesurements of the Vicinal ^1H-^<31>P Coupling Constants for the Diastereotopic C5′ Methylene Protons in a DNA Dodecamer with a ^<13>C / ^2H-Doubly Labeled Residue. Conformational Analysis of the Torsion Angle b." J. Am. Chem. Soc.117. 7277-7278 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Tsukihara,zt.,Aoyama,H.,Yamashita,E.,Tomizaki,T.,Yaono,R. and Yoshikawa,S.: "Structure of Metal Sites of Oxidized Bovine Heart Cytochrome c Oxidase at 2.8 A" Science. 269. 1069-1074 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Hojo,H.,Yoshimura,S.,Go,M.,and Aimoto,S.: "Preparation of S-Protected Cryteine-Containing Peptide Thioester and Its Use for the Synthesis of the Barnase-Like Domain in DNA-Directed RNA Polymerase II of Saccharomyces cerevisiae" Bull.Chem.Soc.Jpn.68. 330-336 (1995)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Ogata,K.,Morikawa.S.,Nakamura,H.,Sekikawa,A.,Inoue,T.,Kanai,H.,Sarai,A.,Ishii,S.,Nishimura,Y.: "Solution Structure of a Specific DNA Complex of the Myb DNA-Binding Domain with Cooperative Recognition Helices" Cell. 79. 639-648 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Tate,S.,Ono,A.,Kainosho,M.: "An alternative triple-resonance method for the through-bond correlation of intranucleotide Hl' and H8 NMR signals of purine nucleosides.Application to a DNA dodecamer with fully13C/15N labeled deoxyadenosine residues" J.Am.Chem.Soc.116. 5977-5978 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Ono,A.,Tate,S.,Ishido,Y.,Kainosho,M.: "Preparation and heteronuclear 2D NMR spectroscopy of a DNA dodecamer containing a thymidine a thymidine residue with a uniformly 13C-labeld deoxyribose ring" J.Biomol.NMR. 4. 581-586 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Takahashi,H.,Tamura,H.,Shimba,N.,Shimada,I.,and Arata,Y.: "Role of the Domain-Domain Interaction in the Consteuction of the Antigen combining Site:A Comparative Study By 1H-15N Shift Correlation NMR spectroscopy of the Fv and Fab Fragments of Anti-ansyl Mouse Monoclonal Antibody" J.Mol.Biol.243. 494-503 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Kawaminami,S.,Ozaki,K.,Sumitomo,N.,Hayashi,Y.,Ito,S.,Shimada,I.,and Arata Y.: "Stable Isotope-Aided NMR Study on the Active Site of an Endoglucanase from a Bacillus Strain" J.Biol.Chem.269. 28752-28756 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書

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公開日: 1994-04-01   更新日: 2016-04-21  

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