研究課題/領域番号 |
07F07146
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研究種目 |
特別研究員奨励費
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配分区分 | 補助金 |
応募区分 | 外国 |
研究分野 |
生物物理学
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研究機関 | 東京大学 |
研究代表者 |
北尾 彰郎 (2008) 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 准教授
北尾 彰朗 (2007) 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 准教授
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研究分担者 |
YANG Lee-Wei 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 外国人特別研究員
YANG Lee Wei 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 外国人特別研究員
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研究期間 (年度) |
2007 – 2008
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研究課題ステータス |
完了 (2008年度)
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配分額 *注記 |
2,200千円 (直接経費: 2,200千円)
2008年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2007年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
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キーワード | ダイナミクス / GNM / ENM / coarse-grained / NMR order parameters / temperature factors / principal Conponent Analysis / Enzyme Active Site / 粗視化MD / NMRオーダーパラメータ / 温度因子 / 主成分分析 / 酵素活性部位 |
研究概要 |
本研究では、理論モデルと実験的に得られる時間で平均したオブザーバブルによって特徴付けられる動的事象のタイムスケールを明らかにすることを目指してきた。具体的には、同じ蛋白質に関して得られたX線結晶解析による立体構造の温度困子やNMRオーダパラメータ、およびNMRで得られた構造分布に注目して研究を行ってきた。 今年度は、X線結晶解析・NMRや分子シミュレーションによって得られた天然構造蛋白質の立体構造アンサンブルを主成分分析等の手法を使って解析するオンラインサーバーPCA_MESTを開発した(Yang et al.,Bioinformatics,25,606-614 2009)。酵素蛋白質の活性部位や保存残基はこのサーバーを用いて解析できる構造ダイナミクスと強く相関しており、活性部位を予測するのに主成分分析に基づいた情報が有用であることが示された。 また、我々はタンパク質の配位子によって誘発された応答のスケールに興味を持ち、ミオグロビンがCO解離でどう反応するかを明らかにするため、時間依存の線形応答理論を導出した。MDシミュレーションを用いて、分光データと比較しながら応答のスケールを解析した。今年度は、MD計算によって得られた相関関数を用いる現実的モデルに加えて、多次元調和ポテンシャル上でのLangevin振動子を用いて摩擦の寄与も考慮した理想的モデルについても計算をおこなった。両方の方法論によって得られたスケールはラマンデータと比較をおこなった(現在投稿準備中)。
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