マイクロRNA分子のメチル化を網羅的に検出する革新的チップ技術の創出

• 研究課題/領域番号: 15K15474
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 外科学一般
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 西田 尚弘 大阪大学, 医学系研究科, 助教 (50588118)
• 研究分担者: 今野 雅允 大阪大学, 医学系研究科, 寄附講座助教 (80618207) ; 川本 弘一 大阪大学, 医学系研究科, 特任助教(常勤) (30432470) ; 小関 準 大阪大学, 医学系研究科, 特任助教(常勤) (20616669) ; 石井 秀始 大阪大学, 医学系研究科, 特任教授(常勤) (10280736)
• 連携研究者: 森 正樹 大阪大学, 大学院医学系研究科, 教授 (70190999) ; 小比賀 聡 大阪大学, 大学院薬学系研究科, 教授 (80243252)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2017-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2016年度)
• 配分額: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円); 2016年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2015年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
• キーワード: 核酸 / 癌 / 遺伝子 / 臨床

研究成果の概要

本研究は、マイクロRNAなどの短鎖ノンコーディングRNAに起こる化学修飾を網羅的に検出する技術を開発する目的で進めてきた。アフィニティークロマトグラフィーによるサンプルの純化の技術、イオン化効率の向上などのための条件の検討を行い、合成オリゴのレベルであれば、1～5%以下のメチル化を検出できるまでの精度を実現することができた。質量分析に関しては、小分子核酸の検出に最適な質量測定レンジや、レーザー強度の調整を行なった。網羅的検出のため、基板上にターゲットを捕捉するためのオリゴ核酸を高密度に配置する技術の開発を進めており、チップ基板上への捕捉オリゴのプリントの工程に関して条件検討を行なった。

研究成果

• [雑誌論文] Clinical significance of histone demethylase NO66 in invasive colorectal cancer. (2017)
  • 著者名/発表者名: Nishizawa, Y., Nishida, N., Konno, M., Kawamoto, K., Asai, A., Koseki, J., Takahashi, H., Haraguchi, N., Nishimura, J., Hata, T., Matsuda, C., Mizushima, T., Satoh, T., Doki, Y., Mori, M., Ishii, H.
  • 雑誌名: Ann. Surg. Oncol. 巻: 24 号: 3 ページ: 841-849
  • DOI: 10.1245/s10434-016-5395-9
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The importance of mitochondrial folate enzymes in human colorectal cancer. (2017)
  • 著者名/発表者名: Miyo, M., Konno, M., Colvin, S. H., Nishida, N., Koseki, J., Kawamoto, K., Tsunekuni, K., Nishimura, J., Hata, T., Takemasa, I., Mizushima, T., Doki, Y., Mori, M., Ishii, H.
  • 雑誌名: Oncol. Rep. 巻: 37 号: 1 ページ: 417-425
  • DOI: 10.3892/or.2016.5264
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Metabolic adaptation to nutritional stress in human colorectal cancer. (2016)
  • 著者名/発表者名: Miyo, M., Konno, M., Nishida, N. Sueda, T., Noguchi, K., Matsui, H., Colvin, H., Kawamoto, K., Koseki, J., Haraguchi, N., Nishimura, J., Hata, T., Gotoh, N., Mastuda, F., Saatoh, T., Mizushima, T., Shimizu, H., Doki, Y., Mori, M., Ishii, H.
  • 雑誌名: Sci. Rep. 巻: 6 号: 1 ページ: 38415-38415
  • DOI: 10.1038/srep38415
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Oncometabolite D-2-hydroxyglurate directly induces epithelial-mesenchymal transition and is associated with distant metastasis in colorectal cancer. (2016)
  • 著者名/発表者名: Colvin, S. H., Nishida, N., Konno, M., Haraguchi, N., Takahashi, H., Nishimura, J., Hata, T., Kawamoto, K. Asai, A., Tsunekuni, K., Koseki, J., Mizushima, T., Satoh, T., Doki, Y., Mori, M., Ishii, H.
  • 雑誌名: Sci. Rep 巻: 6 号: 1 ページ: 36289-36289
  • DOI: 10.1038/srep36289
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] MicroRNA miR-374, a potential radiosensitizer for carbon ion beam radiotherapy. (2016)
  • 著者名/発表者名: Baek, SJ., Sato, K., Nishida, N., Koseki, J., Azuma, R., Kawamoto, K., Konno, M., Hayashi, K., Satoh, T., Doki, Y., Mori, M., Ishii, H., Ogawa, K.
  • 雑誌名: Oncol. Rep. 巻: 36 号: 5 ページ: 2946-2950
  • DOI: 10.3892/or.2016.5122
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Pancreaticoduodenal artery aneurysm associated with coeliac artery occlusion from an aortic intramural hematoma. (2016)
  • 著者名/発表者名: Sakatani, A., Doi, Y., Kitayama, T., Matsuda, T., Sasai, Y., Nishida, N., Sakamoto, M., Uenoyama, N., Kinoshita, K.
  • 雑誌名: World. J. Gastroenterol. 巻: 22 号: 16 ページ: 4259-4263
  • DOI: 10.3748/wjg.v22.i16.4259
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A crucial epithelial to mesenchymal transition regulator, Sox4/Ezh2 axis is closely related to the clinical outcome in pancreatic cancer patients. (2016)
  • 著者名/発表者名: Hasegawa, S., Nagano, H., Konno, M., Eguchi, H., Tomokuni, A., Tomimaru, Y., Asaoka, T., Wada, H., Hama, N., Kawamoto, K., Marubashi, S., Nishida, N., Koseki, J., Mori, M., Doki, Y., Ishii, H.
  • 雑誌名: Int J Oncol. 巻: 48 号: 1 ページ: 145-152
  • DOI: 10.3892/ijo.2015.3258
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mathematical analysis predicts imbalanced IDH1/2 expression associates with 2-HG-inactivating β-oxygenation pathway in colorectal cancer (2015)
  • 著者名/発表者名: Koseki, J., Colvin, H., Fukusumi, T., Nishida, N., Konno, M., Kawamoto, K., Tsunekuni, K., Matsui, H., Doki, Y., Mori, M. and Ishii, H.
  • 雑誌名: International Journal of Oncology 巻: 46 号: 3 ページ: 1181-1191
  • DOI: 10.3892/ijo.2015.2833
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pyruvate kinase M2, but not M1, allele maintains immature metabolic states of murine embryonic stem cells (2015)
  • 著者名/発表者名: Konno, M., Ishii, H., Koseki, J., Tanuma, N., Nishida, N., Kawamoto, K., Nishimura, T., Nakata, A., Matsui, H., Noguchi, K., Ozaki, M., Noguchi, Y., Shima, H., Gotoh N., Nagano, H., Doki, Y. and Mori, M.
  • 雑誌名: Regenerative Therapy 巻: 1 ページ: 63-71
  • DOI: 10.1016/j.reth.2015.01.001
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] MicroRNAs induce epigenetic reprogramming and suppress malignant phenotypes of human colon cancer cells. (2015)
  • 著者名/発表者名: Ogawa, H., Wu, X., Kawamoto, K., Nishida, N., Konno, M., Koseki, J., Matsui, H., Noguchi, K., Gotoh, N., Yamamoto, T., Miyata, K., Nishiyama, N., Nagano, H., Yamamoto, H., Obika, S., Kataoka, K., Doki, Y., Mori, M., Ishii, H.
  • 雑誌名: PLoS One. 巻: 10 号: 5 ページ: 1-23
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0127119
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The combination of the expression of hexokinase 2 and pyruvate kinase M2 is a prognostic marker in patients with pancreatic cancer. (2015)
  • 著者名/発表者名: Ogawa, H., Nagano, H., Konno, M., Eguchi, H., Koseki, J., Kawamoto, K., Nishida, N., Colvin, H., Tomokuni, A., Tomimaru, Y., Hama, N., Wada, H., Marubashi, S., Kobayashi, S., Mori, M., Doki, Y., Ishii, H.
  • 雑誌名: Mol Clin Oncol. 巻: 3 ページ: 563-571
  • 査読あり
• [雑誌論文] Embryonic microRNA-369 controls metabolic splicing factors and urges cellular reprograming. (2015)
  • 著者名/発表者名: Masamitsu Konno, Jun Koseki, Koichi Kawamoto, Naohiro Nishida, Hidetoshi Matsui, Dyah Laksmi Dewi, Miyuki Ozaki, Yuko Noguchi, Koshi Mimori, Noriko Gotoh, Nobuhiro Tanuma, Hiroshi Shima, Yuichiro Doki, Masaki Mori , Hideshi Ishii
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 10(7) 号: 7 ページ: 1-16
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0132789
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Cancer stem cells: The potential of carbon ion beam radiation and new radiosensitizers (Review). (2015)
  • 著者名/発表者名: Baek, SJ., Ishii, H., Tamari, K., Hayashi, K., Nishida, N., Konno, M., Kawamoto, K., Koseki, J., Fukusumi, T., Hasegawa, S., Ogawa, H., Hamabe, A., Miyo, M., Noguchi, K., Seo, Y., Doki, Y., Mori, M., Ogawa, K.
  • 雑誌名: Oncol Rep. 巻: 34 号: 5 ページ: 2233-2237
  • DOI: 10.3892/or.2015.4236
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Susceptibility of pancreatic cancer stem cells to reprogramming. (2015)
  • 著者名/発表者名: Noguchi, K., Eguchi, H., Konno, M., Kawamoto, K., Nishida, N., Koseki, J., Wada, H., Marubashi, S., Nagano, H., Doki, Y., Mori, M., Ishii, H.
  • 雑誌名: Cancer Sci. 巻: 106 号: 9 ページ: 1182-1187
  • DOI: 10.1111/cas.12734
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] Epigenetic modifications on non-coding RNAs in cancer (2017)
  • 著者名/発表者名: Nishida, N., Konno, M., Koseki, J., Kawamoto, K., Asai, A., Mizushima, T., Eguchi, H., Takiguchi, S., Satoh, T., Doki, Y., Mori, M., Ishii, H.
  • 学会等名: 2017 Cellular and Molecular Bioengineering Annual Conference
  • 発表場所: Hapuna Beach Prince Hotel (アメリカ）
  • 年月日: 2017-01-03
  • 国際学会
• [学会発表] 臨床情報が裏付けるノンコーディングRNAエピゲノム修飾の意義 (2016)
  • 著者名/発表者名: 西田 尚弘、大房 健、山縣 彰、小関 準、今野 雅允、川本 弘一、浅井 歩、水島 恒和、 江口 英利、瀧口 修司、佐藤 太郎、三森 功士、落谷 孝広、土岐 祐一郎、森 正樹、石井 秀始
  • 学会等名: 第39回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川）
  • 年月日: 2016-11-30
• [学会発表] 消化器癌におけるヒストン脱メチル化酵素の標的化 (2016)
  • 著者名/発表者名: 西田尚弘、小関準、今野雅允、川本弘一、太田勝也、土岐祐一郎、森正樹、石井秀始
  • 学会等名: 第75回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川）
  • 年月日: 2016-10-06
• [学会発表] ノンコーディングRNAの消化器癌進展への関わり (2015)
  • 著者名/発表者名: 西田尚弘、Ferdin Jana、今野雅允、小関準、川本弘一、Calin George、三森功士、石井秀始、森正樹
  • 学会等名: 第26回日本消化器癌発生学会総会
  • 発表場所: 米子全日空ホテル（鳥取）
  • 年月日: 2015-11-19
• [学会発表] ヒストン脱メチル化酵素KDM5B の大腸癌進展機構への関わり (2015)
  • 著者名/発表者名: 西田尚弘、太田勝也、加納義浩、小関準、今野雅允、川本弘一、溝端栄一、井上豪、土岐祐一郎、森正樹、石井秀始
  • 学会等名: 第74回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場（愛知）
  • 年月日: 2015-10-08
• [学会発表] Cell cycle regulation of KDM5B and its involvement in cancer progression. (2015)
  • 著者名/発表者名: Nishida N, Koseki J, Konno M, Kawamoto K, Ohta K, Kano Y, Doki Y, Mori M, Ishii H.
  • 学会等名: Cell Symposia Multifaceted Mitochondria
  • 発表場所: Hyatt Regency McCormick Place（アメリカ）
  • 年月日: 2015-07-19
  • 国際学会
• [学会発表] KDM5B plays a central role in esophageal cancer progression. (2015)
  • 著者名/発表者名: Nishida N, Kano Y, Koseki J, Konno M, Kawamoto K, Doki Y, Mori M, Ishii H.
  • 学会等名: AACR Annual Meeting 2015
  • 発表場所: PENNSYLVANIA CONVENTION CENTER（アメリカ）
  • 年月日: 2015-04-18
  • 国際学会
• [産業財産権] がんを検出、又はがんの進行期を判定する方法 (2016)
  • 発明者名: 石井秀始、西田尚弘...大房健 他8
  • 権利者名: 石井秀始、西田尚弘...大房健 他8
  • 産業財産権種類: 特許
  • 産業財産権番号: 2016-162203
  • 出願年月日: 2016-08-22