研究課題/領域番号 |
07F07420
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研究種目 |
特別研究員奨励費
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配分区分 | 補助金 |
応募区分 | 外国 |
研究分野 |
基礎ゲノム科学
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研究機関 | 東京大学 |
研究代表者 |
小林 一三 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授
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研究分担者 |
KHAN Feroz 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 外国人特別研究員
KHAN Forez 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 外国人特別研究員
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研究期間 (年度) |
2007 – 2008
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研究課題ステータス |
完了 (2008年度)
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配分額 *注記 |
2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
2008年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2007年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
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キーワード | DNAタンパク質相互作用 / タンパク質立体構造 / 制限酵素 / 無細胞タンパク質合成 / 構造生物学 / バイオインフォマティクス / DNAメチル化 / DNA切断 |
研究概要 |
制限酵素は分子生物学研究で使われるなかで最も重要な種類の酵素であり、DNAを望む位置で切断するのに使われる。制限酵素と対になっているメチル化酵素は、ホストDNAをメチル化して切断から守り、細胞が死ぬのを防ぐ。当研究室での原核生物ゲノムの系統的な解析から、新しい構造と性質を示す制限酵素候補の存在が示唆された。そのような新しい制限酵素を探すために、私は生化学的実験を行った。実験のデザインは、標的の大腸菌にクローン化し、小麦胚芽由来無細胞発現系を使って発現し、DNA分解活性を調べるというものである。私は、新しいフォールド(基本立体構造)を取る可能性のある12の候補をスクリーンし、2つに制限酵素活性を発見した。それらの認識配列を決定した。これらは、配列のホモロジー検索と立体構造予測から、新しいフォールドを取る可能性が高い。さらに、適切なベクターを選ぶ事によって、そのうち一つのin vivoでの発現に成功した。His-tagを付けての発現によって、3つのカラムを使って、95%以上の純度に精製することができた。タグを取り除き、二つのアミノ酸残基をN端に持つタンパク質を得た。その切断反応の条件を至適化した。認識配列を二つもつDNAを好んで切断するタイプかを検討中である。 第2の研究対象は、上のようなデザインで既に当研究室で発見されたPabI制限酵素の解析である。これは、ハーフパイプと呼ばれる溝を持っている。DNAがそこを滑っていき反応がプロセッシブに成る可能性を、様々なDNAを用いて検討している。
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