| 研究課題/領域番号 |
15310136
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
基礎ゲノム科学
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| 研究機関 | 東京工業大学 (2004-2005)
独立行政法人理化学研究所 (2003) |
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研究代表者 |
白髭 克彦 東京工業大学, バイオ研究基盤支援総合センター, 助教授 (90273854)
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| 研究分担者 |
坂東 優篤 独立行政法人理化学研究所, ゲノム情報比較解析研究チーム, リサーチアソシエイト (90360627)
矢田 哲士 京都大学, 大学院・情報学研究科, 助教授 (10322728)
市瀬 夏洋 京都大学, 大学院・情報学研究科, 助手 (70302750)
野口 英樹 独立行政法人理化学研究所, ゲノム情報比較解析研究チーム, 研究員 (50333349)
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| 研究期間 (年度) |
2003 – 2005
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| 研究課題ステータス |
完了 (2005年度)
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| 配分額 *注記 |
15,700千円 (直接経費: 15,700千円)
2005年度: 3,800千円 (直接経費: 3,800千円)
2004年度: 4,600千円 (直接経費: 4,600千円)
2003年度: 7,300千円 (直接経費: 7,300千円)
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| キーワード | ChIP-chip / DNAアレイ / コヒーシン / Smc5 / 6 / 細胞周期 / 染色体 / DNAチップ / 染色体免疫沈降 / 染色体構造 / 染色体動態 / 複製制御 / レプリコン構造 / ゲノム解析 / 染色体代謝 / DNAchip / 染色体複製 / 染色体分配 |
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| 研究概要 |
本申請ではDNA結合タンパクについて出芽酵母の六番染色体(280kb)についてDNAチップを用い、結合プロファイル情報を得、因子間の相互作用情報を結合プロファイルに基づき抽出、分類、比較可能なソフトの構築を行えるシステム作りを目指した。
データのプレゼンテーションソフトについては開発を終了し公開した。さらにこれを原型として発展させ出芽酵母、分裂酵母、ヒトの全ゲノムについても解析可能なソフトを構築しつつある。公開したものについては、同じプラットホームを有する研究者との間で共有できるシステムとなっており、また、システムを利用した論文(共同研究であるかないかにかかわらず)の発表も開始された。このことは我々が構築した解析プロトコルが世界的スタンダードになりつつあることを意味している(Methods in Enzymology,2006)。比較、分類ソフトについてはプロトタイプ版が完成し、プロファイルの類似性から、1)コヒーシンの制御因子の同定(Nature,2006)、3)コヒーシンローダーを新規修復因子として同定、4)コヒーシンの染色体への接着が複製に伴うこと、5)SMCファミリーに属する修復因子が染色体の長さに依存した局在パターンを示すこと、等コヒーシン蛋白を中心とした染色体諸機能の連携、そのダイナミクス、について次々と新たな発見を行うことができた。これらの中の発表済みの結果は、前年度までの分を含め、最終的に生データまで参照可能な形式でデータベースとして公開する準備を現在進めている所である。
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